PDB-7l6v: Crystal structure of BoNT/A-LC-JPU-A5-JPU-C1-JPU-H7-JPU-D12-ciA-F12

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7l6v

タイトル

Crystal structure of BoNT/A-LC-JPU-A5-JPU-C1-JPU-H7-JPU-D12-ciA-F12

要素

BoNT/A
JPU-A5
JPU-C1
JPU-D12
JPU-H7
Single-domain antibody VHH ciA-F12

キーワード

ANTITOXIN / neurotoxin / enzyme inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

bontoxilysin / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Lam, K. / Jin, R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2022
タイトル: Probing the structure and function of the protease domain of botulinum neurotoxins using single-domain antibodies.
著者: Lam, K.H. / Tremblay, J.M. / Perry, K. / Ichtchenko, K. / Shoemaker, C.B. / Jin, R.

履歴

登録	2020年12月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年1月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7l6v.cif.gz	480.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7l6v.ent.gz	346.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7l6v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7l6v_validation.pdf.gz	479.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7l6v_full_validation.pdf.gz	491.6 KB	表示
XML形式データ	7l6v_validation.xml.gz	42.4 KB	表示
CIF形式データ	7l6v_validation.cif.gz	61.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/7l6v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/7l6v	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7lzpC 7m1hC 7na9C 7t5fC 3v0aS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5m6u-d 5k7g-d 5t8f-d 6chv-d 5vlr-d 5dxu-d 4w9n-d 5e6m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BoNT/A

B: JPU-C1

C: JPU-A5

D: JPU-H7

E: Single-domain antibody VHH ciA-F12

F: JPU-D12

ヘテロ分子

116 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.899, 157.645, 173.001
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222
Space group name Hall	I22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質	BoNT/A / BoNT/A1 neurotoxin / Bont/A1 / Botulinum neurotoxin type A / Neurotoxin A / Neurotoxin BoNT / ...BoNT/A1 neurotoxin / Bont/A1 / Botulinum neurotoxin type A / Neurotoxin A / Neurotoxin BoNT / Neurotoxin type A / Peptidase M27 分子量: 48551.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 遺伝子: a, A, boNT, bont, bonta, botA, ACP52_06670, GJ703_01514 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7B8V4, bontoxilysin
#3: タンパク質	JPU-A5 分子量: 13674.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

#1: タンパク質

BoNT/A / BoNT/A1 neurotoxin / Bont/A1 / Botulinum neurotoxin type A / Neurotoxin A / Neurotoxin BoNT / ...

分子量: 48551.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: a, A, boNT, bont, bonta, botA, ACP52_06670, GJ703_01514
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7B8V4, bontoxilysin

#3: タンパク質

JPU-A5

分子量: 13674.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)

-
抗体 , 4種, 4分子 BDEF

#2: 抗体	JPU-C1 分子量: 13297.776 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 抗体	JPU-H7 分子量: 13326.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: 抗体	Single-domain antibody VHH ciA-F12 分子量: 13201.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#6: 抗体	JPU-D12 分子量: 13747.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 3種, 523分子

#7: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#8: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 520 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.95 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20 % isopropanol, 0.1 M Na citrate pH 5.6, 20 % PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→116.52 Å / Num. obs: 103244 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 2.8 % / B_iso Wilson estimate: 34.82 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_pim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 2.01→2.04 Å / Num. unique obs: 5017 / CC_1/2: 0.352

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PDB_EXTRACT		データ抽出
PHENIX	1.19_4092	精密化
XDS		データ削減
Coot		モデル構築
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3V0A

3v0a

解像度: 2.01→116.52 Å / SU ML: 0.2711 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.3387
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2344	5109	4.98 %
R_work	0.1968	97538	-
obs	0.1986	102647	97.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→116.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7965	0	9	520	8494

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0063	8143
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7986	11026
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0529	1194
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0045	1435
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.0762	2928

