PDB-7la8: O6 variable lymphocyte receptor ectodomain bound to 3-HSO3-Gal-4GlcNAc

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7la8

タイトル

O6 variable lymphocyte receptor ectodomain bound to 3-HSO3-Gal-4GlcNAc

要素

O6 variable lymphocyte receptor

キーワード

IMMUNE SYSTEM/IMMUNOGEN / VLR / glycosylation / sulfated glycan / glycan antigen / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-IMMUNOGEN complex

機能・相同性

BIOTIN

機能・相同性情報

生物種

Petromyzon marinus (ヤツメウナギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8965 Å

データ登録者

Bernard, S.M. / Wilson, I.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Novel lamprey antibody recognizes terminal sulfated galactose epitopes on mammalian glycoproteins.
著者: McKitrick, T.R. / Bernard, S.M. / Noll, A.J. / Collins, B.C. / Goth, C.K. / McQuillan, A.M. / Heimburg-Molinaro, J. / Herrin, B.R. / Wilson, I.A. / Cooper, M.D. / Cummings, R.D.

履歴

登録	2021年1月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7la8.cif.gz	247 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7la8.ent.gz	168.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7la8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7la8_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7la8_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7la8_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	7la8_validation.cif.gz	24.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/7la8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/7la8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7la7C 1rvxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ys0-2 5ys0-1 3acb-d 2n7g-d 5ys0-3 3ifu-d 6gqf-2 3rbq-6 2e56-d 2ml2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: O6 variable lymphocyte receptor

B: O6 variable lymphocyte receptor

ヘテロ分子

39.2 kDa, 2 ポリマー
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1

A: O6 variable lymphocyte receptor

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
19.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: O6 variable lymphocyte receptor

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	107.255, 107.255, 63.197
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4
Space group name Hall	I4
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z #3: y,-x,z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: -y+1/2,x+1/2,z+1/2 #7: y+1/2,-x+1/2,z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER

Dom-ID	Component-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	(chain 'A' and (resid 1 through 139 or resid 141 through 172))	A	A	1 - 139	2 - 140
1	2	PRO	PRO	(chain 'A' and (resid 1 through 139 or resid 141 through 172))	A	A	141 - 172	142 - 173
2	1	LEU	LEU	(chain 'B' and (resid 1 through 139 or resid 141 through 172))	B	B	1 - 139	2 - 140
2	2	PRO	PRO	(chain 'B' and (resid 1 through 139 or resid 141 through 172))	B	B	141 - 172	142 - 173

#1: タンパク質

O6 variable lymphocyte receptor

分子量: 18676.947 Da / 分子数: 2 / 変異: K18A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Petromyzon marinus (ヤツメウナギ)
細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#2: 多糖

3-O-sulfo-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 463.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DGalp[3S]b1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2NCC/3=O][a2112h-1b_1-5_3OSO/3=O/3=O]/1-2/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp3SO3]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-BTN / BIOTIN / ビオチン

分子量: 244.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₂O₃S

#4: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.44 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 2.4 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bicine pH 9.0, 20% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.896→38.2 Å / Num. obs: 28496 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 29.2779525002 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.048 / R_sym value: 0.114 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 1.9→2.01 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4560 / CC_1/2: 0.559 / R_pim(I) all: 0.855 / R_sym value: 1.67

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11_2567	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1RVX

1rvx

解像度: 1.8965→37.92 Å / SU ML: 0.260465048734 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33614351418 / 位相誤差: 24.0854108122
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.229055608869	1421	4.98859048622 %
R_work	0.184332239793	27064	-
obs	0.186476030987	28485	99.8177804254 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.2747945708 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8965→37.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2590	0	112	199	2901

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0150635944678	2774
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.39307390052	3823
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0724518358619	456
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00896904232167	475
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.0326145118	1639

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8965-1.9643	0.354562379548	133	0.309911134975	2695	X-RAY DIFFRACTION	99.6125396266
1.9643-2.0429	0.288133305565	167	0.287567083893	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.6797153025
2.0429-2.1359	0.292206004965	143	0.230227953244	2700	X-RAY DIFFRACTION	99.6844319776
2.1359-2.2485	0.265951327727	146	0.206949787712	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2485-2.3894	0.222614818903	148	0.191691969957	2692	X-RAY DIFFRACTION	99.9296270232
2.3894-2.5738	0.230846732272	127	0.173624015695	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.8595012294
2.5738-2.8327	0.206804942819	151	0.162967870415	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.965059399
2.8327-3.2425	0.205623731128	137	0.16538128963	2695	X-RAY DIFFRACTION	99.8589562764
3.2425-4.0844	0.206968882291	129	0.14358447298	2742	X-RAY DIFFRACTION	99.9651810585
4.0844-37.92	0.223555018882	140	0.196187367856	2784	X-RAY DIFFRACTION	99.6931469485

