PDB-7l6c: Crystal Structure of Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase InhA ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7l6c

タイトル

Crystal Structure of Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase InhA from Mycobacterium abscessus in complex with NAD

要素

Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase / InhA / MAB_2722c / NAD / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacteroides abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2022
タイトル: Efficacy and Mode of Action of a Direct Inhibitor of Mycobacterium abscessus InhA.
著者: Alcaraz, M. / Roquet-Baneres, F. / Leon-Icaza, S.A. / Abendroth, J. / Boudehen, Y.M. / Cougoule, C. / Edwards, T.E. / Kremer, L.

履歴

登録	2020年12月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2022年10月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7l6c.ent.gz	354.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・要旨	7l6c_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/7l6c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/7l6c	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7kliSC 7u0mC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2aqh-1 2aq8-1 3oey-1 6yuu-1 5g0w-d 5oil-1 4oxk-d 4trn-1 5vrn-7 4dre-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

122 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	206.660, 92.630, 98.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 118.318, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-446- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 3 through 18 or resid 20...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 3 through 18 or resid 20...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 3 through 18 or resid 20...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 3 through 18 or resid 20...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	GLY	ASP	A	1 - 16
d_1	2	ens_1	SER	ALA	A	18 - 32
d_1	3	ens_1	LEU	ASP	A	34 - 40
d_1	4	ens_1	LEU	PRO	A	42 - 53
d_1	5	ens_1	PRO	GLY	A	55 - 100
d_1	6	ens_1	PHE	ALA	A	106 - 152
d_1	7	ens_1	PRO	ALA	A	154 - 155
d_1	8	ens_1	ASN	ALA	A	157 - 174
d_1	9	ens_1	GLU	MET	A	176 - 197
d_1	10	ens_1	ALA	VAL	A	199 - 201
d_1	11	ens_1	ALA	GLN	A	204 - 211
d_1	12	ens_1	MET	GLN	A	213 - 222
d_1	13	ens_1	ALA	ALA	A	224 - 237
d_1	14	ens_1	THR	LEU	A	239 - 267
d_1	15	ens_1	NAD	NAD	B
d_2	1	ens_1	GLY	ASP	F	2 - 17
d_2	2	ens_1	SER	ALA	F	19 - 33
d_2	3	ens_1	LEU	ASP	F	35 - 41
d_2	4	ens_1	LEU	PRO	F	43 - 54
d_2	5	ens_1	PRO	GLY	F	56 - 101
d_2	6	ens_1	PHE	ALA	F	107 - 153
d_2	7	ens_1	PRO	ALA	F	155 - 156
d_2	8	ens_1	ASN	ALA	F	158 - 175
d_2	9	ens_1	GLU	MET	F	177 - 198
d_2	10	ens_1	ALA	VAL	F	200 - 202
d_2	11	ens_1	ALA	GLN	F	205 - 212
d_2	12	ens_1	MET	GLN	F	214 - 223
d_2	13	ens_1	ALA	ALA	F	225 - 238
d_2	14	ens_1	THR	LEU	F	240 - 268
d_2	15	ens_1	NAD	NAD	G
d_3	1	ens_1	GLY	ASP	I	1 - 16
d_3	2	ens_1	SER	ALA	I	18 - 32
d_3	3	ens_1	LEU	ASP	I	34 - 40
d_3	4	ens_1	LEU	PRO	I	42 - 53
d_3	5	ens_1	PRO	GLY	I	55 - 100
d_3	6	ens_1	PHE	ALA	I	106 - 152
d_3	7	ens_1	PRO	ALA	I	154 - 155
d_3	8	ens_1	ASN	ALA	I	157 - 174
d_3	9	ens_1	GLU	MET	I	176 - 197
d_3	10	ens_1	ALA	VAL	I	199 - 201
d_3	11	ens_1	ALA	GLN	I	204 - 211
d_3	12	ens_1	MET	GLN	I	213 - 222
d_3	13	ens_1	ALA	ALA	I	224 - 237
d_3	14	ens_1	THR	LEU	I	239 - 267
d_3	15	ens_1	NAD	NAD	J
d_4	1	ens_1	GLY	ASP	L	1 - 16
d_4	2	ens_1	SER	ALA	L	18 - 32
d_4	3	ens_1	LEU	ASP	L	34 - 40
d_4	4	ens_1	LEU	PRO	L	42 - 53
d_4	5	ens_1	PRO	GLY	L	55 - 100
d_4	6	ens_1	PHE	ALA	L	106 - 152
d_4	7	ens_1	PRO	ALA	L	154 - 155
d_4	8	ens_1	ASN	ALA	L	157 - 174
d_4	9	ens_1	GLU	MET	L	176 - 197
d_4	10	ens_1	ALA	GLN	L	199 - 209
d_4	11	ens_1	MET	GLN	L	211 - 220
d_4	12	ens_1	ALA	ALA	L	222 - 235
d_4	13	ens_1	THR	LEU	L	237 - 265
d_4	14	ens_1	NAD	NAD	M

