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- PDB-7l4f: Crystal structure of the DRM2-CAT DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l4f
タイトルCrystal structure of the DRM2-CAT DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*TP*(C49)P*AP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*T)-3')
  • DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM2
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA methyltransferase / complex / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-methyltransferase activity / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpN substrates / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpNpG substrates / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / defense response to fungus / methylation / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
SAM-dependent methyltransferase DRM / SAM-dependent methyltransferase DRM-type domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / DNA / DNA (> 10) / DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Fang, J. / Song, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM119721 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Substrate deformation regulates DRM2-mediated DNA methylation in plants.
著者: Fang, J. / Leichter, S.M. / Jiang, J. / Biswal, M. / Lu, J. / Zhang, Z.M. / Ren, W. / Zhai, J. / Cui, Q. / Zhong, X. / Song, J.
履歴
登録2020年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02024年5月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id
改定 2.12024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / pdbx_entry_details ...chem_comp / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM2
C: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*TP*(C49)P*AP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*A)-3')
A: DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM2
E: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*T)-3')
G: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*TP*(C49)P*AP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,5349
ポリマ－103,4346
非ポリマー1,1003
水97354
1
B: DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM2
C: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*TP*(C49)P*AP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1014
ポリマ－51,7173
非ポリマー3841
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5040 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area20210 Å2
手法PISA
2
A: DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM2
E: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*T)-3')
G: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*TP*(C49)P*AP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4325
ポリマ－51,7173
非ポリマー7162
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4740 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area20310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)172.216, 70.833, 103.735
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.020, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質 DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM2 / Protein DOMAINS REARRANGED METHYLASE 2


分子量: 40622.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: DRM2, At5g14620/At5g14630, T15N1.110/T15N1.120 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9M548, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 CEDG

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*T)-3')


分子量: 5677.716 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*TP*(C49)P*AP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*A)-3')


分子量: 5416.560 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

-
非ポリマー , 3種, 57分子

#4: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#5: 化合物 ChemComp-D5M / 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / dAMP


分子量: 331.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O6P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Sodium acetate trihydrate (pH 7.0) and 12% w/v Polyethylene glycol 3,350.
PH範囲: 6.5-7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: Nonius Kappa CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→102.72 Å / Num. obs: 40496 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 14 / Num. measured all: 272465
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.55-2.656.71.4763044845680.4130.6151.602199.9
9.19-102.726.30.03858409230.9980.0160.04143.499.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ONJ

