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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7l84 | ||||||||||||
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タイトル | Hen Egg White Lysozyme by Native S-SAD at Room Temperature | ||||||||||||
要素 | Lysozyme C | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / Lysozyme | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Greisman, J.B. / Dalton, K.M. / Hekstra, D.R. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022 タイトル: Native SAD phasing at room temperature. 著者: Greisman, J.B. / Dalton, K.M. / Sheehan, C.J. / Klureza, M.A. / Kurinov, I. / Hekstra, D.R. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7l84.cif.gz | 101.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7l84.ent.gz | 73.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7l84.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/7l84 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/7l84 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7lvcC 7mm1C 7rinC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.15785/SBGRID/816 / データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 50 mM citrate buffer (pH 5.2 - 5.8), 20-25% PEG 4000, 20-25% glycerol PH範囲: 5.2 - 5.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K / Ambient temp details: Ambient temperature / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.892 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月17日 |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.892 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→56.1 Å / Num. obs: 22855 / % possible obs: 90.74 % / 冗長度: 35.7 % / Biso Wilson estimate: 17.21 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1022 / Rpim(I) all: 0.01461 / Rrim(I) all: 0.1033 / Net I/σ(I): 35.63 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.77 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.189 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Num. unique obs: 767 / CC1/2: 0.968 / CC star: 0.992 / Rpim(I) all: 0.08357 / Rrim(I) all: 0.2078 / % possible all: 30.45 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→56.1 Å / SU ML: 0.1652 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 18.0408 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→56.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 38.939401791 Å / Origin y: 19.1055927678 Å / Origin z: 9.2710416792 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |