PDB-7l6j: Crystal Structure of the Putative Hydrolase from Stenotrophomonas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7l6j

タイトル

Crystal Structure of the Putative Hydrolase from Stenotrophomonas maltophilia

要素

Putative hydrolase

キーワード

HYDROLASE / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / putative hydrolase

機能・相同性

isochorismatase activity / Isochorismatase / : / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like superfamily / Isochorismatase domain / FORMIC ACID / Hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Wiersum, G. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2025
タイトル: Functional and structural characterization of Stenotrophomonas maltophilia EntB, an unusual form of isochorismatase for siderophore synthesis.
著者: Nas, M.Y. / Gabell, J. / Inniss, N. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Satchell, K.J.F. / Cianciotto, N.P.

履歴

登録	2020年12月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2025年7月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7l6j.cif.gz	114.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7l6j.ent.gz	87.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7l6j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7l6j_validation.pdf.gz	436 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7l6j_full_validation.pdf.gz	436.2 KB	表示
XML形式データ	7l6j_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	7l6j_validation.cif.gz	24.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/7l6j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/7l6j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3pqc-1 6ck0-1 4wd6-2 1u5h-d 2x9i-4 3trd-d 6ck0-2 5vg2-4 4ubq-d 1tfo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP97824

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative hydrolase

ヘテロ分子

24.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	171.693, 171.693, 171.693
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	214
Space group name H-M	I4₁32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-621- HOH
2	1	A-644- HOH
3	1	A-681- HOH
4	1	A-683- HOH
5	1	A-709- HOH
6	1	A-740- HOH
7	1	A-784- HOH

#1: タンパク質	Putative hydrolase 分子量: 24040.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) (バクテリア) 株: K279a / 遺伝子: Smlt2820 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 Magic / 参照: UniProt: B2FHQ4
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.06 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Protein: 7.9 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3; Screen: ComPAS (H12), 3.0M Sodium formate; Cryo: 4.0M Sodium formate.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年6月19日 / 詳細: Be
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→30 Å / Num. obs: 41390 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.3 % / B_iso Wilson estimate: 18.8 Å² / CC_1/2: 0.994 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.111 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.117 / R_sym value: 0.111 / Χ²: 1.276 / Net I/σ(I): 23
反射シェル	解像度: 1.78→1.81 Å / 冗長度: 10.4 % / R_merge(I) obs: 0.886 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 2047 / CC_1/2: 0.851 / CC star: 0.959 / R_pim(I) all: 0.287 / R_rim(I) all: 0.931 / R_sym value: 0.886 / Χ²: 1.002 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.78→29.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 2.633 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1544	2031	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1374	-	-	-
obs	0.1382	39291	99.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 66.54 Å² / B_iso mean: 19.994 Å² / B_iso min: 12.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.78→29.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1676	0	24	466	2166
B_iso mean	-	-	37.03	34.57	-
残基数	-	-	-	-	213

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	1821
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1670
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.376	1.657	2482
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.369	1.58	3837
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.805	5	230
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	25.949	19.098	122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.572	15	268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.599	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	230
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.053	0.02	2160
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.046	0.02	449

LS精密化シェル

解像度: 1.78→1.826 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.246	149	-
R_work	0.217	2872	-
all	-	3021	-
obs	-	-	99.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.487	-0.4363	-0.5914	1.2585	0.222	2.4064	0.0274	0.1321	0.2793	-0.0873	-0.1159	0.0877	-0.315	-0.2114	0.0885	0.0494	0.0295	-0.0256	0.0368	0.0058	0.0725	93.0524	19.9531	19.9531
2	0.6508	0.0201	0.0669	0.5255	0.2731	0.4064	0.0171	0.0974	0.0374	-0.0307	-0.0575	0.055	-0.0232	-0.0816	0.0404	0.0127	0.0126	-0.0007	0.049	-0.0147	0.0224	91.7282	5.8974	25.0346
3	0.7875	0.302	0.5475	0.9059	0.9313	1.1349	0.0441	-0.1087	0.0391	0.02	-0.1373	0.085	0.0175	-0.2061	0.0932	0.0154	-0.0021	0.0126	0.057	-0.0279	0.029	89.3199	10.248	36.0979
4	0.916	-0.1802	0.0958	2.5111	0.1427	1.0383	0.0004	-0.0242	0.0117	0.0163	0.0155	-0.1723	0.0344	-0.0194	-0.0159	0.0409	-0.0036	0.0042	0.0206	-0.0148	0.0219	100.0043	-2.9477	35.2304
5	0.5834	0.1129	0.0814	0.7423	0.4046	0.459	-0.0349	0.1142	0.0552	-0.0228	0.008	-0.0002	-0.0368	-0.0315	0.0269	0.0261	0.008	0.003	0.0549	-0.0044	0.023	100.8206	8.0255	21.6844

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-2 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	20 - 87
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	88 - 128
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	129 - 141
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	142 - 210

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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