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Yorodumi- PDB-7l4t: Crystal structure of human monoacylglycerol lipase in complex wit... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7l4t | ||||||
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Title | Crystal structure of human monoacylglycerol lipase in complex with compound 1 | ||||||
Components | Monoglyceride lipase | ||||||
Keywords | HYDROLASE/INHIBITOR / Inhibitor / Serine hydrolase / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | acylglycerol metabolic process / : / Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / ACETATE ION / Chem-XPD / Monoglyceride lipase Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Qin, L. / Gay, S.C. / Lane, W. / Skene, R.J. | ||||||
Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2021 Title: Design and Synthesis of Novel Spiro Derivatives as Potent and Reversible Monoacylglycerol Lipase (MAGL) Inhibitors: Bioisosteric Transformation from 3-Oxo-3,4-dihydro-2 H -benzo[ b ][1,4]oxazin-6-yl Moiety. Authors: Ikeda, S. / Sugiyama, H. / Tokuhara, H. / Murakami, M. / Nakamura, M. / Oguro, Y. / Aida, J. / Morishita, N. / Sogabe, S. / Dougan, D.R. / Gay, S.C. / Qin, L. / Arimura, N. / Takahashi, Y. / ...Authors: Ikeda, S. / Sugiyama, H. / Tokuhara, H. / Murakami, M. / Nakamura, M. / Oguro, Y. / Aida, J. / Morishita, N. / Sogabe, S. / Dougan, D.R. / Gay, S.C. / Qin, L. / Arimura, N. / Takahashi, Y. / Sasaki, M. / Kamada, Y. / Aoyama, K. / Kimoto, K. / Kamata, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7l4t.cif.gz | 247.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7l4t.ent.gz | 195.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7l4t.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/7l4t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/7l4t | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7l4uC 7l4wC 7l50C 5zunS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 35234.305 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: MGLL / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A0C4DFN3 #2: Chemical | ChemComp-XPD / | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-MPD / ( #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.82 Å3/Da / Density % sol: 56.43 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.1M NaOAc pH 5.5, 32-38% MPD |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.3 / Wavelength: 0.987 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 26, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.987 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. obs: 40679 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.097 / Χ2: 1.003 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 289576 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5ZUN Resolution: 2.2→42.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 13.486 / SU ML: 0.162 / SU R Cruickshank DPI: 0.1973 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.179 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 156.4 Å2 / Biso mean: 54.16 Å2 / Biso min: 20.76 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.2→42.77 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.201→2.259 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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