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- PDB-7l52: Crystal Structure of the Metallo Beta Lactamase L1 from Stenotrop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l52
タイトルCrystal Structure of the Metallo Beta Lactamase L1 from Stenotrophomonas maltophilia Determined by Serial Crystallography
要素Putative metallo-beta-lactamase l1 (Beta-lactamase type ii) (Ec 3.5.2.6) (Penicillinase)
キーワードHYDROLASE / metallo beta lactamase / serial crystallography / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Wilamowski, M. / Kim, Y. / Sherrell, D.A. / Lavens, A. / Maltseva, N. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Metallo Beta Lactamase L1 from Stenotrophomonas maltophilia Determined by Serial Crystallography
著者: Wilamowski, M. / Kim, Y. / Sherrell, D.A. / Lavens, A. / Maltseva, N. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2020年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative metallo-beta-lactamase l1 (Beta-lactamase type ii) (Ec 3.5.2.6) (Penicillinase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3753
ポリマ－29,2441
非ポリマー1312
水3,189177
1
A: Putative metallo-beta-lactamase l1 (Beta-lactamase type ii) (Ec 3.5.2.6) (Penicillinase)
ヘテロ分子

A: Putative metallo-beta-lactamase l1 (Beta-lactamase type ii) (Ec 3.5.2.6) (Penicillinase)
ヘテロ分子

A: Putative metallo-beta-lactamase l1 (Beta-lactamase type ii) (Ec 3.5.2.6) (Penicillinase)
ヘテロ分子

A: Putative metallo-beta-lactamase l1 (Beta-lactamase type ii) (Ec 3.5.2.6) (Penicillinase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,49912
ポリマ－116,9764
非ポリマー5238
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_445-x-1,-y-1,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/31
crystal symmetry operation10_445-y-1,-x-1,-z+1/31
Buried area9910 Å2
ΔGint-363 kcal/mol
Surface area38760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.668, 105.668, 99.332
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Space group name HallP642(x,y,z+1/6)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+2/3
#3: y,-x+y,z+1/3
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+1/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+2/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-412-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putative metallo-beta-lactamase l1 (Beta-lactamase type ii) (Ec 3.5.2.6) (Penicillinase)


分子量: 29243.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) (バクテリア)
株: K279a / 遺伝子: Smlt2667 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: B2FTM1, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 7203

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.5 %
結晶化温度: 289 K / 手法: batch mode
詳細: Batch crystallization done in polypropylene tubes. 200 ul of the L1 (48 mg/ml) in a buffer 0.015 Tris, 0.1 M KCl, 1.5 mM TCEP, 5 mM ZnCl2 pH 7.0 was added to 200 ul of 0.15 M sodium malonate ...詳細: Batch crystallization done in polypropylene tubes. 200 ul of the L1 (48 mg/ml) in a buffer 0.015 Tris, 0.1 M KCl, 1.5 mM TCEP, 5 mM ZnCl2 pH 7.0 was added to 200 ul of 0.15 M sodium malonate pH 8.0, 20% (w/v) PEG3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 297 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→46.66 Å / Num. obs: 28773 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 57.37 % / Biso Wilson estimate: 6.93 Å2 / CC1/2: 0.942 / R split: 0.197 / Net I/σ(I): 4.08
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 29.22 % / Mean I/σ(I) obs: 1.15 / Num. unique obs: 1398 / CC1/2: 0.818 / R split: 0.362 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery解説: Nylon Mesh / 手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target解説: 60um Nylon mesh / Motion control: PMAC EPICS / Sample holding: ALEX mesh-holder / Support base: SmarAct XYZ stage
Serial crystallography data reductionFrames indexed: 7186 / Frames total: 38500

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
REFMAC5.8.0258精密化
MOLREP位相決定
cctbx.primePRIMEデータスケーリング
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDBID 6UA1