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.773335035658, 0.527069939099, -0.352349545085), (0.52610506753, 0.223369536192, -0.820560484194), (-0.353788609968, -0.819941052515, -0.450033654139)	-100.860291896, 106.422645258, 94.122869887
2	given	(-0.744994968365, -0.441427374178, -0.500124354973), (-0.445735280365, -0.228370961898, 0.865544200835), (-0.496288783824, 0.867749144101, -0.0266245368554)	-50.1092658976, -18.6305859055, -9.20446254033
3	given	(0.527670972992, -0.0958757070437, 0.844020848712), (-0.0984318797456, -0.993817887018, -0.0513534077954), (0.843726560748, -0.0559808560253, -0.533846077486)	-67.4299352317, 82.7894559819, 131.630993097

#1: タンパク質	Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] 分子量: 29695.074 Da / 分子数: 4 / 断片: MyabA.00170.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacteroides abscessus (strain ATCC 19977 / DSM 44196 / CIP 104536 / JCM 13569 / NCTC 13031 / TMC 1543) (バクテリア) 株: ATCC 19977 / DSM 44196 / CIP 104536 / JCM 13569 / NCTC 13031 / TMC 1543 遺伝子: MAB_2722c / プラスミド: MyabA.00170.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: B1MC30, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 866 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.6 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.27 詳細: Optimization condition around RigakuReagents JCSG+ E1: 100mM Sodium cacodylate / HCl pH 6.27, 1090mM sodium citrate tribasic: MyabA.00710.a.B1.PS38577 at 23.06mg/ml + 4mM NAD: tray: 319064 c9: ...詳細: Optimization condition around RigakuReagents JCSG+ E1: 100mM Sodium cacodylate / HCl pH 6.27, 1090mM sodium citrate tribasic: MyabA.00710.a.B1.PS38577 at 23.06mg/ml + 4mM NAD: tray: 319064 c9: cryo: 20% EG + 4mM NAD: puck: ZXC1-5.

結晶

マシュー密度: 3.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.6 %

結晶化

温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.27
詳細: Optimization condition around RigakuReagents JCSG+ E1: 100mM Sodium cacodylate / HCl pH 6.27, 1090mM sodium citrate tribasic: MyabA.00710.a.B1.PS38577 at 23.06mg/ml + 4mM NAD: tray: 319064 c9: ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2020年12月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 138659 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 16.298 % / B_iso Wilson estimate: 33.792 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_rim(I) all: 0.076 / Χ²: 0.926 / Net I/σ(I): 25.53

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.85-1.9	9.292	0.593	3.14	10100	0.905	0.627	99.3
1.9-1.95	9.629	0.454	4.16	10001	0.941	0.479	99.8
1.95-2.01	10.026	0.358	5.5	9629	0.962	0.376	100
2.01-2.07	11.252	0.275	7.75	9432	0.98	0.288	99.7
2.07-2.14	13.502	0.23	10.41	9188	0.989	0.239	99.9
2.14-2.21	14.87	0.175	14.51	8824	0.994	0.182	99.8
2.21-2.29	15.565	0.152	17.07	8505	0.995	0.157	99.8
2.29-2.39	16.409	0.131	20.38	8195	0.997	0.135	99.8
2.39-2.49	17.542	0.119	23.29	7879	0.997	0.123	99.8
2.49-2.62	19.499	0.107	27.62	7542	0.998	0.11	99.8
2.62-2.76	22.255	0.094	34.3	7195	0.998	0.096	99.7
2.76-2.93	22.223	0.084	38.75	6744	0.999	0.086	99.8
2.93-3.13	21.89	0.079	43.4	6387	0.999	0.081	99.7
3.13-3.38	21.503	0.07	49.81	5949	0.999	0.072	99.8
3.38-3.7	21.011	0.064	54.2	5503	0.999	0.066	99.7
3.7-4.14	20.822	0.061	57.64	4935	0.999	0.063	99.8
4.14-4.78	20.865	0.058	59.32	4402	0.999	0.059	99.6
4.78-5.85	20.964	0.057	58.61	3719	0.999	0.059	99.7
5.85-8.27	20.875	0.052	59.08	2911	0.999	0.054	99.5
8.27-50	20.349	0.046	60.5	1619	0.998	0.047	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.19rc 4035	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: apo structure, PDB code 7KLI

7kli

解像度: 1.85→46.31 Å / SU ML: 0.2007 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.9482
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2185	2015	1.45 %	0
R_work	0.1896	136621	-	-
obs	0.19	138636	99.92 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→46.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7867	0	188	866	8921

