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Yorodumi- PDB-7l6v: Crystal structure of BoNT/A-LC-JPU-A5-JPU-C1-JPU-H7-JPU-D12-ciA-F12 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7l6v | ||||||
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Title | Crystal structure of BoNT/A-LC-JPU-A5-JPU-C1-JPU-H7-JPU-D12-ciA-F12 | ||||||
Components |
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Keywords | ANTITOXIN / neurotoxin / enzyme inhibitor | ||||||
Function / homology | Function and homology information bontoxilysin / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Clostridium botulinum (bacteria) Vicugna pacos (alpaca) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.01 Å | ||||||
Authors | Lam, K. / Jin, R. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Plos Pathog. / Year: 2022 Title: Probing the structure and function of the protease domain of botulinum neurotoxins using single-domain antibodies. Authors: Lam, K.H. / Tremblay, J.M. / Perry, K. / Ichtchenko, K. / Shoemaker, C.B. / Jin, R. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7l6v.cif.gz | 479.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7l6v.ent.gz | 346.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7l6v.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7l6v_validation.pdf.gz | 479.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7l6v_full_validation.pdf.gz | 491.6 KB | Display | |
Data in XML | 7l6v_validation.xml.gz | 42.4 KB | Display | |
Data in CIF | 7l6v_validation.cif.gz | 61.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/7l6v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/7l6v | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7lzpC 7m1hC 7na9C 7t5fC 3v0aS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 2 molecules AC
#1: Protein | Mass: 48551.816 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Clostridium botulinum (bacteria) Gene: a, A, boNT, bont, bonta, botA, ACP52_06670, GJ703_01514 Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q7B8V4, bontoxilysin |
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#3: Protein | Mass: 13674.280 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vicugna pacos (alpaca) / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
-Antibody , 4 types, 4 molecules BDEF
#2: Antibody | Mass: 13297.776 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vicugna pacos (alpaca) / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
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#4: Antibody | Mass: 13326.680 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vicugna pacos (alpaca) / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
#5: Antibody | Mass: 13201.407 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vicugna pacos (alpaca) / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
#6: Antibody | Mass: 13747.205 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vicugna pacos (alpaca) / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
-Non-polymers , 3 types, 523 molecules
#7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-ZN / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.41 Å3/Da / Density % sol: 63.95 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 20 % isopropanol, 0.1 M Na citrate pH 5.6, 20 % PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9792 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Dec 15, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.01→116.52 Å / Num. obs: 103244 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 34.82 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 7.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.01→2.04 Å / Num. unique obs: 5017 / CC1/2: 0.352 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3V0A Resolution: 2.01→116.52 Å / SU ML: 0.2711 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.3387 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 48.37 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.01→116.52 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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