PDB-7l9r: Crystal Structure of a putative deoxyhypusine synthase from Entam...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7l9r

タイトル

Crystal Structure of a putative deoxyhypusine synthase from Entamoeba histolytica

要素

Deoxyhypusine synthase, putative

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / putative deoxyhypusine synthase / Entamoeba histolytica / EHI_098350 / structural genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

peptidyl-lysine modification to peptidyl-hypusine / deoxyhypusine synthase activity / Deoxyhypusine synthase / Deoxyhypusine synthase superfamily / Deoxyhypusine synthase / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / cytoplasm / Deoxyhypusine synthase, putative

機能・相同性情報

生物種

Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of a putative deoxyhypusine synthase from Entamoeba histolytica
著者: Abendroth, J. / Davies, D.R. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2021年1月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7l9r.cif.gz	287.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7l9r.ent.gz	192.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7l9r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7l9r_validation.pdf.gz	439 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7l9r_full_validation.pdf.gz	442.1 KB	表示
XML形式データ	7l9r_validation.xml.gz	22.5 KB	表示
CIF形式データ	7l9r_validation.cif.gz	31.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/7l9r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/7l9r	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3n89S 6p4vS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4rzt-d 1lbh-d 3kq4-3 1u2x-d 6lgd-d 4ncb-d 1lbi-d 3quk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Deoxyhypusine synthase, putative

B: Deoxyhypusine synthase, putative

ヘテロ分子

79.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Deoxyhypusine synthase, putative

B: Deoxyhypusine synthase, putative

ヘテロ分子

A: Deoxyhypusine synthase, putative

B: Deoxyhypusine synthase, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
158 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.900, 85.900, 424.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22
Space group name Hall	P6₅2(x,y,z+1/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+1/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+2/3 #10: -y,-x,-z+1/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+5/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-563- HOH
2	1	B-534- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 5 through 34 or resid 36...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 5 through 11 or (resid 12...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	ILE	GLY	A	1 - 30
d_1	2	ens_1	ALA	SER	A	32 - 45
d_1	3	ens_1	GLU	MET	A	47 - 72
d_1	4	ens_1	THR	PHE	A	74 - 81
d_1	5	ens_1	TYR	LEU	A	83 - 84
d_1	6	ens_1	GLU	ILE	A	86 - 119
d_1	7	ens_1	LYS	THR	A	121 - 150
d_1	8	ens_1	MET	THR	A	152 - 179
d_1	9	ens_1	GLY	LEU	A	181 - 206
d_1	10	ens_1	LEU	LEU	A	208 - 256
d_1	11	ens_1	PHE	ILE	A	258 - 276
d_2	1	ens_1	ILE	GLY	C	1 - 30
d_2	2	ens_1	ALA	SER	C	32 - 45
d_2	3	ens_1	GLU	MET	C	47 - 72
d_2	4	ens_1	THR	PHE	C	74 - 81
d_2	5	ens_1	TYR	LEU	C	83 - 84
d_2	6	ens_1	GLU	ILE	C	86 - 119
d_2	7	ens_1	LYS	THR	C	121 - 150
d_2	8	ens_1	MET	THR	C	152 - 179
d_2	9	ens_1	GLY	LEU	C	181 - 206
d_2	10	ens_1	LEU	HIS	C	208 - 231
d_2	11	ens_1	GLU	LEU	C	242 - 266
d_2	12	ens_1	PHE	ILE	C	268 - 286

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999284008335, -0.00977665270541, 0.0365497981995), (-0.00156085801541, 0.975867275561, 0.218358934352), (-0.0378025714576, 0.21814554213, -0.975183822692) ...

#1: タンパク質	Deoxyhypusine synthase, putative 分子量: 39551.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ) 遺伝子: EHI_098350 / プラスミド: EnhiA.00933.a.A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C4LXB8
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.3 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: Microlytic MCSG1 screen, condition F3: 200mM ammonium citrate dibasic pH 5, 20% (w/V) PEG 3350: EnhiA.00933.a.A1.PW26259 at 25.43mg/ml + 4mM NAD + 4mM GC7 (Deoxyhypusine Synthase Inhibitor) : ...詳細: Microlytic MCSG1 screen, condition F3: 200mM ammonium citrate dibasic pH 5, 20% (w/V) PEG 3350: EnhiA.00933.a.A1.PW26259 at 25.43mg/ml + 4mM NAD + 4mM GC7 (Deoxyhypusine Synthase Inhibitor) : tray 314273 F3: cryo: 20% EG + compounds: puck: tds8-2

結晶

マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.3 %

結晶化

温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: Microlytic MCSG1 screen, condition F3: 200mM ammonium citrate dibasic pH 5, 20% (w/V) PEG 3350: EnhiA.00933.a.A1.PW26259 at 25.43mg/ml + 4mM NAD + 4mM GC7 (Deoxyhypusine Synthase Inhibitor) : ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年6月20日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 37832 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.678 % / B_iso Wilson estimate: 56.327 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_rim(I) all: 0.072 / Χ²: 0.931 / Net I/σ(I): 22.39