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0082	8365
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9543	11405
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0596	1305
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1555
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.6636	3115

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.880105021145
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.14048313825
ens_1	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.74620616986

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.9	0.2764	108	0.2323	9605	X-RAY DIFFRACTION	99.42
1.9-1.95	0.2835	102	0.2275	9788	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.95-2	0.3096	120	0.2223	9721	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2-2.07	0.2395	128	0.2063	9743	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.07-2.14	0.2318	145	0.1972	9778	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.14-2.23	0.2244	173	0.1898	9688	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.23-2.33	0.2283	142	0.1886	9771	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.33-2.45	0.2106	165	0.1914	9723	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.45-2.61	0.2201	170	0.1995	9680	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.61-2.81	0.231	157	0.1949	9781	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.81-3.09	0.2403	151	0.1942	9814	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.09-3.54	0.2055	125	0.1866	9791	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.54-4.46	0.1936	159	0.1694	9796	X-RAY DIFFRACTION	100
4.46-46.31	0.2093	170	0.1838	9942	X-RAY DIFFRACTION	99.88

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
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26	1.87983775874	0.977822909729	-0.255039744309	1.85968415995	0.630051487206	2.44190665576	0.164071588573	-0.496977386224	-0.00810504510502	0.309648209593	-0.160648265877	0.104887427738	0.11472000811	-0.413747021031	0.0166866290352	0.297440854029	-0.0103190230908	0.0440962094731	0.518112592734	-0.00937990974247	0.18770571027	-68.1234244188	42.1110884293	85.2543426799
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28	3.21854751547	0.313766510361	-0.114651366962	1.77605426257	0.296993540117	1.81302628328	-0.0540873951053	-0.45928857869	-0.198131372793	0.365950267322	0.0705240324881	-0.226639719485	0.253368539468	0.207976176088	-0.00320287666123	0.289417043095	0.0588441524549	-0.0104463346491	0.273667483443	-0.0271858182619	0.161603958052	-52.1843582726	45.7543931302	71.2534793383

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 3 through 31 )	A	A	3 - 31	1 - 29
2	2	chain 'A' and (resid 32 through 53 )	A	A	32 - 53	30 - 51
3	3	chain 'A' and (resid 54 through 67 )	A	A	54 - 67	52 - 65
4	4	chain 'A' and (resid 68 through 82 )	A	A	68 - 82	66 - 80
5	5	chain 'A' and (resid 83 through 99 )	A	A	83 - 99	81 - 97
6	6	chain 'A' and (resid 100 through 158 )	A	A	100 - 158	98 - 156
7	7	chain 'A' and (resid 159 through 182 )	A	A	159 - 182	157 - 180
8	8	chain 'A' and (resid 183 through 208 )	A	A	183 - 208	181 - 206
9	9	chain 'A' and (resid 209 through 235 )	A	A	209 - 235	207 - 233
10	10	chain 'A' and (resid 236 through 255 )	A	A	236 - 255	234 - 253
11	11	chain 'A' and (resid 256 through 269 )	A	A	256 - 269	254 - 267
12	12	chain 'B' and (resid 2 through 31 )	B	F	2 - 31	1 - 30
13	13	chain 'B' and (resid 32 through 53 )	B	F	32 - 53	31 - 52
14	14	chain 'B' and (resid 54 through 82 )	B	F	54 - 82	53 - 81
15	15	chain 'B' and (resid 83 through 182 )	B	F	83 - 182	82 - 181
16	16	chain 'B' and (resid 183 through 208 )	B	F	183 - 208	182 - 207
17	17	chain 'B' and (resid 209 through 255 )	B	F	209 - 255	208 - 254
18	18	chain 'B' and (resid 256 through 269 )	B	F	256 - 269	255 - 268
19	19	chain 'C' and (resid 3 through 31 )	C	I	3 - 31	1 - 29
20	20	chain 'C' and (resid 32 through 53 )	C	I	32 - 53	30 - 51
21	21	chain 'C' and (resid 54 through 82 )	C	I	54 - 82	52 - 80
22	22	chain 'C' and (resid 83 through 182 )	C	I	83 - 182	81 - 180
23	23	chain 'C' and (resid 183 through 207 )	C	I	183 - 207	181 - 205
24	24	chain 'C' and (resid 208 through 235 )	C	I	208 - 235	206 - 233
25	25	chain 'C' and (resid 236 through 269 )	C	I	236 - 269	234 - 267
26	26	chain 'D' and (resid 3 through 82 )	D	L	3 - 82	1 - 80
27	27	chain 'D' and (resid 83 through 182 )	D	L	83 - 182	81 - 180
28	28	chain 'D' and (resid 183 through 269 )	D	L	183 - 269	181 - 265

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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