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.01-2.03	0.3257	149	0.333	2983	X-RAY DIFFRACTION	90.31
2.03-2.06	0.3417	171	0.3294	3056	X-RAY DIFFRACTION	93.84
2.06-2.08	0.3872	148	0.3192	3213	X-RAY DIFFRACTION	96.22
2.08-2.11	0.3016	168	0.296	3241	X-RAY DIFFRACTION	98.3
2.11-2.14	0.3215	172	0.2866	3256	X-RAY DIFFRACTION	98.65
2.14-2.17	0.3409	172	0.286	3228	X-RAY DIFFRACTION	98.98
2.17-2.2	0.3061	167	0.2735	3275	X-RAY DIFFRACTION	98.99
2.2-2.23	0.3	199	0.2699	3267	X-RAY DIFFRACTION	98.92
2.23-2.26	0.3325	204	0.2742	3231	X-RAY DIFFRACTION	98.91
2.26-2.3	0.322	180	0.2528	3257	X-RAY DIFFRACTION	99.02
2.3-2.34	0.2724	170	0.2466	3285	X-RAY DIFFRACTION	99.34
2.34-2.38	0.3058	164	0.2445	3274	X-RAY DIFFRACTION	98.76
2.38-2.43	0.28	174	0.2403	3245	X-RAY DIFFRACTION	98.47
2.43-2.48	0.279	167	0.2312	3243	X-RAY DIFFRACTION	97.82
2.48-2.53	0.2743	173	0.2219	3275	X-RAY DIFFRACTION	99.14
2.53-2.59	0.2472	166	0.2122	3300	X-RAY DIFFRACTION	99.34
2.59-2.66	0.2684	190	0.2073	3297	X-RAY DIFFRACTION	99.29
2.66-2.73	0.2588	169	0.206	3290	X-RAY DIFFRACTION	99.2
2.73-2.81	0.2748	181	0.1995	3275	X-RAY DIFFRACTION	99.25
2.81-2.9	0.2279	171	0.1993	3317	X-RAY DIFFRACTION	98.92
2.9-3	0.2517	181	0.1988	3232	X-RAY DIFFRACTION	98.41
3-3.12	0.2326	154	0.1961	3335	X-RAY DIFFRACTION	98.78
3.12-3.26	0.2449	163	0.1848	3210	X-RAY DIFFRACTION	95.74
3.26-3.44	0.2219	157	0.1768	3309	X-RAY DIFFRACTION	98.72
3.44-3.65	0.2123	156	0.1793	3292	X-RAY DIFFRACTION	98.43
3.65-3.93	0.1989	178	0.1643	3289	X-RAY DIFFRACTION	97.94
3.93-4.33	0.1862	161	0.1546	3285	X-RAY DIFFRACTION	97.26
4.33-4.96	0.166	171	0.1457	3185	X-RAY DIFFRACTION	94.51
4.96-6.24	0.185	166	0.1728	3312	X-RAY DIFFRACTION	96.83
6.25-116.52	0.2103	167	0.1811	3281	X-RAY DIFFRACTION	92.22

