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- PDB-7l6z: Crystal Structure of Peptidyl-Prolyl Cis-Trans Isomerasefrom (Ppi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l6z
タイトルCrystal Structure of Peptidyl-Prolyl Cis-Trans Isomerasefrom (PpiB) Streptococcus pneumoniae R6
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
キーワードISOMERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Peptidyl-prolyl Isomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin A-like / Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Peptidyl-Prolyl Cis-Trans Isomerasefrom (PpiB) Streptococcus pneumoniae R6
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2020年12月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
D: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
E: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
F: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
G: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
H: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
I: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
J: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,01426
ポリマ－239,14110
非ポリマー1,87216
水27,5271528
1
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0474
ポリマ－23,9141
非ポリマー1333
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9853
ポリマ－23,9141
非ポリマー712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3053
ポリマ－23,9141
非ポリマー3902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1453
ポリマ－23,9141
非ポリマー2312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1453
ポリマ－23,9141
非ポリマー2312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3053
ポリマ－23,9141
非ポリマー3902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9502
ポリマ－23,9141
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1092
ポリマ－23,9141
非ポリマー1951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
I: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9141
ポリマ－23,9141
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
10
J: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1092
ポリマ－23,9141
非ポリマー1951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.432, 156.529, 90.535
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.180, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase


分子量: 23914.137 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (strain ATCC BAA-255 / R6) (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-255 / R6 / 遺伝子: ppiA, spr0679 / プラスミド: pMCSG92 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): magic / 参照: UniProt: Q8DQG5, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1528 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.9 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein: 5.0 mg/ml, 0.01M Tris pH 8.3;Screen: PACT (B8), 0.2M Ammonium chloride, 0.1M MES pH 6.0, 20% (w/v) PEG6000.
PH範囲: 6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月24日 / 詳細: Be
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→30 Å / Num. obs: 175455 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 27.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.098 / Rsym value: 0.087 / Χ2: 1.181 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 1.88→1.91 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.758 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 8741 / CC1/2: 0.725 / CC star: 0.917 / Rpim(I) all: 0.393 / Rrim(I) all: 0.857 / Rsym value: 0.758 / Χ2: 1.001 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.88→29.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 6.63 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2124 9021 5.1 %RANDOM
Rwork0.1728 ---
obs0.1748 166357 98.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 144.82 Å2 / Biso mean: 34.069 Å2 / Biso min: 16.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.64 Å2-0 Å20.9 Å2
2---1.06 Å20 Å2
3---0.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.88→29.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16640 0 108 1551 18299
Biso mean--71.73 38 -
残基数----2132
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01317211
