PDB-7l4g: Crystal Structure of Acetyl-CoA synthetase in complex with acetyl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7l4g

タイトル

Crystal Structure of Acetyl-CoA synthetase in complex with acetyl adenylate from Cryptococcus neoformans H99

要素

Acetyl-coenzyme A synthetase

キーワード

LIGASE / SSGCID / Acetyl-coenzyme A synthetase / Acetyl Adenylate / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / AMP binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Acetyl-CoA synthetase in complex with acetyl adenylate from Cryptococcus neoformans H99
著者: Fox III, D. / Abendroth, J. / DeBouver, N.D. / Esan, T.E. / Hagen, T.J. / Krysan, D.J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2020年12月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7l4g.cif.gz	783.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7l4g.ent.gz	648.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7l4g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7l4g_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7l4g_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	7l4g_validation.xml.gz	77.4 KB	表示
CIF形式データ	7l4g_validation.cif.gz	111.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/7l4g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/7l4g	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ifiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5k8f-3 1juh-1 1gqh-1 5gh0-d 6m7e-d 5k8f-1 5u29-1 6k9m-2 5trh-1 5k85-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CrneC.00629.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Acetyl-coenzyme A synthetase

B: Acetyl-coenzyme A synthetase

C: Acetyl-coenzyme A synthetase

ヘテロ分子

235 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Acetyl-coenzyme A synthetase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
78.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Acetyl-coenzyme A synthetase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
78.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Acetyl-coenzyme A synthetase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
78.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.390, 185.750, 84.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.98, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Acetyl-coenzyme A synthetase 分子量: 77475.750 Da / 分子数: 3 / 断片: CoimA.00629.a.FS11 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (strain H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487) (菌類) 株: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / 遺伝子: CNAG_00797 / プラスミド: CrneC.00629.a.FS11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: J9VFT1, acetate-CoA ligase

#1: タンパク質

Acetyl-coenzyme A synthetase

分子量: 77475.750 Da / 分子数: 3 / 断片: CoimA.00629.a.FS11 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (strain H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487) (菌類)
株: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / 遺伝子: CNAG_00797 / プラスミド: CrneC.00629.a.FS11 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: J9VFT1, acetate-CoA ligase

-
非ポリマー , 5種, 1049分子

#2: 化合物	ChemComp-6R9 / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] ethanoate / アデニル酸アセチル分子量: 389.258 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₆N₅O₈P
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1026 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.95 % / Mosaicity: 0.2 °
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: Optimization based on RigakuReagents Wizard 1/2 e8: 0.1M Potassium phosphate monobasic and sodium phosphate dibasic, pH6.2, 0.2M NaCl, 10% w/v PEG 8,000; CrneC.00629.a.FS11.PD00460 at 10 ...詳細: Optimization based on RigakuReagents Wizard 1/2 e8: 0.1M Potassium phosphate monobasic and sodium phosphate dibasic, pH6.2, 0.2M NaCl, 10% w/v PEG 8,000; CrneC.00629.a.FS11.PD00460 at 10 mg/mL + 1mM TCEP (added first) + 1mM ATP + 0.25mM MgCl2; Cryo: 20% ethylene glycol; tray 318042e1, puck fgi6-3.

結晶

マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.95 % / Mosaicity: 0.2 °

結晶化

温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: Optimization based on RigakuReagents Wizard 1/2 e8: 0.1M Potassium phosphate monobasic and sodium phosphate dibasic, pH6.2, 0.2M NaCl, 10% w/v PEG 8,000; CrneC.00629.a.FS11.PD00460 at 10 ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年9月24日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射	モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 110867 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 36.44 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 2.2→2.26 Å / R_merge(I) obs: 0.625 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19RC4-4035	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IFI

5ifi

解像度: 2.2→39.06 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.196	1991	1.8 %
R_work	0.155	-	-
obs	0.156	110839	98.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15080	0	159	1026	16265

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	15736
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.844	21453
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.621	5627
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	2317
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	2771

