[日本語] English
万見
- PDB-7l9x: Structure of VPS4B in complex with an allele-specific covalent in... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l9x
タイトルStructure of VPS4B in complex with an allele-specific covalent inhibitor
要素Vacuolar protein sorting-associated protein 4B
キーワードPROTEIN TRANSPORT / chemical Inhibitor / hydrolase / ATPase / AAA superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


protein depolymerization / late endosomal microautophagy / positive regulation of centriole elongation / ubiquitin-independent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / negative regulation of exosomal secretion / late endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / ESCRT III complex disassembly / regulation of centrosome duplication / nuclear membrane reassembly / multivesicular body sorting pathway ...protein depolymerization / late endosomal microautophagy / positive regulation of centriole elongation / ubiquitin-independent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / negative regulation of exosomal secretion / late endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / ESCRT III complex disassembly / regulation of centrosome duplication / nuclear membrane reassembly / multivesicular body sorting pathway / vacuole organization / positive regulation of exosomal secretion / midbody abscission / membrane fission / plasma membrane repair / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / multivesicular body assembly / establishment of blood-brain barrier / endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / cholesterol transport / regulation of mitotic spindle assembly / Flemming body / vesicle-fusing ATPase / endosomal transport / response to lipid / mitotic metaphase chromosome alignment / ATPase complex / nucleus organization / viral budding via host ESCRT complex / autophagosome maturation / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / canonical Wnt signaling pathway / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / nuclear pore / viral budding from plasma membrane / Budding and maturation of HIV virion / macroautophagy / potassium ion transport / autophagy / spindle pole / late endosome membrane / protein transport / midbody / angiogenesis / endosome membrane / endosome / centrosome / protein-containing complex binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vacuolar protein sorting-associated protein 4, MIT domain / MIT (microtubule interacting and transport) domain / MIT domain superfamily / Vps4 oligomerisation, C-terminal / MIT domain / Microtubule Interacting and Trafficking molecule domain / : / Vps4 C terminal oligomerisation domain / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain ...Vacuolar protein sorting-associated protein 4, MIT domain / MIT (microtubule interacting and transport) domain / MIT domain superfamily / Vps4 oligomerisation, C-terminal / MIT domain / Microtubule Interacting and Trafficking molecule domain / : / Vps4 C terminal oligomerisation domain / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XQV / Vacuolar protein sorting-associated protein 4B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Grasso, M. / Cupido, T. / Kapoor, T.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5 T32 CA 9673-40 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: A chemical genetics approach to examine the functions of AAA proteins.
著者: Cupido, T. / Jones, N.H. / Grasso, M.J. / Pisa, R. / Kapoor, T.M.
履歴
登録2021年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Vacuolar protein sorting-associated protein 4B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0403
ポリマ－49,5861
非ポリマー4532
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.876, 77.876, 132.826
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Space group name HallP65

-
要素

#1: タンパク質 Vacuolar protein sorting-associated protein 4B / Cell migration-inducing gene 1 protein / Suppressor of K(+) transport growth defect 1 / Protein SKD1


分子量: 49586.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VPS4B, SKD1, VPS42, MIG1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75351, vesicle-fusing ATPase
#2: 化合物 ChemComp-XQV / N-{3-[(8-phenyl[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-2-yl)amino]phenyl}propanamide


分子量: 357.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H19N5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.87 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100 mM NH4SO4, 100 mM Hepes pH 7.5, 10% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.81→29.24 Å / Num. obs: 11046 / % possible obs: 98.72 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 94.94 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.02234 / Net I/σ(I): 14.62
反射 シェル解像度: 2.81→2.87 Å / Rmerge(I) obs: 0.3546 / Num. unique obs: 1047 / CC1/2: 0.84 / Χ2: 1.19

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
Cootモデル構築
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XWI

1xwi


解像度: 2.81→29.24 Å / SU ML: 0.4794 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.8585
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2669 1106 10.07 %
Rwork0.2092 9873 -
obs0.2149 10979 98.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 94.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→29.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2254 0 32 33 2319
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00372342
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71673183
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431364
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047410
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.85061932
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.81-2.940.4671270.41181112X-RAY DIFFRACTION90.9
2.94-3.10.36341420.30411267X-RAY DIFFRACTION99.93
3.1-3.290.34021370.27751230X-RAY DIFFRACTION99.93
3.29-3.540.32651410.26351255X-RAY DIFFRACTION100
3.54-3.90.32541420.22711245X-RAY DIFFRACTION99.78
3.9-4.460.25411340.19491246X-RAY DIFFRACTION100
4.46-5.610.23371400.19311257X-RAY DIFFRACTION100
5.61-29.240.2221430.17191261X-RAY DIFFRACTION99.93

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る