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- PDB-7l4l: Crosslinked Crystal Structure of Type II Fatty Acid Synthase Keto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l4l
タイトルCrosslinked Crystal Structure of Type II Fatty Acid Synthase Ketosynthase, FabF, and C8-crypto Acyl Carrier Protein, AcpP
要素
  • 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
  • Acyl carrier protein
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Thiolase (チオラーゼ) / ketosynthase / KS / AcpP / ACP
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid elongation, saturated fatty acid / monounsaturated fatty acid biosynthetic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II / lipid biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / acyl binding / acyl carrier activity / response to cold ...fatty acid elongation, saturated fatty acid / monounsaturated fatty acid biosynthetic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II / lipid biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / acyl binding / acyl carrier activity / response to cold / fatty acid biosynthetic process / response to xenobiotic stimulus / lipid binding / protein homodimerization activity / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain ...3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DYF / Acyl carrier protein / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Mindrebo, J.T. / Chen, A. / Kim, W.E. / Burkart, M.D. / Noel, J.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)095970-09 米国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2021
タイトル: Structure and Mechanistic Analyses of the Gating Mechanism of Elongating Ketosynthases
著者: Mindrebo, J.T. / Chen, A. / Kim, W.E. / Re, R.N. / Davis, T.D. / Noel, J.P. / Burkart, M.D.
履歴
登録2020年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
C: Acyl carrier protein
D: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,4478
ポリマ－103,4704
非ポリマー9774
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10420 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area31810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.782, 92.136, 113.746
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 126 or resid 128...
21(chain B and (resid 2 through 63 or (resid 64...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSPROPRO(chain A and (resid 2 through 126 or resid 128...AA2 - 1263 - 127
12LYSLYSASPASP(chain A and (resid 2 through 126 or resid 128...AA128 - 223129 - 224
13LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 2 through 126 or resid 128...AA224225
14SERSERILEILE(chain A and (resid 2 through 126 or resid 128...AA1 - 4122 - 413
15SERSERILEILE(chain A and (resid 2 through 126 or resid 128...AA1 - 4122 - 413
16SERSERILEILE(chain A and (resid 2 through 126 or resid 128...AA1 - 4122 - 413
21LYSLYSSERSER(chain B and (resid 2 through 63 or (resid 64...BB2 - 633 - 64
22ARGARGARGARG(chain B and (resid 2 through 63 or (resid 64...BB6465
23LYSLYSILEILE(chain B and (resid 2 through 63 or (resid 64...BB2 - 4123 - 413

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要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II / Beta-ketoacyl-ACP synthase II / KAS II


分子量: 43089.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: fabF, fabJ, b1095, JW1081 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P0AAI5, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II
#2: タンパク質 Acyl carrier protein / / ACP / Cytosolic-activating factor / CAF / Fatty acid synthase acyl carrier protein


分子量: 8645.460 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: acpP, b1094, JW1080 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6A8
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-DYF / [(3~{R})-2,2-dimethyl-4-[[3-[2-[[(~{E})-oct-2-enoyl]amino]ethylamino]-3-oxidanylidene-propyl]amino]-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-butyl] dihydrogen phosphate


分子量: 465.478 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H36N3O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.02 % / Mosaicity: 0.13 °
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30 % PEG 8K, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, and 0.3 M sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→48.4 Å / Num. obs: 26271 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 36.83 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.404 / Rpim(I) all: 0.112 / Rrim(I) all: 0.42 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 364390 / Scaling rejects: 78
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.65-2.7814.81.8995089934280.7280.5081.9661.8100
8.79-48.411.60.08494498160.9980.0250.08820.899.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.13_2998精密化
MOSFLMデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6OKG

