[日本語] English
万見
- PDB-7l6s: Crystal structure of the ATPase and transducer domains of DNA top... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l6s
タイトルCrystal structure of the ATPase and transducer domains of DNA topoisomerase II from Balamuthia mandrillaris CDC:V039: baboon/San Diego/1986
要素DNA topoisomerase II
キーワードISOMERASE / SSGCID / DNA topoisomerase II / Balamuthia mandrillaris / ATPase domain / transducer domains / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
機能・相同性情報
生物種Balamuthia mandrillaris (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the ATPase and transducer domains of DNA topoisomerase II from Balamuthia mandrillaris Lepto ID: CDC:V039: baboon/San Diego/1986
著者: Abendroth, J. / Fox III, D. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2020年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9976
ポリマ－48,2801
非ポリマー7175
水5,314295
1
A: DNA topoisomerase II
ヘテロ分子

A: DNA topoisomerase II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,99412
ポリマ－96,5602
非ポリマー1,43310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area7520 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area31880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.770, 187.250, 61.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 DNA topoisomerase II


分子量: 48280.090 Da / 分子数: 1 / 断片: ATPase and transducer domains / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Balamuthia mandrillaris (真核生物)
株: CDC:V039: baboon/San Diego/1986 / プラスミド: BamaA.19955.b.B2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing)
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.2 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 18 mg/mL BamaA.19955.b.B2.PW38788 in Microlytics MCSG1 screen, condition a1 (20% w/v PEG2000, 100 mM HEPES free acid / NaOH, pH 7.5) + 3 mM magnesium chloride/AMPPNP, tray 315297 a1, ...詳細: 18 mg/mL BamaA.19955.b.B2.PW38788 in Microlytics MCSG1 screen, condition a1 (20% w/v PEG2000, 100 mM HEPES free acid / NaOH, pH 7.5) + 3 mM magnesium chloride/AMPPNP, tray 315297 a1, cryoprotectant: 20% ethylene glycol + magnesium chloride/AMPPNP, puck cgp8-1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年12月10日 / 詳細: BERYIILUM LENSES
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 37513 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.719 % / Biso Wilson estimate: 39.655 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 0.937 / Net I/σ(I): 21.19
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.95-26.810.5953.327430.9140.645100
2-2.066.8210.4584.3526590.9550.496100
2.06-2.126.820.365.5826060.9570.39100
2.12-2.186.8160.2747.1925120.9770.297100
2.18-2.256.8090.2119.1624520.9850.229100
2.25-2.336.8230.16911.2223730.990.183100
2.33-2.426.820.14213.3522870.9920.154100
2.42-2.526.7870.10916.9722120.9950.118100
2.52-2.636.7940.09419.1621130.9960.101100
2.63-2.766.7680.07423.4620320.9980.08100
2.76-2.916.7540.06426.7919450.9980.069100
2.91-3.086.7170.05231.8218500.9980.056100
3.08-3.36.6330.04635.6917080.9990.05100
3.3-3.566.6050.03940.9216300.9990.043100
3.56-3.96.5790.03544.1914860.9990.038100
3.9-4.366.5440.03246.2513630.9990.035100
4.36-5.036.5080.0348.0912120.9990.032100
5.03-6.176.4910.0347.7810400.9990.032100
6.17-8.726.2630.02947.538130.9990.03199.9
8.72-505.5370.02847.134770.9990.03197.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.19rc4 4035精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MoRDa位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1ZXM (as per MoRDa)

1zxm


解像度: 1.95→39.74 Å / SU ML: 0.1974 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.3408
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1958 2066 5.51 %0
Rwork0.1671 35437 --
obs0.1686 37503 99.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→39.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3103 0 44 295 3442
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00713269
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80014455
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0552502
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0067594
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.95641229
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-20.30511380.26862325X-RAY DIFFRACTION100
2-2.050.2751370.22682323X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.10.22661310.20772323X-RAY DIFFRACTION99.96
2.1-2.160.22411510.19162319X-RAY DIFFRACTION99.96
2.16-2.230.18341320.17692359X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.310.20461630.1732307X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.40.20081520.18082339X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.510.21871450.17442330X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.650.20071130.17492361X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.810.20081460.16752357X-RAY DIFFRACTION99.96
2.81-3.030.18551430.17122361X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.330.23741260.17422381X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.820.18971300.15652394X-RAY DIFFRACTION100
3.82-4.810.15741260.13612431X-RAY DIFFRACTION99.96
4.81-39.740.17561330.1642527X-RAY DIFFRACTION99.59
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.460364148120.458108685670.4792893947741.58595508404-0.2969611189172.75415415723-0.1655453105620.2296340848520.0777496377304-0.09968638281080.0764076014577-0.190925399438-0.5441326021980.3968918709750.03794652644710.222558502806-0.02776224164050.01949746352780.2173311292060.03495710634120.21818515461911.445318187928.3892826945-16.7742590223
22.57250057053-0.1481708616660.8479703396932.208580431320.1072537364931.84583060484-0.0466480605985-0.0284957014541-0.2911662206430.1904108539590.0108100667597-0.384658489661-0.02925746663840.2870333859270.0335464379070.168569281857-0.00759569065142-0.02908500835470.2491717523540.05233148137130.287959483417.830044878519.7623657893-4.2358065893
32.40505493736-0.664852040644-0.9598876307224.68816099757-0.3143802291340.8297784360820.123741021928-0.2123612652460.4514448497750.417184280089-0.0294851421146-0.179923246476-0.2521546838530.0190530606039-0.0841394679440.319907912240.00274133662088-0.03097313453260.287482124061-0.03822871205280.192194189712.0919245028749.9220825917-1.53309901145
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 119 through 191 )119 - 1911 - 73
22chain 'A' and (resid 192 through 365 )192 - 36574 - 247
33chain 'A' and (resid 366 through 519 )366 - 519248 - 396

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る