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- PDB-7l7v: Crystal structure of Arabidopsis NRG1.1 CC-R domain K94E/K96E/R99... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l7v
タイトルCrystal structure of Arabidopsis NRG1.1 CC-R domain K94E/K96E/R99E/K100E/R103E/K106E/K110E mutant
要素Probable disease resistance protein At5g66900
キーワードIMMUNE SYSTEM / 4-helix bundle / cell death / membrane pore / calcium channel
機能・相同性
機能・相同性情報


endomembrane system / defense response / ADP binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Arabidopsis broad-spectrum mildew resistance protein RPW8 / Powdery mildew resistance protein, RPW8 domain / RPW8 domain profile. / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable disease resistance protein At5g66900
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Walton, W.G. / Wan, L. / Lietzan, A.D. / Redinbo, M.R. / Dangl, J.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)IOS-1758400 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RO1GM107444 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Plant "helper" immune receptors are Ca 2+ -permeable nonselective cation channels.
著者: Jacob, P. / Kim, N.H. / Wu, F. / El-Kasmi, F. / Chi, Y. / Walton, W.G. / Furzer, O.J. / Lietzan, A.D. / Sunil, S. / Kempthorn, K. / Redinbo, M.R. / Pei, Z.M. / Wan, L. / Dangl, J.L.
履歴
登録2020年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32021年9月1日Group: Database references / カテゴリ: database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42021年9月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable disease resistance protein At5g66900
B: Probable disease resistance protein At5g66900
C: Probable disease resistance protein At5g66900
D: Probable disease resistance protein At5g66900
E: Probable disease resistance protein At5g66900
F: Probable disease resistance protein At5g66900


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,1676
ポリマ－95,1676
非ポリマー00
水00
1
A: Probable disease resistance protein At5g66900
E: Probable disease resistance protein At5g66900
F: Probable disease resistance protein At5g66900


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5833
ポリマ－47,5833
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Probable disease resistance protein At5g66900
C: Probable disease resistance protein At5g66900
D: Probable disease resistance protein At5g66900


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5833
ポリマ－47,5833
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.332, 89.656, 149.398
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y,-z+1/2
#3: -x,y,-z
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Probable disease resistance protein At5g66900


分子量: 15861.127 Da / 分子数: 6 / 変異: K94E, K96E, R99E, K100E, R103E, K106E, K110E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At5g66900, MUD21.16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FKZ1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES (pH 5.5), 1 M Potassium Sodium Tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03317 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03317 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→40 Å / Num. obs: 24727 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.135 / Χ2: 0.727 / Net I/σ(I): 4.9 / Num. measured all: 289192
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.95-38.51.68712180.5060.5941.7930.412100
3-3.069.71.59112000.6120.5221.6770.42899.1
3.06-3.1110.31.28112270.7270.4081.3470.422100
3.11-3.1810.61.10812000.7960.3471.1630.41698.8
3.18-3.2511.70.97812090.8480.291.0210.419100
3.25-3.3211.50.75112220.8960.2240.7850.4499.4
3.32-3.4111.70.60912050.9270.1810.6360.45799.7
3.41-3.512.30.49912170.9540.1440.520.46399.8
3.5-3.612.30.36712200.9740.1070.3820.48499.6
3.6-3.7212.10.29912310.9820.0880.3120.54499.7
3.72-3.8511.60.20812280.9890.0640.2180.578100
3.85-412.30.16912140.9940.050.1760.6599.8
4-4.18120.12912400.9960.0390.1350.72799.8
4.18-4.4112.90.10812320.9960.0310.1130.84799.8
4.41-4.68130.09112420.9980.0260.0950.90199.9
4.68-5.0412.20.08612450.9980.0260.090.98599.8
5.04-5.5512.60.09212570.9970.0270.0960.933100
5.55-6.35130.08712570.9980.0250.090.96699.9
6.35-7.9912.10.06212920.9990.0190.0651.231100
7.99-4011.40.04513710.9990.0140.0471.76699.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.95→39.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 37.214 / SU ML: 0.294 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.015 / ESU R Free: 0.344 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2403 1285 5.3 %RANDOM
Rwork0.2194 ---
obs0.2205 23168 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 227.15 Å2 / Biso mean: 84.591 Å2 / Biso min: 43.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.43 Å20 Å2-0 Å2
2---1.71 Å20 Å2
3---3.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.95→39.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5239 0 0 0 5239
残基数----665
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0135321
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174988
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6281.6367198
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6511.57711480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3375658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.2624.449272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.67415955
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.731522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2722
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025937
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021123
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.027 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 83 -
Rwork0.34 1670 -
all-1753 -
obs--98.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.439-2.48963.06723.6111-1.066.11380.2307-0.1071-0.24130.0005-0.1441-0.15860.35360.4719-0.08660.0578-0.02470.03650.1752-0.01550.120917.4044-27.8633-11.8637
24.69241.66152.87566.00153.72245.4587-0.10210.4708-0.1694-0.73580.01350.05550.0407-0.10830.08860.23010.01440.04230.26050.04870.121927.2054-32.0908-38.0538
31.2348-3.1195-0.319613.83742.24510.6213-0.2458-0.13510.29560.39440.06470.6354-0.4013-0.17920.18111.01870.1850.02540.47530.01730.431533.64415.8475-14.4545
49.8776-2.99963.27243.1294-1.22333.76480.0883-0.0402-0.1845-0.03440.0039-0.27440.04960.4498-0.09220.0661-0.04650.04110.2593-0.09680.103361.8281-27.8257-13.9145
52.9743-3.7161-0.002414.02261.98950.5881-0.2598-0.17650.62660.35120.04730.4389-0.3347-0.1820.21240.79510.16220.01630.40780.03390.3151-11.94435.4023-17.8162
64.49111.86912.80777.85522.18134.6613-0.49740.5756-0.2966-1.80760.37990.46190.6143-0.24960.11750.9427-0.26340.02390.45170.02090.1432-14.4337-32.326-40.0175
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 122
2X-RAY DIFFRACTION2B18 - 126
3X-RAY DIFFRACTION3C19 - 127
4X-RAY DIFFRACTION4D17 - 121
5X-RAY DIFFRACTION5E19 - 126
6X-RAY DIFFRACTION6F2 - 117

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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