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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7l6s | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the ATPase and transducer domains of DNA topoisomerase II from Balamuthia mandrillaris CDC:V039: baboon/San Diego/1986 | ||||||
![]() | DNA topoisomerase II | ||||||
![]() | ISOMERASE / SSGCID / DNA topoisomerase II / Balamuthia mandrillaris / ATPase domain / transducer domains / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
機能・相同性 | PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of the ATPase and transducer domains of DNA topoisomerase II from Balamuthia mandrillaris Lepto ID: CDC:V039: baboon/San Diego/1986 著者: Abendroth, J. / Fox III, D. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 219.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 142.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1zxmS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48280.090 Da / 分子数: 1 / 断片: ATPase and transducer domains / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: CDC:V039: baboon/San Diego/1986 / プラスミド: BamaA.19955.b.B2 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ANP / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.2 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 18 mg/mL BamaA.19955.b.B2.PW38788 in Microlytics MCSG1 screen, condition a1 (20% w/v PEG2000, 100 mM HEPES free acid / NaOH, pH 7.5) + 3 mM magnesium chloride/AMPPNP, tray 315297 a1, ...詳細: 18 mg/mL BamaA.19955.b.B2.PW38788 in Microlytics MCSG1 screen, condition a1 (20% w/v PEG2000, 100 mM HEPES free acid / NaOH, pH 7.5) + 3 mM magnesium chloride/AMPPNP, tray 315297 a1, cryoprotectant: 20% ethylene glycol + magnesium chloride/AMPPNP, puck cgp8-1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年12月10日 / 詳細: BERYIILUM LENSES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 37513 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.719 % / Biso Wilson estimate: 39.655 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 0.937 / Net I/σ(I): 21.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1ZXM (as per MoRDa) 解像度: 1.95→39.74 Å / SU ML: 0.1974 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.3408 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.35 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→39.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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