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.23552034229	-0.658972783145	-0.507667453322	2.51396600884	-0.132395123586	1.76174951519	0.0379535570431	-0.0835359719743	-0.0654070114483	0.150572242982	-0.0339046947498	0.39200140906	0.037303238303	-0.135596627172	-0.00913733611979	0.238774552995	0.0137033773368	0.0477169815188	0.288423658324	0.0398600632014	0.317171063767	-72.3371682538	32.3895826775	38.6394019007
2	0.94268763088	-0.10471177253	-0.0897422645131	1.20719659764	-0.152376016628	0.599268578697	0.00817634036033	0.0563323905792	-0.14507717375	-0.0399575455982	0.0329959209363	0.255728132442	0.03894479207	-0.0958208064195	-0.0417093398824	0.254855416302	-7.52102774978E-5	-0.00288435831117	0.277008762862	0.0194029931409	0.300246314392	-69.1598708837	28.5071259718	28.3601931879
3	1.57656017756	-0.738111175257	0.333254710886	1.58882285895	-0.492248925206	0.921308625572	0.0914673989846	0.249931516932	-0.11365173062	-0.24145541888	-0.0462230730729	0.135497620772	0.0656147467739	-0.023264601317	-0.0296730256386	0.262435606143	-0.0152394987073	-0.0156754414003	0.252177118424	-0.0138582562291	0.210863875202	-63.7382251452	31.416163944	17.9966386707
4	1.48789297338	-0.293719845971	1.65661476916	0.972681993803	-0.597640744097	3.46338006489	-0.113914978859	0.815309876362	-0.368206892378	-0.343289116074	0.214905344414	0.701597109348	0.270204684697	-0.737274817905	-0.0630053628531	0.476558672454	-0.112852601834	-0.186578965726	1.01305007892	0.0930841390553	1.57787275382	-102.363188636	18.0655481841	14.4098233801
5	2.72587810658	-0.198755770078	-0.332781451225	2.33641825653	-0.199009515847	1.68667237128	0.211703963025	0.663137002736	-0.637479978697	-0.48524242704	0.117624424449	1.0017814227	0.223334046445	-0.733651484172	-0.270632680461	0.416498267911	-0.0264159210932	-0.202272888943	0.763892364143	0.0433530778749	0.995867560966	-95.7232811809	25.1834812255	15.1766589896
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28	4.08738809833	2.50386553109	2.29297128975	2.01387913592	0.165318055044	4.48215876648	-0.0232694833352	-0.10548556763	-0.166972873606	-0.0232927496617	0.0977092243862	-0.0815721686987	-0.314767913649	0.111531052125	-0.133392986049	0.354862277701	0.0175395466702	0.077236324519	0.361060115439	-0.00374387952784	0.397315602792	-75.9987321963	38.0753956063	53.9050650731
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31	1.34315481144	-1.31553204159	0.9499589138	2.83069133016	-2.00126024278	4.57392207915	0.399820142346	-0.0241402901434	0.753329271757	-0.561392729618	-0.22619090946	-0.484783789999	-0.945901571165	0.13484804126	-0.194139997335	0.825207006553	-0.046514586608	0.0814424430076	0.318757866047	-0.0248748462578	0.715254667359	-62.9925652763	82.1240486626	30.3038087612
32	2.26059979182	-1.67824815642	1.24620606281	2.80946333455	-2.70785333468	2.71965163544	0.400255111988	0.120407003767	0.134044091689	-0.235149915974	-0.314886415641	-0.305929441447	0.296855678638	0.384487236947	-0.0679997852976	0.541853235629	0.0392303180837	0.0425008693235	0.405273433712	-0.09722533244	0.684865379992	-60.8914403103	66.6828722465	31.6304101704
33	1.60903477195	-0.324911412264	0.0750234491127	4.0642788483	-0.0368419928021	1.48097953223	0.0697229341389	-0.116298619863	0.531599101588	0.528353461009	0.194086543939	0.0399896887062	-0.304991550293	0.00269057078073	-0.202630234774	0.481772310546	0.0244397036246	0.120205877047	0.344768497256	-0.0101899248296	0.471564820026	-67.9322606722	59.4048162937	30.1999246177
34	2.83788680938	-3.44136347117	-2.62529768781	6.82351232427	5.69520676483	7.97998666019	0.0682168417834	-0.694053285542	0.88363118292	0.33627833333	0.10040337236	1.37947990527	-0.389633835158	-0.243267631305	-0.212130949766	0.674120509313	0.0701193156513	0.291746415126	0.490212641367	-0.0169687805656	0.905838609075	-76.3531283411	70.1161421652	30.6712044693
35	3.12473040903	-1.81526833933	0.276457744476	7.49247837064	-1.40813998457	2.93682231869	0.124354742513	0.294881266495	0.958103680103	-0.751455462704	0.211650741366	-0.0487345916427	-0.157577268122	-0.620462836153	-0.289037056638	0.571349102114	0.0404590179485	0.0537278981413	0.389999508048	0.114656162031	0.570111535067	-70.7162448329	64.4329647936	19.8193443544
36	1.04561081769	0.276158801233	-0.358649506905	3.08633922487	0.809630727975	2.36354946277	0.39132864886	0.0942245943382	0.261691373252	-0.460460661425	0.0317538830058	0.0675687986481	-0.498500103126	-0.187420874603	-0.450711699585	0.579918051905	0.0103782890597	0.0949649254714	0.367652057736	0.0816681162163	0.609140820757	-64.5592763555	70.2576910503	25.1900144897
37	1.18419489115	0.392775278074	-0.170586137102	2.15009114221	-0.246949187504	0.411151047032	0.150552497568	-0.10004311523	0.735933632927	0.273257641079	0.0352958287439	0.283743799994	-0.351339823914	-0.107411920432	-0.20617693282	0.484505807331	0.0871375414507	0.0910887298689	0.380703105824	0.00478286393312	0.540754193367	-74.407405268	60.9846057728	29.7694355317
38	2.04375650213	2.27091653715	0.343510883862	7.04001885787	-0.160998780321	1.44601036797	0.320965185609	-0.307239973175	0.446249488726	1.04889948404	-0.279517889698	0.0493308533073	-0.498420313093	-0.140058784893	-0.034281420268	0.722339016963	0.0559195035911	0.14376078535	0.385616539163	-0.100101558716	0.626193770241	-69.723777235	69.4250159304	35.9788536008