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01715702
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3291.65523252
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3561.58736865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.24252144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.44825.446830
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.785152904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.8111532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.22264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0540.0219200
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0520.023224
LS精密化 シェル解像度: 1.88→1.929 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 635 -
Rwork0.273 12125 -
all-12760 -
obs--97.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.809-0.035-0.18571.28030.03811.2574-0.01130.00530.0283-0.06090.03150.0341-0.0243-0.1327-0.02020.03280.0105-0.01620.06930.02480.0233-6.202338.593721.793
21.7147-4.53822.856412.0137-7.63967.6280.1371-0.0179-0.0112-0.36060.04030.02530.00830.097-0.17750.0325-0.015400.04930.02290.1112.946751.62817.498
31.18290.01-0.26281.7384-0.25781.0849-0.0411-0.0528-0.02920.00950.0202-0.18760.04120.08740.02090.0250.0136-0.01120.05870.01030.03225.373237.242823.2279
42.9124-4.29330.21916.4744-0.2360.0691-0.123-0.09510.06020.25470.0636-0.01350.0306-0.04980.05930.09850.01720.00250.15740.00470.1424-15.682945.875332.3496
54.45453.07713.71163.67290.36716.2460.2449-0.2288-0.27080.0033-0.0423-0.16250.4539-0.2993-0.20260.1210.02770.00060.10750.06460.137337.406224.26730.3554
61.33070.00350.00940.7252-0.2881.38770.00520.0067-0.0711-0.06080.0296-0.01570.03490.116-0.03480.02280.0153-0.0060.0485-0.0180.011239.652938.364919.7242
71.5416-0.42550.15691.41680.32611.50930.0326-0.0774-0.25060.01-0.00660.23570.1962-0.1937-0.0260.0366-0.0198-0.01410.04590.01620.06727.457631.215821.8666
81.4983-0.94690.55881.4378-0.1780.7459-0.01-0.05250.2032-0.03110.0304-0.1975-0.0806-0.0049-0.02040.0290.00720.01760.0947-0.00250.04841.48540.307526.5986
93.75821.35531.05225.49811.97020.80050.0133-0.2983-0.19360.3907-0.07180.27870.1263-0.08120.05850.0713-0.00850.04680.11820.01720.044521.517637.2428-6.6853
101.51080.0795-0.57920.7193-0.21161.50140.01520.0255-0.0209-0.04260.0337-0.0181-0.03540.0302-0.0490.0732-0.00780.0060.0698-0.00810.004237.418942.0016-14.4611
116.9421-1.59851.72643.8454-2.82548.6106-0.00070.1243-0.2979-0.3089-0.04750.07720.7167-0.31680.04820.1164-0.07680.03280.0771-0.0450.046322.698224.2766-17.9043
120.78970.004-0.31740.3785-0.08331.8410.05630.11450.0259-0.08230.0450.0245-0.1376-0.1245-0.10130.0514-0.00430.00010.04790.00830.007831.893644.4269-16.8641
131.68290.1344-0.38841.8160.07291.61770.14050.01230.0817-0.0635-0.134-0.0772-0.0754-0.1041-0.00650.05580.01720.00980.03390.00940.008923.262656.245846.993
149.0807-3.43913.97648.729-3.29627.75960.0871-0.2672-0.26840.6673-0.17570.4435-0.0276-0.0750.08860.1364-0.07940.04120.0715-0.00390.042216.409751.366464.5438
150.9980.27610.00511.6346-0.13531.19920.1304-0.04520.12670.0202-0.1121-0.1019-0.30030.0108-0.01830.10830.00980.02860.02520.00740.040926.811465.929148.0661
163.9082-2.76542.62081.9725-1.88613.54240.11810.12540.1885-0.0586-0.1253-0.12810.29360.1460.00720.1395-0.0273-0.01470.1220.02150.06729.914144.245550.0402
171.60450.3363-0.10051.6949-0.66951.6198-0.0313-0.1238-0.0652-0.0559-0.1181-0.2223-0.09680.10950.14940.0573-0.0078-0.00490.0230.03350.073816.342322.539745.9242
189.325-1.0366-5.39835.579-1.587112.5338-0.0655-0.62150.3370.5181-0.3124-0.318-0.74440.38670.37780.1897-0.0683-0.12210.09010.0180.089421.616426.751264.2951
191.45280.36260.20681.9368-0.35191.6137-0.045-0.1774-0.17320.0221-0.0957-0.14730.0941-0.00360.14080.04720.00110.01540.02480.02980.06211.893912.97250.9542
200.89490.3903-0.17011.7083-0.06011.10120.0109-0.0286-0.1692-0.172-0.0991-0.2880.084-0.01110.08820.050.00790.02460.02180.02760.072813.661217.910243.9532
211.5046-0.03410.36211.4772-0.35141.46370.0115-0.047-0.048-0.2133-0.0511-0.0270.0695-0.01110.03960.10470.0235-0.00220.10320.01760.0072-3.213835.0611-13.0898
