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- PDB-7lbd: Dihydrodipicolinate synthase (DHDPS) from C.jejuni, H59K mutant w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lbd
タイトルDihydrodipicolinate synthase (DHDPS) from C.jejuni, H59K mutant with pyruvate bound in the active site in C2221 space group
要素4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
キーワードLYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytosol
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Saran, S. / Yazdi, M.M. / Sanders, D.A.R.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Reversing the roles of a crucial hydrogen-bonding pair: a lysine-insensitive mutant of Campylobacter jejuni dihydrodipicolinate synthase, H59K, binds histidine in its allosteric site
著者: Yazdi, M.M. / Saran, S. / Sanders, D.A.R. / Palmer, D.R.J.
履歴
登録2021年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
E: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
F: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,64353
ポリマ－205,0586
非ポリマー3,58547
水13,944774
1
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,25137
ポリマ－136,7054
非ポリマー2,54633
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17180 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area39590 Å2
手法PISA
2
E: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
F: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子

E: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
F: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,78432
ポリマ－136,7054
非ポリマー2,07928
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-1/21
Buried area13510 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area39560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.120, 232.140, 201.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 through 24 or (resid 25...
21(chain B and (resid 3 through 24 or (resid 25...
31(chain C and (resid 3 through 24 or (resid 25...
41(chain D and (resid 3 through 24 or (resid 25...
51(chain E and (resid 3 through 24 or (resid 25...
61(chain F and (resid 3 through 31 or (resid 32...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSGLUGLU(chain A and (resid 3 through 24 or (resid 25...AA3 - 2415 - 36
12GLNGLNGLNGLN(chain A and (resid 3 through 24 or (resid 25...AA2537
13LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 3 through 24 or (resid 25...AA3 - 29815 - 310
14LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 3 through 24 or (resid 25...AA3 - 29815 - 310
15LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 3 through 24 or (resid 25...AA3 - 29815 - 310
16LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 3 through 24 or (resid 25...AA3 - 29815 - 310
17LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 3 through 24 or (resid 25...AA3 - 29815 - 310
21LYSLYSGLUGLU(chain B and (resid 3 through 24 or (resid 25...BB3 - 2415 - 36
22GLNGLNGLNGLN(chain B and (resid 3 through 24 or (resid 25...BB2537
23LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 3 through 24 or (resid 25...BB3 - 29815 - 310
24LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 3 through 24 or (resid 25...BB3 - 29815 - 310
25LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 3 through 24 or (resid 25...BB3 - 29815 - 310
26LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 3 through 24 or (resid 25...BB3 - 29815 - 310
27LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 3 through 24 or (resid 25...BB3 - 29815 - 310
31LYSLYSGLUGLU(chain C and (resid 3 through 24 or (resid 25...CC3 - 2415 - 36
32GLNGLNGLNGLN(chain C and (resid 3 through 24 or (resid 25...CC2537
33LYSLYSPHEPHE(chain C and (resid 3 through 24 or (resid 25...CC3 - 29815 - 310
34LYSLYSPHEPHE(chain C and (resid 3 through 24 or (resid 25...CC3 - 29815 - 310
35LYSLYSPHEPHE(chain C and (resid 3 through 24 or (resid 25...CC3 - 29815 - 310
36LYSLYSPHEPHE(chain C and (resid 3 through 24 or (resid 25...CC3 - 29815 - 310
41LYSLYSGLUGLU(chain D and (resid 3 through 24 or (resid 25...DD3 - 2415 - 36
42GLNGLNGLNGLN(chain D and (resid 3 through 24 or (resid 25...DD2537
43LYSLYSPHEPHE(chain D and (resid 3 through 24 or (resid 25...DD3 - 29815 - 310
44LYSLYSPHEPHE(chain D and (resid 3 through 24 or (resid 25...DD3 - 29815 - 310
45LYSLYSPHEPHE(chain D and (resid 3 through 24 or (resid 25...DD3 - 29815 - 310
46LYSLYSPHEPHE(chain D and (resid 3 through 24 or (resid 25...DD3 - 29815 - 310
47LYSLYSPHEPHE(chain D and (resid 3 through 24 or (resid 25...DD3 - 29815 - 310
51LYSLYSGLUGLU(chain E and (resid 3 through 24 or (resid 25...EE3 - 2415 - 36
52GLNGLNGLNGLN(chain E and (resid 3 through 24 or (resid 25...EE2537
53LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 3 through 24 or (resid 25...EE3 - 29815 - 310
54LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 3 through 24 or (resid 25...EE3 - 29815 - 310
55LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 3 through 24 or (resid 25...EE3 - 29815 - 310
56LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 3 through 24 or (resid 25...EE3 - 29815 - 310
57LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 3 through 24 or (resid 25...EE3 - 29815 - 310
61LYSLYSILEILE(chain F and (resid 3 through 31 or (resid 32...FF3 - 3115 - 43
62LYSLYSLYSLYS(chain F and (resid 3 through 31 or (resid 32...FF3244
63LYSLYSPHEPHE(chain F and (resid 3 through 31 or (resid 32...FF3 - 29815 - 310
64LYSLYSPHEPHE(chain F and (resid 3 through 31 or (resid 32...FF3 - 29815 - 310
65LYSLYSPHEPHE(chain F and (resid 3 through 31 or (resid 32...FF3 - 29815 - 310
66LYSLYSPHEPHE(chain F and (resid 3 through 31 or (resid 32...FF3 - 29815 - 310

