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- PDB-7l4s: Crystal structure of the OxyR regulatory domain of Shewanella one... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l4s
タイトルCrystal structure of the OxyR regulatory domain of Shewanella oneidensis MR-1, reduced form
要素Transcriptional regulator of oxidative stress OxyR
キーワードDNA BINDING PROTEIN / OxyR
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-DNA complex / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator of oxidative stress OxyR
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Tao, Y.J. / Gao, H.
資金援助 米国, 中国, 4件
組織認可番号国
Robert A. Welch FoundationC-1565 米国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA0901300 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)41976087 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31930003 中国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: Functional Irreplaceability of Escherichia coli and Shewanella oneidensis OxyRs Is Critically Determined by Intrinsic Differences in Oligomerization.
著者: Sun, W. / Fan, Y. / Wan, F. / Tao, Y.J. / Gao, H.
履歴
登録2020年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator of oxidative stress OxyR
B: Transcriptional regulator of oxidative stress OxyR
C: Transcriptional regulator of oxidative stress OxyR
D: Transcriptional regulator of oxidative stress OxyR
E: Transcriptional regulator of oxidative stress OxyR
F: Transcriptional regulator of oxidative stress OxyR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,8726
ポリマ－202,8726
非ポリマー00
水6,071337
1
A: Transcriptional regulator of oxidative stress OxyR
C: Transcriptional regulator of oxidative stress OxyR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6242
ポリマ－67,6242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2520 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area17930 Å2
手法PISA
2
B: Transcriptional regulator of oxidative stress OxyR
D: Transcriptional regulator of oxidative stress OxyR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6242
ポリマ－67,6242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2610 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area17440 Å2
手法PISA
3
E: Transcriptional regulator of oxidative stress OxyR

F: Transcriptional regulator of oxidative stress OxyR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6242
ポリマ－67,6242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_864-y+3,x-y+1,z-1/31
Buried area2490 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area17590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.998, 83.998, 185.141
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
Space group name HallP32
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3

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要素

#1: タンパク質
Transcriptional regulator of oxidative stress OxyR


分子量: 33811.957 Da / 分子数: 6 / 断片: Regulatory domain / 変異: C203S / 由来タイプ: 組換発現
詳細: OxyR RD domain with C203S mutation and 6xHis tag at the N-terminus
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア)
株: MR-1 / 遺伝子: oxyR, SO_1328 / プラスミド: pET-28a(+)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8EHA1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.83 % / 解説: Rod-shaped
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Drops were made by combining 1 ul of SoOxyR C203S RD with 1 ul of mother liquor containing 4.0 M ammonium acetate and 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.0. Rod-shaped crystals appeared within 3 to 4 days.

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 57163 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.509 / Num. unique obs: 2815 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1i69

1i69


解像度: 2.4→42 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 182.18 / 位相誤差: 25.6731
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2223 2830 4.96 %
Rwork0.1744 54280 -
obs0.1931 57110 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9284 0 0 337 9621
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00549446
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.890112839
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05291585
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00731612
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.69351260
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.440.31361360.25432691X-RAY DIFFRACTION94.92
2.44-2.490.30971420.24322708X-RAY DIFFRACTION95.02
2.49-2.530.31921520.23492713X-RAY DIFFRACTION94.69
2.53-2.580.29191720.22432675X-RAY DIFFRACTION93.96
2.58-2.640.27891520.2192710X-RAY DIFFRACTION94.69
2.64-2.70.23441170.2292781X-RAY DIFFRACTION95.9
2.7-2.770.3105900.20382724X-RAY DIFFRACTION96.8
2.77-2.840.25841340.2072713X-RAY DIFFRACTION95.29
2.84-2.930.28591500.20762705X-RAY DIFFRACTION94.75
2.93-3.020.28861360.20222728X-RAY DIFFRACTION95.25
3.02-3.130.23491480.19632744X-RAY DIFFRACTION94.88
3.13-3.260.27461320.18592735X-RAY DIFFRACTION95.4
3.26-3.40.24941650.19272658X-RAY DIFFRACTION94.16
3.4-3.580.19271100.18822751X-RAY DIFFRACTION96.09
3.58-3.810.23591680.17552704X-RAY DIFFRACTION94.15
3.81-4.10.19551600.17072671X-RAY DIFFRACTION94.18
4.1-4.510.19541650.16042701X-RAY DIFFRACTION94.18
4.51-5.160.1861400.14862725X-RAY DIFFRACTION95.11
5.17-6.50.24231610.18152704X-RAY DIFFRACTION94.38
6.51-420.2237980.20832741X-RAY DIFFRACTION95.84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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