224.6845-3.7239-5.02829.98457.12437.87140.09040.51970.1689-0.267-0.30850.2075-0.4419-0.29520.21810.1057-0.012-0.04550.13070.09040.08977.779855.0922-20.2162
231.21350.96510.86711.6586-0.45832.2597-0.11030.2013-0.0147-0.3039-0.0614-0.24470.13480.39580.17170.24260.0340.05780.25750.05480.16555.954640.2634-20.0797
240.38950.09860.55960.67360.06894.00240.08-0.0444-0.0438-0.1632-0.0639-0.13260.1756-0.0719-0.01610.0960.02920.02760.02980.01630.0282-1.880228.3507-11.5691
251.3922-0.4385-0.47072.45960.56391.2108-0.0417-0.08940.1425-0.02480.0895-0.1316-0.06070.0728-0.04780.04230.0220.01810.0281-0.02610.186360.202964.355927.1216
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272.753-0.1986-0.49773.2105-0.06981.9331-0.0634-0.46390.13410.38470.1952-0.3764-0.02060.2652-0.13180.07310.0421-0.04110.1157-0.07190.212666.627865.850336.5391
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296.035-2.4217-4.4550.99191.79443.9206-0.2504-0.49090.2120.0960.1241-0.09550.22330.55150.12630.28350.0265-0.04470.29020.02130.310726.607469.216916.8683
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3118.10614.046711.037821.19410.15319.49320.0878-0.09040.1078-0.4957-0.07240.08630.1678-0.1011-0.01530.1074-0.02090.03450.00970.00340.084834.618565.8683-3.2435
320.91070.475-0.3721.33030.05910.9546-0.06620.02580.1066-0.02720.0058-0.09980.2722-0.10630.06030.0986-0.03020.00190.0131-0.01980.14916.975770.46366.9289
333.2281.13420.5322.3612-0.38472.5280.08940.0391-0.4265-0.1589-0.2854-0.42150.42550.18040.1960.11570.02950.02710.05580.05510.139166.854211.534825.9055
342.97530.9789-0.55481.7948-1.56042.9469-0.0031-0.0488-0.4424-0.3532-0.0624-0.08340.6828-0.42170.06550.2741-0.1247-0.02070.15440.00440.170753.4647.078227.7725
353.33830.6754-0.12053.5041-1.2643.77130.2722-0.6895-0.28730.3256-0.4105-0.25870.0884-0.04050.13830.0867-0.1065-0.03460.18470.07670.0662.596113.826738.7659
360.56080.5195-0.18762.10693.20857.1022-0.1287-0.1022-0.2922-0.0716-0.0328-0.24420.12160.17230.16140.11530.07910.01750.08740.06310.227174.24154.013919.6429
375.6266-4.393.50783.8473-1.59725.5414-0.2144-0.4570.09460.04780.10510.0207-0.6251-0.69370.10930.4593-0.07850.00960.3672-0.10980.410128.31448.338714.8839
381.1262-0.3586-1.29091.73960.85324.1524-0.0487-0.08610.0170.1234-0.0326-0.0654-0.14620.44720.08130.0547-0.0437-0.04060.06530.02840.03437.0221-0.06952.1979
3911.06060.92630.74526.59222.561112.4647-0.2820.21420.18080.10170.12930.6548-0.0748-0.58050.15270.04550.04690.02030.0980.03470.083316.21049.98540.5917
401.140.2944-1.20581.729-0.48863.55210.1094-0.01740.07840.0178-0.0939-0.1237-0.60510.3887-0.01550.1402-0.0923-0.01040.079-0.00270.073737.44776.57833.8338
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A60 - 188
2X-RAY DIFFRACTION2A189 - 200
3X-RAY DIFFRACTION3A201 - 255
4X-RAY DIFFRACTION4A256 - 273
5X-RAY DIFFRACTION5B60 - 74
6X-RAY DIFFRACTION6B75 - 194
7X-RAY DIFFRACTION7B195 - 241
8X-RAY DIFFRACTION8B242 - 272
9X-RAY DIFFRACTION9C60 - 72
10X-RAY DIFFRACTION10C73 - 191
11X-RAY DIFFRACTION11C192 - 210
12X-RAY DIFFRACTION12C211 - 272
13X-RAY DIFFRACTION13D60 - 136
14X-RAY DIFFRACTION14D137 - 149
15X-RAY DIFFRACTION15D150 - 254
16X-RAY DIFFRACTION16D255 - 273
17X-RAY DIFFRACTION17E60 - 136
18X-RAY DIFFRACTION18E137 - 149
19X-RAY DIFFRACTION19E150 - 199
20X-RAY DIFFRACTION20E200 - 272
21X-RAY DIFFRACTION21F60 - 190
22X-RAY DIFFRACTION22F191 - 200
23X-RAY DIFFRACTION23F201 - 242
24X-RAY DIFFRACTION24F243 - 272
25X-RAY DIFFRACTION25G60 - 194
26X-RAY DIFFRACTION26G195 - 207
27X-RAY DIFFRACTION27G208 - 247
28X-RAY DIFFRACTION28G248 - 272
29X-RAY DIFFRACTION29H60 - 72
30X-RAY DIFFRACTION30H73 - 194
31X-RAY DIFFRACTION31H195 - 200
32X-RAY DIFFRACTION32H201 - 272
33X-RAY DIFFRACTION33I60 - 150
34X-RAY DIFFRACTION34I151 - 219
35X-RAY DIFFRACTION35I220 - 252
36X-RAY DIFFRACTION36I253 - 272
37X-RAY DIFFRACTION37J60 - 75
38X-RAY DIFFRACTION38J76 - 194
39X-RAY DIFFRACTION39J195 - 207
40X-RAY DIFFRACTION40J208 - 272

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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