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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7l4n | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the DRM2 (C397R)-CCG DNA complex | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA methyltransferase (DNAメチルトランスフェラーゼ) / complex / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA-methyltransferase activity / DNAメチルトランスフェラーゼ / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / defense response to fungus / メチル化 / DNA binding / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.247 Å | ||||||
データ登録者 | Fang, J. / Song, J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021 タイトル: Substrate deformation regulates DRM2-mediated DNA methylation in plants. 著者: Fang, J. / Leichter, S.M. / Jiang, J. / Biswal, M. / Lu, J. / Zhang, Z.M. / Ren, W. / Zhai, J. / Cui, Q. / Zhong, X. / Song, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7l4n.cif.gz | 207.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7l4n.ent.gz | 158.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7l4n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/7l4n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/7l4n | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 40676.547 Da / 分子数: 1 / 変異: C397R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: DRM2, At5g14620/At5g14630, T15N1.110/T15N1.120 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9M548, DNAメチルトランスフェラーゼ |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 BC
#2: DNA鎖 | 分子量: 5578.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 5513.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
-非ポリマー , 3種, 345分子
#4: 化合物 | ChemComp-SAH / |
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#5: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.8 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2% v/v Tacsimate(pH 6.0), 0.1 M BIS-TRIS (pH 6.5) and 20% w/v Polyethylene glycol 3,350. PH範囲: 6.0-7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年9月8日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9774 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.247→50 Å / Num. obs: 35193 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.166 / Χ2: 0.499 / Net I/σ(I): 3.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4ONJ 解像度: 2.247→49.202 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.95 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 162.03 Å2 / Biso mean: 47.1145 Å2 / Biso min: 22.79 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.247→49.202 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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