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 0 through 61 )	A	A	0 - 61	1 - 62
2	2	chain 'A' and (resid 62 through 216 )	A	A	62 - 216	63 - 217
3	3	chain 'A' and (resid 217 through 420 )	A	A	217 - 420	218 - 418
4	4	chain 'B' and (resid 1 through 25 )	B	D	1 - 25	1 - 25
5	5	chain 'B' and (resid 26 through 115 )	B	D	26 - 115	26 - 115
6	6	chain 'C' and (resid -3 through 7 )	C	E	-3 - 7	1 - 11
7	7	chain 'C' and (resid 8 through 25 )	C	E	8 - 25	12 - 29
8	8	chain 'C' and (resid 26 through 40 )	C	E	26 - 40	30 - 44
9	9	chain 'C' and (resid 41 through 59 )	C	E	41 - 59	45 - 63
10	10	chain 'C' and (resid 60 through 66 )	C	E	60 - 66	64 - 70
11	11	chain 'C' and (resid 67 through 108 )	C	E	67 - 108	71 - 112
12	12	chain 'C' and (resid 109 through 122 )	C	E	109 - 122	113 - 126
13	13	chain 'D' and (resid -4 through 8 )	D	F	-4 - 8	1 - 13
14	14	chain 'D' and (resid 9 through 17 )	D	F	9 - 17	14 - 22
15	15	chain 'D' and (resid 18 through 39 )	D	F	18 - 39	23 - 44
16	16	chain 'D' and (resid 40 through 51 )	D	F	40 - 51	45 - 56
17	17	chain 'D' and (resid 52 through 59 )	D	F	52 - 59	57 - 64
18	18	chain 'D' and (resid 60 through 66 )	D	F	60 - 66	65 - 71
19	19	chain 'D' and (resid 67 through 82 )	D	F	67 - 82	72 - 87
20	20	chain 'D' and (resid 83 through 110 )	D	F	83 - 110	88 - 115
21	21	chain 'D' and (resid 111 through 117 )	D	F	111 - 117	116 - 122
22	22	chain 'E' and (resid -1 through 7 )	E	G	-1 - 7	1 - 9
23	23	chain 'E' and (resid 8 through 33 )	E	G	8 - 33	10 - 35
24	24	chain 'E' and (resid 34 through 44 )	E	G	34 - 44	36 - 46
25	25	chain 'E' and (resid 45 through 59 )	E	G	45 - 59	47 - 61
26	26	chain 'E' and (resid 60 through 81 )	E	G	60 - 81	62 - 83
27	27	chain 'E' and (resid 82 through 97 )	E	G	82 - 97	84 - 99
28	28	chain 'E' and (resid 98 through 107 )	E	G	98 - 107	100 - 109
29	29	chain 'E' and (resid 108 through 120 )	E	G	108 - 120	110 - 122
30	30	chain 'F' and (resid 0 through 7 )	F	H	0 - 7	1 - 8
31	31	chain 'F' and (resid 8 through 17 )	F	H	8 - 17	9 - 18
32	32	chain 'F' and (resid 18 through 25 )	F	H	18 - 25	19 - 26
33	33	chain 'F' and (resid 26 through 39 )	F	H	26 - 39	27 - 40
34	34	chain 'F' and (resid 40 through 51 )	F	H	40 - 51	41 - 52
35	35	chain 'F' and (resid 52 through 63 )	F	H	52 - 63	53 - 64
36	36	chain 'F' and (resid 64 through 90 )	F	H	64 - 90	65 - 91
37	37	chain 'F' and (resid 91 through 111 )	F	H	91 - 111	92 - 112
38	38	chain 'F' and (resid 112 through 125 )	F	H	112 - 125	113 - 126

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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