6okg


解像度: 2.65→48.396 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2665 1299 4.96 %
Rwork0.2221 24904 -
obs0.2243 26203 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 121.95 Å2 / Biso mean: 47.1609 Å2 / Biso min: 13.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→48.396 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7070 0 62 133 7265
Biso mean--44.53 34.85 -
残基数----973
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3583X-RAY DIFFRACTION7.353TORSIONAL
12B3583X-RAY DIFFRACTION7.353TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.65-2.75610.36961470.30222702
2.7561-2.88150.29411270.2882761
2.8815-3.03340.27491330.26932710
3.0334-3.22350.32831390.26222748
3.2235-3.47230.31281420.24462741
3.4723-3.82160.27981650.22422739
3.8216-4.37430.23181340.20272777
4.3743-5.50990.24381660.18762776
5.5099-48.3960.20491460.17372950
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6526-0.1345-0.10822.9922-1.02772.33070.08610.28810.1323-0.171-0.1713-0.04710.34460.33690.00840.2430.0819-0.01270.42990.02380.218225.3677.7715-3.2048
22.1178-0.61660.4432.7897-0.17552.43860.03330.0821-0.1005-0.34460.15930.29890.6886-0.3147-0.07070.415-0.0319-0.10140.24870.03520.253916.4377-1.94983.4839
30.9097-0.33640.40550.9778-0.03311.84890.02310.1625-0.0344-0.30940.04170.04710.40380.5771-0.03010.36660.14910.01960.4025-0.04330.226431.1680.73475.2852
41.1461-1.018-0.67980.90510.61921.05030.1210.15180.0732-0.06390.026-0.19170.25920.7227-0.13790.25420.22050.04320.6367-0.11930.343142.13924.960719.902
50.6434-0.26180.23790.2447-0.32280.47040.02890.09970.06780.0151-0.0497-0.29630.20480.80390.04430.20940.08430.00230.86980.04170.370246.96328.710211.2399
61.1338-0.1580.11620.8909-0.56110.82770.05480.1590.1514-0.1809-0.3-0.48130.15441.155-0.0540.24470.08030.08110.96810.07260.370345.198310.88631.6122
70.67680.0925-0.15270.748-0.18680.07150.18780.19850.1491-0.2387-0.2288-0.01270.42020.82120.00540.36090.22710.01270.76480.00340.301241.52910.96969.0883
81.8909-0.55640.81732.0454-1.0421.7710.144-0.49890.0560.32620.18170.20370.4751-0.4677-0.26480.4298-0.11770.00620.41510.03340.220713.6412-3.977432.1476
92.2635-2.06120.98864.2885-1.574.62330.087-0.2240.16270.09780.043-0.0069-0.04040.0174-0.08380.1268-0.05380.0280.2161-0.04590.205823.22695.065925.4074
100.4709-0.14110.09210.6811-0.16442.45710.3440.0059-0.0606-0.10610.08230.22681.0735-0.3393-0.160.451-0.0665-0.0830.2950.07680.313917.0346-7.242621.8386
110.08580.00430.08860.7086-0.47851.35920.15970.0284-0.1764-0.1271-0.0224-0.251.18730.4722-0.33050.77980.1705-0.15310.37-0.01380.405632.0785-16.803328.7758
120.4256-0.21920.76350.4798-0.31291.41150.254-0.0569-0.2429-0.08430.08440.08011.0216-0.084-0.10291.291-0.1382-0.30570.404-0.03020.339417.1266-20.9839.0875
130.6880.1020.10790.24120.070.62840.35240.0964-0.3858-0.16930.07160.09781.0978-0.2420.17081.4017-0.3704-0.33170.30510.12620.519713.3685-26.647217.7797
141.07780.3089-0.19571.0754-0.55741.07210.1585-0.0193-0.3849-0.09770.03390.20051.4575-0.6545-0.30861.2749-0.413-0.24440.42540.12560.504111.0599-23.316527.8369
150.03560.10510.07590.9711-0.57411.16050.2-0.1768-0.12720.09630.0330.01791.151-0.0366-0.34151.0926-0.0559-0.18370.22850.03390.406521.4049-20.4520.4575
160.41-0.2140.52811.5348-0.52730.7225-0.1828-0.10230.0474-0.26210.41340.6002-0.4741-1.0779-0.20270.8221-0.0837-0.22011.41580.33840.5599-7.20152.1022-8.7455
170.45150.54880.27440.66220.33230.16680.2228-0.1309-0.56950.3318-0.0296-0.22230.4936-0.53-0.12360.9936-0.6804-0.35621.45640.2710.8794-5.612-8.3106-10.6182
187.2172.4648-0.32454.51884.575.9740.30190.3206-0.0947-0.42940.15890.51370.8323-1.292-0.49740.7644-0.3923-0.27910.99130.32870.5116-3.0463-2.3120.0659
192.22410.9919-0.37671.82290.53570.42260.05220.32680.33980.08370.05780.68440.3907-1.097-0.13690.75-0.4969-0.03521.7390.54151.0258-13.5588-1.46611.688
206.7307-3.2674-0.58398.76911.42164.45870.0265-0.69730.51911.06160.15590.3859-1.6649-0.5846-0.23130.87540.04760.09320.4728-0.1440.491320.806328.50739.4363
219.06542.18973.1572.892-0.38721.6597-0.3314-0.1460.6340.63480.2838-0.3415-1.15070.91940.10610.5302-0.1611-0.03060.3565-0.03760.442331.845925.553434.6902
226.6633-4.16624.50136.0394-2.10033.2937-0.0824-0.1555-0.39090.22630.49421.0292-1.1025-0.302-0.06690.43320.00920.16450.3168-0.0540.501120.484125.41426.9212
235.56411.7116-4.67211.772-0.84064.20870.02880.76620.4622-0.19780.26881.0952-1.325-1.4131-0.30691.07560.3914-0.0820.63850.03320.549516.329934.076223.7697
240.5756-0.6306-0.01571.4654-0.7291.22240.24440.26930.3332-1.3265-0.23850.1202-0.9753-0.2087-0.09821.70160.0087-0.07720.3282-0.0750.664625.187935.792527.8842
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 71 )A2 - 71
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 72 through 138 )A72 - 138
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 139 through 264 )A139 - 264
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 265 through 290 )A265 - 290
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 291 through 322 )A291 - 322
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 323 through 391 )A323 - 391
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 392 through 412 )A392 - 412
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 2 through 71 )B2 - 71
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 72 through 138 )B72 - 138
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 139 through 233 )B139 - 233
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 234 through 264 )B234 - 264
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 265 through 290 )B265 - 290
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 291 through 326 )B291 - 326
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 327 through 391 )B327 - 391
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 392 through 412 )B392 - 412
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 1 through 15 )C1 - 15
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 16 through 30 )C16 - 30
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 31 through 49 )C31 - 49
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 50 through 75 )C50 - 75
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 1 through 24 )D1 - 24
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 25 through 35 )D25 - 35
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 36 through 49 )D36 - 49
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 50 through 55 )D50 - 55
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 56 through 75 )D56 - 75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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