PDB-7l75: Crystal Structure of Peptidylprolyl Isomerase PrsA from Streptoco...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7l75

タイトル

Crystal Structure of Peptidylprolyl Isomerase PrsA from Streptococcus mutans.

要素

Foldase protein PrsA

キーワード

ISOMERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Peptidylprolyl Isomerase / PrsA

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus mutans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.15 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Wawrzak, Z. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Peptidylprolyl Isomerase PrsA from Streptococcus mutans.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Wawrzak, Z. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2020年12月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7l75.cif.gz	230 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7l75.ent.gz	188.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7l75.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7l75_validation.pdf.gz	450.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7l75_full_validation.pdf.gz	457.5 KB	表示
XML形式データ	7l75_validation.xml.gz	21.3 KB	表示
CIF形式データ	7l75_validation.cif.gz	28 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/7l75 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/7l75	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tvlS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3edd-d 4lr7-d 1k55-d 1btj-d 4v3a-d 4lrf-d 4tzv-d 6vj2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP97045

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Foldase protein PrsA

B: Foldase protein PrsA

ヘテロ分子

62.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.786, 66.207, 90.247
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 113.110, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Foldase protein PrsA 分子量: 30916.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア) 株: ATCC 700610 / UA159 / 遺伝子: prsA / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): magic / 参照: UniProt: Q8CVC6, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.3 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Protein: 8.0 mg/ml, 0.01M Tris HCl (pH 8.3);Screen: PEG's II (A11), 0.2M Magnesium chloride, 0.1M HEPES (pH 7.5), 30% (w/v) PEG 4000. PH範囲: 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月18日 / 詳細: Be
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.15→30 Å / Num. obs: 12763 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 126.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.063 / R_sym value: 0.056 / Χ²: 1.064 / Net I/σ(I): 29
反射シェル	解像度: 3.15→3.2 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.801 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 621 / CC_1/2: 0.753 / CC star: 0.927 / R_pim(I) all: 0.389 / R_rim(I) all: 0.892 / R_sym value: 0.801 / Χ²: 0.993 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5TVL

5tvl

解像度: 3.15→29.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 92.399 / SU ML: 0.674 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.587 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3097	611	4.8 %	RANDOM
R_work	0.2657	-	-	-
obs	0.2679	12118	99.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 277.82 Å² / B_iso mean: 155.275 Å² / B_iso min: 104.83 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.9 Å²	0 Å²	7.08 Å²
2-	-	-6.2 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.15→29.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4198	0	36	0	4234
B_iso mean	-	-	201.18	-	-
残基数	-	-	-	-	533

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	4286
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	4180
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.1	1.652	5751
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.283	1.603	9719
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	0.724	5	531
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.891	25.508	187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	4.315	15	843
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	3.242	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.045	0.2	575
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.054	0.02	4737
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.049	0.02	871

LS精密化シェル

解像度: 3.15→3.231 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.377	48	-
R_work	0.376	885	-
all	-	933	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	20.4727	1.6255	-21.2218	6.8154	6.8661	33.1059	1.256	1.4764	-0.1315	-1.3292	0.0352	-0.8461	-3.1353	-1.4787	-1.2912	0.4265	0.0255	0.0605	0.5568	-0.087	1.1971	28.9005	55.038	-5.3091
2	5.0082	-4.8094	2.3888	11.8676	0.7878	6.524	-0.3659	-0.401	0.3276	0.2666	0.0938	-1.7616	0.1342	-0.1425	0.2721	0.4127	0.0703	-0.2668	0.9611	0.0553	0.7319	21.0479	35.2679	13.6141
3	5.3357	1.0886	-0.9336	4.1628	0.0332	0.1787	-0.1549	-0.1482	-0.4458	0.1091	0.0922	-0.4267	0.0201	0.0818	0.0627	1.179	0.2002	-0.5309	1.3916	0.0927	0.3883	8.4966	32.3117	19.0591
4	11.8629	2.6699	0.5693	4.8907	0.2074	7.0938	-0.3029	-0.0903	-0.427	-0.0894	-0.0288	0.1614	0.5761	-0.1442	0.3318	0.7696	0.0372	-0.0838	0.5832	-0.156	0.4924	-18.808	25.5968	23.381
5	14.0876	1.7999	-0.4694	5.1665	0.9377	2.6445	0.1602	-0.3131	0.386	0.5368	-0.7429	0.1962	0.4327	-0.3782	0.5827	0.702	0.0233	-0.1772	0.5258	-0.2888	0.4388	-17.226	29.765	24.4569
6	8.3441	3.2494	-6.4629	1.7101	-2.8446	8.5864	0.0014	-0.3492	-0.2311	0.76	0.2309	-0.5519	-0.8514	-0.3725	-0.2323	1.4677	0.2761	-0.7951	1.5327	-0.1478	0.7158	13.0624	39.6244	28.1339
7	2.2834	-0.5813	1.5633	5.5105	-3.2968	6.1092	-0.189	0.2373	0.1362	-0.6587	0.2358	-1.417	0.4931	-0.0605	-0.0468	0.2209	-0.147	0.0319	0.7997	-0.138	0.6914	24.4255	57.9271	-5.2287
8	3.4871	-2.1169	-1.5308	7.456	2.4394	10.5795	-0.6253	0.105	-0.0357	0.4987	0.459	-0.6138	0.5541	-0.6027	0.1663	0.3928	-0.2131	-0.1311	0.9977	-0.0479	0.1459	12.5572	68.809	-11.4317
9	14.8841	-0.0095	1.906	2.5066	0.0811	1.2744	-0.0373	1.0679	0.7993	-0.9244	-0.3854	0.4107	-0.5304	-0.1843	0.4228	1.0833	0.1736	-0.2355	0.3539	0.033	0.5989	-12.6796	71.9522	-30.1203
10	7.9981	1.0961	-5.6986	2.9021	0.4237	4.8207	0.3647	0.1654	0.8319	-0.787	-0.0952	0.267	-0.9576	0.0581	-0.2695	1.1154	-0.1235	-0.3596	0.5589	-0.0592	0.8094	-16.0475	77.3278	-26.4449
11	18.9571	-3.6382	-0.66	6.1773	-0.9059	8.2175	0.0593	-0.7934	0.3459	-0.3501	0.2399	0.5447	-0.5759	-0.1219	-0.2992	0.6022	-0.1962	-0.2946	0.5103	-0.223	0.4789	-17.2345	71.3279	-22.8981
12	3.7823	0.726	2.0073	0.4138	0.4433	4.163	-0.0394	0.59	0.2695	-0.7063	0.1759	-0.3043	0.8714	-0.2079	-0.1365	2.4905	-0.2166	0.4042	1.9905	-0.1936	0.9905	13.2426	62.0313	-28.1753

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	28 - 54
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	55 - 85
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	86 - 150
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	151 - 208
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	209 - 237
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	238 - 294
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	29 - 85
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	86 - 131
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	132 - 167
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	168 - 211
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	212 - 237
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	238 - 294

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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