6ua1


解像度: 1.85→46.65 Å / SU ML: 0.1717 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 17.3787
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2167 1441 5.06 %
Rwork0.1752 27055 -
obs0.1773 28496 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 13.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→46.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1988 0 0 177 2165
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00572050
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76142804
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05314
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051370
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0366731
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.920.25991480.22652645X-RAY DIFFRACTION100
1.92-1.990.24551310.20962660X-RAY DIFFRACTION99.96
1.99-2.080.22361340.19742664X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.190.24441580.18282634X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.330.23211450.1812659X-RAY DIFFRACTION99.96
2.33-2.510.22411480.18262686X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.760.23161300.18272704X-RAY DIFFRACTION100
2.76-3.160.22531340.17352733X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.980.17361470.14492754X-RAY DIFFRACTION99.97
3.99-46.650.1881660.14422916X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.25064290847-1.611313906712.782772200240.686633124664-0.9036119598332.14046914077-0.03659387112750.2193119264030.09626571788550.0904671778538-0.0918879223475-0.230910716452-0.09501277136320.2585452650540.1190883524940.1400597792780.034040390981-0.04764031361370.1337038140170.0220845495810.173472909464-25.9574273001-19.77991726587.63693000315
21.02046189023-0.2725307402090.0436116575520.894438403424-0.007763733861210.544568971621-0.0628127675168-0.074637259570.09558066652360.06521169329280.01524040720420.128600621551-0.0951400644724-0.109320909208-0.01540107286730.04461485885940.0522823484699-0.02700512181510.0626985913304-0.01292869222150.0656896061027-36.2828832847-24.91176030349.08133724098
30.15417566544-0.07300857059710.03153775126140.2042056844660.03378132437360.192313877968-0.0308155900492-0.008104213993610.01614076683080.00812680346605-0.04831838018070.0182679840969-0.0278908697663-0.0142009751519-0.0763238596286-0.006915991981750.0794802535785-0.03488651864820.0364657586170.007738616663270.0331674421116-29.8899332998-36.52213355136.08328186433
41.8145024338-0.06917007312450.055305329961.1369587114-0.4852100304960.8819250183310.01465604420280.09388290999670.231051129749-0.07385766641890.01975843303750.220972129002-0.14553362838-0.181392926743-0.08054864217240.1010130787910.12297666739-0.06022528582660.102274719517-0.01682576915520.109222454147-42.9325500086-27.0082036162-6.06105570005
51.71812541282-1.498077661420.3615364725852.45058326034-0.6267980341390.3885888608570.03855254000250.0259670999818-0.0450348388132-0.128624169139-0.123831065065-0.1795397746130.1057303430220.1673998690220.09267531140040.0840542611850.0451229144540.0286468653040.1134407492270.06945650011360.0752363127451-15.6062055208-36.0926063341-5.24489423229
64.41449141672-1.341562285591.530280524390.705891961312-0.5868541119461.348542901110.1050988557160.0239872407294-0.156874052798-0.135133115276-0.06104845937130.04221008702660.0859312211963-0.00154566677972-0.06912126565560.1205979939560.0730476144530.01151549035620.08716012530030.02571564636810.0432795723862-24.0927836979-36.4607223685-12.6674136804
70.861376548725-0.0741899194470.3472713773760.587778390306-0.1421892371170.767372245727-0.02723522335550.06391128718490.184648542130.004502799018750.02656473924280.0933167757878-0.155960357193-0.08607008643980.003192106414520.1530229846770.0708527100449-0.05188161824620.06986150873080.04088483275770.10269940508-33.8919961074-18.5943004299-7.2032208999
83.61734916231-1.675224375140.7791055496582.43169955352-1.471117592922.40308650201-0.006625280794560.2959534200940.257160123908-0.21434197271-0.189476906587-0.3214470644980.1668743908220.3282918569190.2108260552790.1908098010660.06190045323610.02823740352020.1396453839960.0968514447580.129290854177-17.8729943838-28.3677564165-14.5829131377
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 24 through 53 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 54 through 113 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 114 through 185 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 186 through 204 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 205 through 222 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 223 through 236 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 237 through 266 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 267 through 287 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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