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- PDB-7l4e: Crosslinked Crystal Structure of Type II Fatty Acid Synthase Keto... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7l4e | ||||||
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Title | Crosslinked Crystal Structure of Type II Fatty Acid Synthase Ketosynthase, FabF, and C16:1-crypto Acyl Carrier Protein, AcpP | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSFERASE / Thiolase / ketosynthase / KS / AcpP / ACP | ||||||
Function / homology | ![]() fatty acid elongation, saturated fatty acid / monounsaturated fatty acid biosynthetic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II / lipid biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / acyl binding / acyl carrier activity / response to cold ...fatty acid elongation, saturated fatty acid / monounsaturated fatty acid biosynthetic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II / lipid biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / acyl binding / acyl carrier activity / response to cold / fatty acid biosynthetic process / response to xenobiotic stimulus / lipid binding / protein homodimerization activity / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mindrebo, J.T. / Chen, A. / Kim, W.E. / Burkart, M.D. / Noel, J.P. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure and Mechanistic Analyses of the Gating Mechanism of Elongating Ketosynthases Authors: Mindrebo, J.T. / Chen, A. / Kim, W.E. / Re, R.N. / Davis, T.D. / Noel, J.P. / Burkart, M.D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 206.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 162.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7l4lC ![]() 6okgS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 43089.629 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: K12 / Gene: fabF, fabJ, b1095, JW1081 / Plasmid: pET28 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P0AAI5, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II | ||||||
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#2: Protein | Mass: 8645.460 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: K12 / Gene: acpP, b1094, JW1080 / Plasmid: pET28 / Production host: ![]() ![]() | ||||||
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-MU4 / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.09 Å3/Da / Density % sol: 41.18 % / Mosaicity: 0.63 ° |
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Crystal grow | Temperature: 281 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 30 % PEG 8K, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, and 0.3 M sodium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 10, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→86.95 Å / Num. obs: 30391 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 20.5 % / Biso Wilson estimate: 24.31 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.438 / Rpim(I) all: 0.099 / Rrim(I) all: 0.449 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 622935 / Scaling rejects: 778 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6OKG Resolution: 2→69.242 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.44 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 114.1 Å2 / Biso mean: 32.33 Å2 / Biso min: 11.26 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→69.242 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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