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.70293303044	2.06385812507	-2.46173601729	6.14975138895	-1.12260989801	4.56457953695	0.0574880866234	-0.056021571875	0.0508332430361	0.158764432896	-0.290364577507	-0.570626356872	-0.122301023643	0.31837552059	0.228014336322	0.26672141948	-0.000308720494832	-0.0175768209886	0.391205473594	0.0182711646402	0.330601026149	-6.11664576626	20.452878656	25.9543925318
2	2.73140794471	0.0440066438917	0.147881725847	7.22419317453	-2.56706356217	4.96015595549	-0.117484244391	0.15301240923	0.135060937578	0.345401684903	-0.0553383215618	-0.193056898204	-0.0789107264684	0.0627507497486	0.367951794984	0.212853842119	-0.0400553474513	0.000957143258406	0.296312686474	0.000451166985455	0.291106555639	-11.6906018232	18.3083216653	27.5013040783
3	7.68814463556	1.8985358841	-3.5847919527	5.30436484321	-4.62165701007	7.90902549299	0.218684607014	-0.347980012776	0.298251650648	0.131565544232	-0.13618985303	-0.119069804615	0.199274019581	0.23235640566	0.0143782701573	0.256373722403	-0.0680365743234	-0.0404280667219	0.279393889948	-0.0100856591896	0.253960693656	-16.1083155481	9.69641193556	31.7857201425
4	6.42952600905	-3.29330368496	-0.0289445484882	9.56369316459	-2.34901346944	8.74599309522	-0.173798109854	-0.234519300218	0.726453878313	0.5314486076	0.0271207559618	-0.238490028099	-0.650601196749	0.21518610291	0.220737160151	0.217487531348	0.00947817761555	-0.0645196857612	0.247171434497	-0.0367264327423	0.353033861735	-21.1727663805	23.3707892017	28.7147159999
5	6.76585052408	0.504605122947	-0.862885390653	4.71613106904	-1.35049095756	3.83950916998	-0.0890303758214	0.0673109797854	-0.0635174001223	0.0724186168464	-0.0812967893456	0.107272053951	0.038137921558	-0.0376216099691	0.104565510978	0.267676778968	-0.0319332753588	-0.0604713541159	0.245838047758	-0.0408998371505	0.215782899192	-21.7383736782	12.3405351082	26.9405309893
6	2.53874283434	-0.775801254547	-0.00726841612287	5.32557643624	-1.43742734897	4.16394451865	-0.0362840252457	0.0384207106899	0.220668575705	-0.0379916124008	0.149580240825	0.105287734874	-0.218770251358	-0.13109977736	-0.0234932582674	0.21246235265	-0.0419312282798	-0.0170121350476	0.29627107442	-0.00301619553873	0.281419848638	-22.2629083047	14.3214705566	21.7378840905
7	9.54452773058	-6.84615998522	6.30417527022	5.02882132701	-4.27917600342	4.70805870943	0.0577335151931	-0.185175339068	-0.368329700297	0.65584167228	0.0395172655566	0.680469149684	0.15135068104	-0.493980465397	-0.10370035657	0.326180803991	0.00916760754898	0.0067875831924	0.303683855363	-0.0165117429617	0.388157873476	-31.6323526341	10.0199553112	26.4646920951
8	3.89462870213	0.377759018036	-0.930921271625	6.09948201735	-1.91980709921	1.53698004621	-0.0276111107014	0.0384668811342	0.0208040592699	0.289850893117	-0.049847485541	-0.122201000381	-0.0677370989837	-0.118017011208	0.036903361854	0.272711787147	0.0156487994097	-0.0419542702149	0.238841838366	-0.0399107074122	0.150489223824	-27.6322760304	7.93227473039	20.6837663594
9	8.27044405226	1.96150006839	-4.26172727555	5.08736939477	1.75688953225	4.7123002016	-0.184022610425	0.00603727770554	-0.200109921938	0.185356733712	0.112886715326	0.392649331645	-0.00698793673326	-0.271849599766	0.049408147607	0.300657822342	0.0140306104529	-0.065646242969	0.31728176942	0.00283307041702	0.352314111348	-36.2063129154	7.41531576679	20.9521351019
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23	8.54580485272	-4.17017046337	7.47485895885	3.94669968014	-5.7003817792	9.40643790824	-0.077473229237	0.0428028769328	0.603454859166	-0.427961729878	-0.0725995597783	0.255793825659	0.00359181788596	-0.528301711308	0.248072753039	0.364233990394	-0.00450892077227	-0.0182920766763	0.223928509147	-0.0563268110919	0.423730449247	-36.6079778699	16.2217715634	48.6357212438

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 14 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 15 through 35 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 36 through 45 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 46 through 55 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 56 through 74 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 75 through 88 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 89 through 98 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 99 through 117 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 118 through 129 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 130 through 148 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 149 through 157 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 158 through 172 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 1 through 24 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 25 through 35 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 36 through 45 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 46 through 74 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 75 through 88 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 89 through 98 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 99 through 117 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 118 through 129 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 130 through 148 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 149 through 157 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'B' and (resid 158 through 172 )

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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