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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7l8n | |||||||||
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タイトル | Diadenylate cyclase with AMP from Streptococcus mutans | |||||||||
要素 | Diadenylate cyclase | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / cyclase / ATP / AMP / BIOSYNTHETIC PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / diadenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / nucleotidyltransferase activity / membrane => GO:0016020 / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Streptococcus mutans serotype c (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å | |||||||||
データ登録者 | Hua, Z. / Hui, W. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Diadenylate cyclase with AMP from Streptococcus mutans 著者: Hua, Z. / Hui, W. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7l8n.cif.gz | 154.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7l8n.ent.gz | 98.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7l8n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7l8n_validation.pdf.gz | 777.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7l8n_full_validation.pdf.gz | 781.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7l8n_validation.xml.gz | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7l8n_validation.cif.gz | 22 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/7l8n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/7l8n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4rv7S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 16408.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus mutans serotype c (strain ATCC 700610 / UA159) (バクテリア) 株: ATCC 700610 / UA159 / 遺伝子: dacA, SMU_1428c / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DTC4, diadenylate cyclase |
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-非ポリマー , 5種, 202分子
#2: 化合物 | ChemComp-AMP / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MLI / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.32 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 1M sodium malonate pH 5.0, 0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.5, 2% PEG 20000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.94→100 Å / Num. obs: 24283 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.79 % / Biso Wilson estimate: 26.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 19.46 |
反射 シェル | 解像度: 1.94→1.98 Å / Num. unique obs: 8160 / CC1/2: 0.945 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4rv7 解像度: 1.94→38.97 Å / SU ML: 0.1787 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.54 / 位相誤差: 19.5258 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.88 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.94→38.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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