4onj


解像度: 2.55→85.267 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2504 1999 4.94 %
Rwork0.2083 38429 -
obs0.2104 40428 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 236.07 Å2 / Biso mean: 101.3119 Å2 / Biso min: 48.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.55→85.267 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5442 1448 73 54 7017
Biso mean--106.8 79.14 -
残基数----771
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.55-2.61380.42051420.36912739100
2.6138-2.68450.34071410.32362701100
2.6845-2.76350.33931400.31052708100
2.7635-2.85270.30441450.30412770100
2.8527-2.95460.32351420.31862744100
2.9546-3.07290.41921420.3232725100
3.0729-3.21280.32091430.2715273799
3.2128-3.38220.29121420.2394271299
3.3822-3.59410.27831430.2339276099
3.5941-3.87160.26521420.2109271799
3.8716-4.26120.21671420.1823274099
4.2612-4.87770.21081440.17242770100
4.8777-6.14520.21861440.1782778100
6.1452-85.2670.20661470.1679282899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.84150.6014-0.35971.2543-0.12231.34520.0493-0.36350.05880.2653-0.14440.5267-0.0811-0.136100.6247-0.00760.07970.618-0.01040.7786199.2973.76431.296
20.34940.10410.30293.50851.24671.62490.07410.0475-0.067-0.16170.01640.39550.14790.00980.00010.6211-0.0303-0.02410.58620.00870.8348195.232-14.85914.934
32.0591-0.6582-0.07292.93850.19532.1967-0.06320.12990.1811-0.2729-0.00420.2509-0.46860.2144-00.6902-0.1058-0.01220.55240.04590.6583204.41510.59913.848
40.0593-0.0095-0.05860.01250.01630.12080.6978-0.3261.0379-1.68830.7292-0.1334-1.3817-0.24290.0011.43470.06460.33530.87610.00640.9892214.447-15.4480.615
50.1065-0.1888-0.07350.0550.13950.01850.4826-0.27730.04140.38561.0421-0.45891.76410.1669-0.00521.08890.0820.0190.95950.01950.803215.326-19.86721.561
60.4429-0.22250.28260.63950.27470.3010.2743-1.9271-0.20380.61770.02950.49561.31210.0085-0.00191.6915-0.13850.46891.29670.21851.009200.944-18.53440.68
71.53130.81450.6681.14420.61720.3846-0.0232-0.6806-0.07140.33020.15890.15431.02630.5129-0.00081.07610.07580.15880.86180.01220.7669206.575-17.74732.641
80.266-0.0111-0.13270.4421-0.21280.18140.40570.175-0.2205-0.34160.9778-0.65990.35330.4553-0.00221.04190.02130.09471.0462-0.1280.7969219.409-19.8114.486
91.2674-0.2528-0.07840.9979-0.74911.1312-0.25220.1370.557-0.17910.1329-0.3483-0.84641.18420.00151.1367-0.647-0.02551.4635-0.01370.8418234.66624.52326.316
100.55070.5596-0.01820.96740.0860.0394-0.2421-0.4034-0.4334-0.08250.4463-0.35950.31931.5108-0.00050.8295-0.06860.07132.6499-0.24021.0707256.1469.39537.485
113.5970.14620.86762.15060.14114.1683-0.4653-0.09070.23780.16520.3101-0.0499-0.77711.2136-0.00070.9239-0.2996-0.02081.1212-0.08550.6748226.33619.33740.401
120.0240.02150.06360.1644-0.01470.1017-1.0882-0.3297-0.50640.44380.42940.23771.4690.33020.00171.09340.3307-0.19362.0536-0.33171.8452241.704-4.50343.923
130.12820.05380.0090.07010.03250.02410.05540.86440.671-1.21640.22540.62640.97210.2705-0.0011.42220.23670.01392.39790.06471.4213242.6032.32519.73
140.0539-0.00840.03090.02840.0220.04970.57460.18051.15230.65150.5938-0.1796-0.00480.32230.00121.83480.5230.4813.33540.02861.4261255.94710.5459.448
150.14710.152-0.02110.24280.10210.08420.3961-0.5412-0.0333-0.70261.08821.70720.54980.4911-0.00462.08780.04910.16362.98660.36141.1601253.5994.5595.55
160.77250.5398-0.18461.0021-0.77480.74390.11310.2831-0.3055-1.0696-0.6501-0.08410.5082.8923-0.03131.0932-0.16970.08842.534-0.01780.937243.6565.05228.456
170.009-0.0274-0.03120.0598-0.00890.03720.6559-0.0188-0.1658-0.3597-0.0044-0.49020.08830.7452-0.00031.57740.4745-0.16621.7785-0.12041.9232241.637-11.81744.651
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND RESID 275:341 )B275 - 341
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 342:494 )B342 - 494
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 495:624 )B495 - 624
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN C AND RESID 1:5 )C1 - 5
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN C AND RESID 6:11 )C6 - 11
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN C AND RESID 12:18 )C12 - 18
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN D AND RESID 1:12 )D1 - 12
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN D AND RESID 13:18 )D13 - 18
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 275:374 )A275 - 374
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 375:470 )A375 - 470
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN A AND RESID 471:624 )A471 - 624
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN E AND RESID 2:8 )E2 - 8
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN E AND RESID 9:13 )E9 - 13
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN E AND RESID 14:18 )E14 - 18
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN G AND RESID 1:5 )G1 - 5
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN G AND RESID 6:13 )G6 - 13
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN G AND ( RESID 14:17 OR RESID 101:101 ) )G14 - 17
18X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN G AND ( RESID 14:17 OR RESID 101:101 ) )G101

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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