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / HTPA synthase


分子量: 34176.293 Da / 分子数: 6 / 変異: H59K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) (カンピロバクター)
株: ATCC 700819 / NCTC 11168 / 遺伝子: dapA, Cj0806 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9PPB4, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

-
非ポリマー , 6種, 821分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 774 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.4 %
結晶化温度: 288.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.4
詳細: 0.3 M Magnesium acetate, 12 % PEG8000, 0.1 M Sodium acetate (pH 7.4)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月20日
放射モノクロメーター: double beam / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→43.94 Å / Num. obs: 136388 / % possible obs: 91.19 % / 冗長度: 15 % / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / Rrim(I) all: 0.2399 / Net I/σ(I): 6.12
反射 シェル解像度: 1.99→2.061 Å / Rmerge(I) obs: 1.619 / Num. unique obs: 38731 / CC1/2: 0.389 / CC star: 0.748 / Rpim(I) all: 0.7488 / % possible all: 97.17

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LY8

4ly8


解像度: 1.99→43.94 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2212 6820 5 %
Rwork0.1914 129544 -
obs0.1929 136364 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 121.33 Å2 / Biso mean: 34.2619 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.99→43.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13575 0 232 774 14581
Biso mean--53.11 39.25 -
残基数----1776
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5352X-RAY DIFFRACTION2.545TORSIONAL
12B5352X-RAY DIFFRACTION2.545TORSIONAL
13C5352X-RAY DIFFRACTION2.545TORSIONAL
14D5352X-RAY DIFFRACTION2.545TORSIONAL
15E5352X-RAY DIFFRACTION2.545TORSIONAL
16F5352X-RAY DIFFRACTION2.545TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.99-2.010.37442250.359442694494100
2.01-2.040.37612250.339142824507100
2.04-2.060.37062270.324643134540100
2.06-2.090.3312250.305742744499100
2.09-2.110.32532240.28142544478100
2.11-2.140.29792260.266242964522100
2.14-2.170.312270.251742984525100
2.17-2.210.27392260.243942914517100
2.21-2.240.26542260.237743084534100
2.24-2.280.26892240.229342464470100
2.28-2.320.26862260.224942914517100
2.32-2.360.28292270.217443144541100
2.36-2.40.26272250.226942804505100
2.4-2.450.27862270.208443164543100
2.45-2.510.25812270.203343024529100
2.51-2.570.23282250.196142874512100
2.57-2.630.20622280.190143194547100
2.63-2.70.24192260.187342954521100
2.7-2.780.22282260.187443084534100
2.78-2.870.22092280.184943214549100
2.87-2.970.2292260.187442994525100
2.97-3.090.25322290.19343464575100
3.09-3.230.23032270.190743134540100
3.23-3.40.21392290.186643554584100
3.4-3.620.22412280.183343284556100
3.62-3.890.18852290.164343544583100
3.89-4.290.16752290.15044342457199
4.29-4.910.1552290.14614360458999
4.91-6.180.17682330.169544244657100
6.18-43.940.17092410.16174559480099
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.0875 Å / Origin y: 105.9683 Å / Origin z: -29.8072 Å
111213212223313233
T0.2568 Å20.0334 Å20.0144 Å2-0.2538 Å20.0245 Å2--0.2628 Å2
L0.164 °20.1974 °2-0.0818 °2-0.2762 °2-0.154 °2--0.146 °2
S-0.0204 Å °0.0092 Å °0.006 Å °-0.0268 Å °0.0291 Å °0.0184 Å °-0.0021 Å °-0.0317 Å °-0.0127 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA3 - 298
2X-RAY DIFFRACTION1allB3 - 298
3X-RAY DIFFRACTION1allC3 - 298
4X-RAY DIFFRACTION1allD3 - 298
5X-RAY DIFFRACTION1allE3 - 298
6X-RAY DIFFRACTION1allF3 - 298
7X-RAY DIFFRACTION1allS4 - 861
8X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 6
9X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 16
10X-RAY DIFFRACTION1allI1 - 6
11X-RAY DIFFRACTION1allJ1 - 10
12X-RAY DIFFRACTION1allK1 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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