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.4-2.46	12.202	0.574	3.61	2705	0.96	0.598	100
2.46-2.53	12.036	0.5	4.31	2664	0.959	0.522	100
2.53-2.6	12.091	0.405	5.3	2583	0.973	0.423	100
2.6-2.68	12.044	0.315	6.87	2501	0.991	0.328	100
2.68-2.77	12.048	0.235	8.97	2452	0.992	0.245	100
2.77-2.87	11.942	0.196	10.78	2368	0.994	0.204	100
2.87-2.98	11.97	0.155	14.14	2274	0.995	0.162	100
2.98-3.1	11.849	0.126	17.42	2204	0.996	0.131	100
3.1-3.24	11.868	0.103	21.07	2121	0.998	0.107	100
3.24-3.39	11.676	0.084	25.53	2051	0.998	0.087	100
3.39-3.58	11.58	0.067	31.22	1958	0.999	0.07	100
3.58-3.79	11.61	0.06	35.08	1832	0.999	0.063	100
3.79-4.06	11.427	0.051	40.14	1758	0.999	0.053	100
4.06-4.38	11.355	0.048	42.79	1651	0.999	0.05	99.9
4.38-4.8	11.272	0.042	46.24	1531	0.999	0.044	100
4.8-5.37	11.209	0.041	45.66	1402	0.999	0.043	100
5.37-6.2	11.088	0.041	44.35	1254	0.999	0.043	100
6.2-7.59	10.81	0.038	47.69	1080	0.999	0.04	100
7.59-10.73	10.215	0.032	51.24	897	0.999	0.034	100
10.73-50	8.489	0.039	46.45	546	0.999	0.041	96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.19rc4 4035	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MoRDa		位相決定
PHENIX		モデル構築
BUCCANEER		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: domains from PDB entries 6p4v and 3n89 as per Morda

6p4v

3n89

解像度: 2.4→42.73 Å / SU ML: 0.2595 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.9744
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2182	2010	5.34 %	0
R_work	0.187	35655	-	-
obs	0.1886	37665	99.91 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→42.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4272	0	2	170	4444

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0044	4447
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6459	6062
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0465	735
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0046	770
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.482	1614

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.05133920349 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.46	0.2745	139	0.2292	2460	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.46-2.53	0.287	144	0.2236	2492	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.53-2.6	0.277	145	0.2214	2473	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.6-2.68	0.2895	147	0.2375	2477	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.78	0.286	134	0.2296	2486	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.78-2.89	0.2796	151	0.2265	2486	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.89-3.02	0.2596	122	0.2057	2508	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.02-3.18	0.2506	151	0.2182	2532	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.38	0.2534	149	0.2196	2523	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.64	0.2314	138	0.1913	2540	X-RAY DIFFRACTION	100
3.64-4.01	0.1994	130	0.162	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
4.01-4.59	0.1715	145	0.1486	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
4.59-5.78	0.1745	153	0.1676	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
5.78-42.73	0.1963	162	0.1799	2844	X-RAY DIFFRACTION	99.5

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.239743355313	-0.0588048216717	-0.0109054587144	2.45166940729	1.52284688568	3.598216519	-0.0522383762026	0.0289903912066	0.0821686148486	-0.135736679764	-0.259487043829	0.370812397449	0.0213706848755	-0.622631182827	0.26844272977	0.330712937503	0.0216759533818	-0.0404589419485	0.435196859117	-0.0966084198349	0.382606004053	7.34585005781	-14.3479918506	20.1854744825
2	3.62710735146	-0.00884516532142	0.0575352932124	2.36384828537	0.624356923663	4.65344485172	0.0201430862121	0.115406291075	-0.342173017834	0.0210549375312	0.00847875748876	-0.153766328491	1.05157962725	0.427414672383	-0.0324969439692	0.667009463464	0.173270920451	0.00938393264377	0.321929342119	-0.0210522062126	0.386156594476	23.1733518704	-31.7976108929	7.87170526345
3	4.4792688096	3.35936432433	0.0888670758343	7.01244218833	-0.71042684784	5.08186012785	-0.328473966608	0.105613244645	0.00155014144261	-0.462776001151	-0.0379154252659	0.198829032356	0.00851089924919	-0.90771154238	0.338008528547	0.321460796742	0.0866241413169	-0.038990694452	0.470982997435	-0.187353505952	0.424192565268	4.87585409767	-15.2279371552	15.4815021897
4	0.185694941711	0.003621583807	0.313765765259	4.16878456832	-2.29495486181	2.31573506009	0.0439079089918	0.0488333322835	-0.011636428207	0.0055014548666	-0.343327927227	-0.61251630285	0.0343059529213	0.640012646309	0.165717902457	0.331752614086	0.0601174948677	0.0556469652688	0.508140738136	0.0127618121926	0.424185911585	27.1283825941	-9.84838256694	-22.5209764337
5	6.04793485542	0.469958765061	2.09597203876	2.43723124236	-0.941622596089	5.25773103384	0.106864357866	-0.221516942125	-0.478958110512	-0.241973699906	0.106108090543	0.0485126580207	1.10896555164	-0.301174335243	-0.143854869196	0.644281310161	-0.0698267150755	0.0144914242293	0.289130286989	-0.0359115248554	0.406742108831	10.4405049131	-29.3880702861	-14.8291150585
6	5.20047715318	-1.76328055958	-0.082006156219	7.46731687006	0.701627458321	4.80891973739	-0.527763905119	-0.234070930962	-0.133034169134	0.686909491282	-0.141662694973	-0.735164801631	0.113830654233	1.2065779896	0.447540527753	0.369234814029	0.0213939917886	0.0322347058226	0.564722711165	0.15626160268	0.556671056253	30.0519933852	-12.6033331714	-16.0702564174

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 5 through 102 )	A	A	5 - 102	1 - 98
2	2	chain 'A' and (resid 103 through 237 )	A	A	103 - 237	99 - 214
3	3	chain 'A' and (resid 238 through 331 )	A	A	238 - 331	215 - 276
4	4	chain 'B' and (resid 5 through 102 )	B	C	5 - 102	1 - 98
5	5	chain 'B' and (resid 103 through 237 )	B	C	103 - 237	99 - 214
6	6	chain 'B' and (resid 238 through 331 )	B	C	238 - 331	215 - 286

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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