PDB-7l71: Crystal Structure of the PDZ Domain of the Serine Peptidase HtrA ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7l71

タイトル

Crystal Structure of the PDZ Domain of the Serine Peptidase HtrA from Streptococcus agalactiae.

要素

Serine protease

キーワード

PROTEIN BINDING / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Serine Peptidase HtrA / PDZ

機能・相同性

機能・相同性情報

metallopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus agalactiae A909 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 0.97 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the PDZ Domain of the Serine Peptidase HtrA from Streptococcus agalactiae.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2020年12月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7l71.cif.gz	63 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7l71.ent.gz	49.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7l71.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7l71_validation.pdf.gz	413.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7l71_full_validation.pdf.gz	413.8 KB	表示
XML形式データ	7l71_validation.xml.gz	8.1 KB	表示
CIF形式データ	7l71_validation.cif.gz	11.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/7l71 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/7l71	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4wwr-1 2g3k-5 1ovu-1 2g3k-4 1lyq-1 5eid-d 3vuw-3 4eyn-d 3zyb-4 2r34-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP97042

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine protease

ヘテロ分子

12.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.878, 29.330, 35.827
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.450, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Serine protease 分子量: 12460.919 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae A909 (バクテリア) 遺伝子: HtrA / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): magic / 参照: UniProt: Q8DWP1
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.9 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Protein: 8.0 mg/ml, 0.01M Tris pH 8.3;Screen: PACT (D4), 0.1M MMT buffer pH 7.0, 25% (w/v) PEG 1500. PH範囲: 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年8月18日 / 詳細: Be
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.97→30 Å / Num. obs: 49931 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.2 % / B_iso Wilson estimate: 8.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.082 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.088 / R_sym value: 0.082 / Χ²: 1.785 / Net I/σ(I): 30.9
反射シェル	解像度: 0.97→0.99 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.787 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique obs: 1981 / CC_1/2: 0.904 / CC star: 0.974 / R_pim(I) all: 0.304 / R_rim(I) all: 0.846 / R_sym value: 0.787 / Χ²: 1.002 / % possible all: 73.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 0.97→20.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.974 / SU B: 0.51 / SU ML: 0.013 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.023 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1501	2525	5.1 %	RANDOM
R_work	0.139	-	-	-
obs	0.1396	47402	92.76 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 53.68 Å² / B_iso mean: 12.932 Å² / B_iso min: 4.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.04 Å²	-0 Å²	-0.08 Å²
2-	-	0.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 0.97→20.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	811	0	1	177	989
B_iso mean	-	-	9.1	23.92	-
残基数	-	-	-	-	108

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	899
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	903
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.558	1.648	1227
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.405	1.589	2129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.437	5	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.135	25.517	29
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.426	15	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.319	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	129
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.056	0.02	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.057	0.02	147
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.336	3	1801

LS精密化シェル

解像度: 0.97→0.995 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.245	147	-
R_work	0.231	2970	-
all	-	3117	-
obs	-	-	78.67 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.673	0.1329	-0.1451	0.4188	-1.2168	4.3768	0.0178	-0.1086	-0.0391	-0.0327	-0.0496	-0.0086	0.1822	-0.0589	0.0317	0.0387	-0.0162	-0.0082	0.101	-0.0134	0.0629	3.9541	22.6968	11.7086
2	6.5717	3.7258	2.8148	3.1596	1.1569	3.6516	-0.0363	0.114	0.2024	-0.0096	-0.0116	0.0789	-0.1894	-0.1127	0.0479	0.024	0.019	-0.01	0.0273	0.0039	0.0231	5.8772	34.5004	-1.3129
3	2.3011	-0.2697	-0.3105	1.7213	-0.2787	2.682	-0.0276	0.0702	0.0435	-0.0984	0.0237	0.0419	-0.0783	-0.0692	0.0039	0.0174	0.0046	-0.0156	0.0249	-0.0135	0.0237	10.256	29.1384	4.7812
4	2.4442	1.3338	-0.5747	1.9485	-2.9148	5.7032	-0.0181	-0.2354	0.2209	0.1442	0.0932	0.1378	-0.3466	-0.4395	-0.0751	0.0501	0.0502	0.0033	0.0811	-0.0278	0.0525	5.8245	31.8625	17.8464
5	1.4701	-0.3647	0.9261	2.8643	-0.746	2.6062	0.0593	0.0923	-0.0778	-0.0995	-0.0687	0.0117	0.2062	0.1053	0.0094	0.0232	0.0108	-0.0087	0.0084	-0.008	0.0233	14.4265	21.7542	9.359
6	3.2996	1.3817	-0.1548	2.2955	-0.5417	3.6825	0.0769	-0.1482	-0.1358	0.0414	0.0077	-0.0126	0.2019	-0.2024	-0.0846	0.0465	0.0042	-0.0234	0.0356	0.0042	0.0543	6.5457	17.0281	11.9724
7	1.6608	0.8724	-0.0781	2.0776	-1.2638	4.5863	0.041	-0.1569	-0.0726	0.002	0.0425	0.1233	0.0804	-0.249	-0.0836	0.0187	-0.006	-0.0019	0.0325	0.0151	0.0362	11.7614	18.2252	21.7771
8	2.7089	0.4697	0.6561	3.1794	-0.4888	1.5316	-0.0237	0.0903	0.09	-0.0014	-0.0209	0.0232	-0.0624	0.0721	0.0445	0.0207	-0.0062	-0.0154	0.0065	0.0059	0.0138	17.0702	32.2438	9.0017
9	5.9208	3.5836	-3.1621	2.8876	-3.0705	3.8975	0.0409	-0.1864	0.0658	0.0871	0.0066	0.0602	-0.1366	-0.1198	-0.0476	0.0374	0.0073	0.0006	0.0324	-0.006	0.0273	11.356	24.6431	22.9712
10	5.4219	-0.9614	4.6052	3.6723	-1.4188	8.2378	0.0034	0.1112	-0.0602	-0.0941	-0.0638	-0.2106	-0.0996	0.0312	0.0604	0.0058	0.0028	0.0039	0.0431	-0.0034	0.0401	-4.102	20.7304	24.621

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	299 - 311
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	312 - 321
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	322 - 335
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	336 - 348
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	349 - 360
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	361 - 370
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	371 - 380
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	381 - 389
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	390 - 397
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	398 - 403

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