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- PDB-7l6w: SFX structure of the MyD88 TIR domain higher-order assembly -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l6w
タイトルSFX structure of the MyD88 TIR domain higher-order assembly
要素Myeloid differentiation primary response protein MyD88
キーワードPROTEIN BINDING / SFX / serial femtosecond crystallography / MyD88 / TIR domain / higher-order assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / MyD88 deficiency (TLR5) / TIR domain binding / ATP-dependent histone chaperone activity / Toll binding / toll-like receptor 5 signaling pathway / induced systemic resistance / regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / neutrophil-mediated killing of bacterium / leukocyte activation involved in inflammatory response ...regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / MyD88 deficiency (TLR5) / TIR domain binding / ATP-dependent histone chaperone activity / Toll binding / toll-like receptor 5 signaling pathway / induced systemic resistance / regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / neutrophil-mediated killing of bacterium / leukocyte activation involved in inflammatory response / response to molecule of fungal origin / positive regulation of lymphocyte proliferation / response to peptidoglycan / toll-like receptor 8 signaling pathway / positive regulation of interleukin-23 production / regulation of neutrophil migration / IRAK4 deficiency (TLR5) / establishment of endothelial intestinal barrier / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / Toll signaling pathway / Toll-like receptor binding / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / toll-like receptor TLR6:TLR2 signaling pathway / interleukin-33-mediated signaling pathway / neutrophil activation involved in immune response / microglia differentiation / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / interleukin-1 receptor binding / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / MyD88 deficiency (TLR2/4) / death receptor binding / interleukin-1-mediated signaling pathway / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of macrophage cytokine production / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / extrinsic component of plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / skin development / type I interferon-mediated signaling pathway / response to amine / defense response to protozoan / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / positive regulation of interleukin-17 production / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of type I interferon production / phagocytosis / response to amino acid / positive regulation of chemokine production / JNK cascade / signaling adaptor activity / p75NTR recruits signalling complexes / response to interleukin-1 / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to mechanical stimulus / Interleukin-1 signaling / positive regulation of tumor necrosis factor production / PIP3 activates AKT signaling / ER-Phagosome pathway / cellular response to lipopolysaccharide / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / regulation of inflammatory response / response to ethanol / molecular adaptor activity / defense response to virus / gene expression / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / endosome membrane / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / innate immune response / apoptotic process / positive regulation of gene expression / cell surface / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myeloid differentiation primary response protein MyD88 / MyD88, death domain / TIR domain / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain ...Myeloid differentiation primary response protein MyD88 / MyD88, death domain / TIR domain / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Myeloid differentiation primary response protein MyD88
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Clabbers, M.T.B. / Holmes, S. / Muusse, T.W. / Vajjhala, P. / Thygesen, S.J. / Malde, A.K. / Hunter, D.J.B. / Croll, T.I. / Flueckiger, L. / Nanson, J.D. ...Clabbers, M.T.B. / Holmes, S. / Muusse, T.W. / Vajjhala, P. / Thygesen, S.J. / Malde, A.K. / Hunter, D.J.B. / Croll, T.I. / Flueckiger, L. / Nanson, J.D. / Rahaman, M.H. / Aquila, A. / Hunter, M.S. / Liang, M. / Yoon, C.H. / Zhao, J. / Zatsepin, N.A. / Abbey, B. / Sierecki, E. / Gambin, Y. / Stacey, K.J. / Darmanin, C. / Kobe, B. / Xu, H. / Ve, T.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)CE140100011 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: MyD88 TIR domain higher-order assembly interactions revealed by microcrystal electron diffraction and serial femtosecond crystallography.
著者: Max T B Clabbers / Susannah Holmes / Timothy W Muusse / Parimala R Vajjhala / Sara J Thygesen / Alpeshkumar K Malde / Dominic J B Hunter / Tristan I Croll / Leonie Flueckiger / Jeffrey D ...著者: Max T B Clabbers / Susannah Holmes / Timothy W Muusse / Parimala R Vajjhala / Sara J Thygesen / Alpeshkumar K Malde / Dominic J B Hunter / Tristan I Croll / Leonie Flueckiger / Jeffrey D Nanson / Md Habibur Rahaman / Andrew Aquila / Mark S Hunter / Mengning Liang / Chun Hong Yoon / Jingjing Zhao / Nadia A Zatsepin / Brian Abbey / Emma Sierecki / Yann Gambin / Katryn J Stacey / Connie Darmanin / Bostjan Kobe / Hongyi Xu / Thomas Ve /
要旨: MyD88 and MAL are Toll-like receptor (TLR) adaptors that signal to induce pro-inflammatory cytokine production. We previously observed that the TIR domain of MAL (MAL) forms filaments in vitro and ...MyD88 and MAL are Toll-like receptor (TLR) adaptors that signal to induce pro-inflammatory cytokine production. We previously observed that the TIR domain of MAL (MAL) forms filaments in vitro and induces formation of crystalline higher-order assemblies of the MyD88 TIR domain (MyD88). These crystals are too small for conventional X-ray crystallography, but are ideally suited to structure determination by microcrystal electron diffraction (MicroED) and serial femtosecond crystallography (SFX). Here, we present MicroED and SFX structures of the MyD88 assembly, which reveal a two-stranded higher-order assembly arrangement of TIR domains analogous to that seen previously for MAL. We demonstrate via mutagenesis that the MyD88 assembly interfaces are critical for TLR4 signaling in vivo, and we show that MAL promotes unidirectional assembly of MyD88. Collectively, our studies provide structural and mechanistic insight into TLR signal transduction and allow a direct comparison of the MicroED and SFX techniques.
履歴
登録2020年12月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年8月16日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_related_exp_data_set
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myeloid differentiation primary response protein MyD88


