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- PDB-7l4u: Crystal structure of human monoacylglycerol lipase in complex wit... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7l4u | ||||||
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Title | Crystal structure of human monoacylglycerol lipase in complex with compound 1h | ||||||
![]() | Monoglyceride lipase | ||||||
![]() | HYDROLASE/INHIBITOR / Inhibitor / Serine hydrolase / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | acylglycerol metabolic process / monoacylglycerol lipase activity / Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / membrane / Chem-XP7 / Monoglyceride lipase![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Qin, L. / Lane, W. / Skene, R.J. / Dougan, D. | ||||||
![]() | ![]() Title: Design and Synthesis of Novel Spiro Derivatives as Potent and Reversible Monoacylglycerol Lipase (MAGL) Inhibitors: Bioisosteric Transformation from 3-Oxo-3,4-dihydro-2 H -benzo[ b ][1,4]oxazin-6-yl Moiety. Authors: Ikeda, S. / Sugiyama, H. / Tokuhara, H. / Murakami, M. / Nakamura, M. / Oguro, Y. / Aida, J. / Morishita, N. / Sogabe, S. / Dougan, D.R. / Gay, S.C. / Qin, L. / Arimura, N. / Takahashi, Y. / ...Authors: Ikeda, S. / Sugiyama, H. / Tokuhara, H. / Murakami, M. / Nakamura, M. / Oguro, Y. / Aida, J. / Morishita, N. / Sogabe, S. / Dougan, D.R. / Gay, S.C. / Qin, L. / Arimura, N. / Takahashi, Y. / Sasaki, M. / Kamada, Y. / Aoyama, K. / Kimoto, K. / Kamata, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 194.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 843.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 849.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 24.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 33.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7l4tC ![]() 7l4wC ![]() 7l50C ![]() 5zunS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 35234.305 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-CL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.1M NaOAc pH 5.5, 32-38% MPD |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 21, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.25→50 Å / Num. obs: 34850 / % possible obs: 90.6 % / Redundancy: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.123 / Χ2: 1.008 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 208839 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5ZUN Resolution: 2.25→34.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 18.68 / SU ML: 0.207 / SU R Cruickshank DPI: 0.2602 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.26 / ESU R Free: 0.217 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 180.9 Å2 / Biso mean: 53.521 Å2 / Biso min: 22.75 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.25→34.29 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.25→2.308 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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