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- PDB-7l6s: Crystal structure of the ATPase and transducer domains of DNA top... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7l6s | ||||||
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Title | Crystal structure of the ATPase and transducer domains of DNA topoisomerase II from Balamuthia mandrillaris CDC:V039: baboon/San Diego/1986 | ||||||
![]() | DNA topoisomerase II | ||||||
![]() | ISOMERASE / SSGCID / DNA topoisomerase II / Balamuthia mandrillaris / ATPase domain / transducer domains / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of the ATPase and transducer domains of DNA topoisomerase II from Balamuthia mandrillaris Lepto ID: CDC:V039: baboon/San Diego/1986 Authors: Abendroth, J. / Fox III, D. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 219.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 142.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 1zxmS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 48280.090 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: ATPase and transducer domains Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-ANP / | ||||
#3: Chemical | ChemComp-MG / | ||||
#4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 18 mg/mL BamaA.19955.b.B2.PW38788 in Microlytics MCSG1 screen, condition a1 (20% w/v PEG2000, 100 mM HEPES free acid / NaOH, pH 7.5) + 3 mM magnesium chloride/AMPPNP, tray 315297 a1, ...Details: 18 mg/mL BamaA.19955.b.B2.PW38788 in Microlytics MCSG1 screen, condition a1 (20% w/v PEG2000, 100 mM HEPES free acid / NaOH, pH 7.5) + 3 mM magnesium chloride/AMPPNP, tray 315297 a1, cryoprotectant: 20% ethylene glycol + magnesium chloride/AMPPNP, puck cgp8-1 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Dec 10, 2020 / Details: BERYIILUM LENSES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.95→50 Å / Num. obs: 37513 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.719 % / Biso Wilson estimate: 39.655 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 0.937 / Net I/σ(I): 21.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 1ZXM (as per MoRDa) Resolution: 1.95→39.74 Å / SU ML: 0.1974 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 18.3408 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 42.35 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→39.74 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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