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2081
ポリマ－16,2081
非ポリマー00
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.400, 31.500, 54.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.400, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Myeloid differentiation primary response protein MyD88


分子量: 16207.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYD88 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99836
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1029868

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.65 %
結晶化温度: 310 K / 手法: batch mode
詳細: MAL TIR (0.5-3 micromolar) was incubated with MyD88 TIR domain (60-100 micromolar) in 10 millimolar HEPES at pH 7.5-8, 150 millimolar NaCl at 298-310K.

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K / Ambient temp details: Room temperature / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.314 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.314 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30.94 Å / Num. obs: 7118 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 1 % / CC1/2: 0.9 / Net I/σ(I): 2.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 560 / CC1/2: 0.36 / % possible all: 78.1
Serial crystallography sample delivery解説: GDVN / 手法: injection
Serial crystallography sample delivery injectionCarrier solvent: buffer / Crystal conc.: 750 / Flow rate: 20 µL/min
Serial crystallography data reductionFrame hits: 13528 / Frames indexed: 4725 / Frames total: 1029868

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
REFMACv5位相決定
Aimlessデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7BEQ

7beq


解像度: 2.3→30.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU ML: 0.409 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.302 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 712 10.1 %RANDOM
Rwork0.2327 ---
obs0.2384 6352 94.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.83 Å2 / Biso mean: 38.208 Å2 / Biso min: 19.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20 Å21.14 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→30.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1134 0 0 22 1156
Biso mean---33.94 -
残基数----138
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0131191
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0171143
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1911.6531609
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0551.5812651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2995141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.4242065
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.17915227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.9221512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0440.2155
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021301
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02275
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.39932334
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.498 32 -
Rwork0.443 353 -
all-385 -
obs--74.18 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.0932 Å / Origin y: 2.168 Å / Origin z: 11.5879 Å
111213212223313233
T0.1184 Å2-0.0063 Å2-0.0911 Å2-0.0055 Å20.0002 Å2--0.0822 Å2
L1.5776 °2-0.1098 °2-0.1313 °2-3.6027 °20.3681 °2--2.369 °2
S0.0151 Å °-0.0592 Å °-0.0162 Å °0.0643 Å °-0.0887 Å °0.1566 Å °-0.0414 Å °0.0379 Å °0.0737 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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