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.26	0.3212	146	0.2391	7693	X-RAY DIFFRACTION	97
2.26-2.32	0.2604	129	0.212	7666	X-RAY DIFFRACTION	97
2.32-2.38	0.2705	141	0.2008	7680	X-RAY DIFFRACTION	97
2.38-2.46	0.2606	150	0.1862	7754	X-RAY DIFFRACTION	98
2.46-2.55	0.2556	134	0.1782	7714	X-RAY DIFFRACTION	98
2.55-2.65	0.2481	146	0.1728	7770	X-RAY DIFFRACTION	98
2.65-2.77	0.2307	138	0.1731	7736	X-RAY DIFFRACTION	98
2.77-2.92	0.214	144	0.1706	7774	X-RAY DIFFRACTION	98
2.92-3.1	0.2354	142	0.1759	7775	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1-3.34	0.1934	149	0.1611	7776	X-RAY DIFFRACTION	99
3.34-3.68	0.1937	137	0.1503	7846	X-RAY DIFFRACTION	99
3.68-4.21	0.153	139	0.1331	7861	X-RAY DIFFRACTION	99
4.21-5.3	0.1642	145	0.1192	7882	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3-39.06	0.1522	151	0.1431	7921	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.5097	-1.1209	-2.241	5.2884	2.419	3.2986	0.3912	-1.8469	1.5882	0.8863	-0.4538	-0.5624	-0.4778	1.0134	0.1028	0.8198	-0.3647	0.0055	1.3029	-0.2569	0.8437	51.8227	39.8762	20.7848
2	2.0346	0.471	0.913	1.4512	0.6399	2.8783	0.0261	-0.0279	0.0394	-0.2072	-0.0233	0.4568	-0.0869	-0.6372	-0.0044	0.21	0.024	-0.0559	0.5227	0.0304	0.4483	-33.8172	7.2582	-16.1116
3	1.2449	-0.6246	0.5204	1.67	-0.5784	1.2177	0.1177	0.1963	-0.0763	-0.304	-0.0741	-0.0318	0.2787	0.1563	-0.0391	0.2172	0.0311	0.0156	0.297	-0.0394	0.2085	-1.4125	-7.2405	-10.6307
4	1.9439	-0.3214	0.7445	1.9097	-0.2806	2.1175	0.1788	0.1648	-0.2207	-0.3364	0.0516	0.3204	0.3814	-0.1955	-0.1891	0.2603	-0.012	-0.0653	0.2932	-0.0135	0.2835	-18.9187	-5.8156	-19.5749
5	2.0425	0.5283	0.7301	2.2435	-0.2921	1.346	-0.0453	-0.1099	0.1473	-0.1565	-0.0077	0.2017	-0.0747	-0.1924	0.0431	0.1654	0.0373	-0.0116	0.313	-0.016	0.2329	-17.3977	13.9017	-19.1078
6	3.0324	0.1484	0.4808	3.1644	2.1551	6.4446	0.01	0.504	-0.0939	-0.6342	0.1551	-0.0708	-0.0965	0.3428	-0.1866	0.4565	-0.0332	-0.1108	0.4837	0.0455	0.4204	-19.1889	7.4321	-41.7912
7	1.035	-0.1476	0.2351	1.5228	-0.2772	0.7398	-0.1002	-0.026	0.0667	0.3214	0.07	-0.0609	-0.0299	0.0344	0.0372	0.2677	0.0447	-0.0112	0.2258	-0.0289	0.1873	15.2647	-13.2539	21.0185
8	4.5081	1.7766	0.0869	3.3391	-1.9824	6.5257	-0.0969	0.2395	-0.1707	0.0785	0.1968	-0.0216	0.1288	0.1455	-0.0481	0.1801	0.0099	-0.0055	0.1788	-0.0184	0.1918	9.2489	-18.4565	15.6567
9	1.1245	-0.3497	0.5578	1.906	-0.695	1.0564	-0.0561	-0.0844	-0.1363	0.4123	0.1254	0.0978	-0.0006	-0.0527	-0.0624	0.3035	0.044	0.0485	0.233	-0.0139	0.2145	9.7041	-29.3349	27.1272
10	5.4022	-0.0428	0.4128	5.7586	0.5098	3.6636	0.0303	0.5844	0.048	-0.1463	0.035	-0.9274	-0.3211	0.3201	-0.043	0.3421	0.0281	0.015	0.3155	-0.0384	0.4524	23.3191	-47.5526	23.7562
11	0.7509	0.4058	0.0716	3.5308	1.2757	1.5829	-0.2151	-0.3446	0.4568	0.5303	-0.0794	0.2586	-0.4088	-0.1836	0.2331	0.5966	0.1144	-0.117	0.4367	-0.1688	0.5044	2.9276	29.2092	26.7065
12	1.6062	0.1919	0.359	1.8914	-0.3082	1.7804	-0.1425	-0.0067	0.3866	0.2008	-0.055	-0.1411	-0.1992	-0.1047	0.171	0.2574	0.0413	-0.0719	0.2016	-0.0674	0.352	6.9763	23.4283	9.682
13	1.473	0.041	0.2989	0.8447	0.0625	1.6952	-0.1471	0.218	0.3654	0.0432	-0.0377	-0.1937	-0.2128	0.2391	0.1766	0.2207	-0.0111	-0.0652	0.2829	0.0645	0.3993	18.0485	21.851	-0.8704
14	0.6969	0.2865	0.2662	1.6486	0.3715	0.9535	-0.2224	-0.1464	0.7158	0.2748	0.0082	0.0116	-0.6003	0.0006	0.1746	0.6008	0.0255	-0.201	0.3253	-0.0663	0.7524	13.9541	42.0229	14.0638
15	2.3554	-0.0997	-0.1176	2.3544	0.8351	2.1579	0.0076	-0.5311	0.3142	0.5182	-0.0712	-0.5415	-0.1929	0.2734	-0.0146	0.5791	-0.0293	-0.2368	0.3897	-0.0181	0.5052	24.2977	22.0599	29.169
16	3.1626	-0.976	-3.1108	2.9812	1.9986	6.2365	-0.155	-0.296	0.3274	0.1995	0.0111	-0.4294	0.0425	0.2117	0.045	0.4381	0.008	-0.1433	0.4499	-0.1135	0.679	34.3876	33.6182	20.1914
17	3.0868	-0.5458	-1.3637	4.741	-0.1482	3.849	0.0368	-0.1167	0.7402	-0.1855	-0.2866	0.0322	-0.1445	0.4447	0.1977	0.442	-0.0264	-0.0422	0.574	0.0026	0.815	44.4961	37.5059	7.1045

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'C' AND (RESID 630 THROUGH 677 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 10 THROUGH 63 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 64 THROUGH 278 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 279 THROUGH 426 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 427 THROUGH 526 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 527 THROUGH 677 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 10 THROUGH 278 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 279 THROUGH 317 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 318 THROUGH 555 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 556 THROUGH 677 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'C' AND (RESID 25 THROUGH 84 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'C' AND (RESID 85 THROUGH 132 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'C' AND (RESID 133 THROUGH 317 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'C' AND (RESID 318 THROUGH 463 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'C' AND (RESID 464 THROUGH 526 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN 'C' AND (RESID 527 THROUGH 579 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN 'C' AND (RESID 580 THROUGH 629 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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