PDB-7l3u: Crystal structure of I107E F33Y CuB myoglobin (I107E F33Y L29H F4...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7l3u

タイトル

Crystal structure of I107E F33Y CuB myoglobin (I107E F33Y L29H F43H sperm whale myoglobin)

要素

Myoglobin

キーワード

OXYGEN TRANSPORT / globin / oxidase / oxygen binding / oxygen reduction / OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Physeter macrocephalus (マッコウクジラ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.47 Å

データ登録者

Petrik, I. / Lu, Y.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: An Engineered Glutamate in Biosynthetic Models of Heme-Copper Oxidases Drives Complete Product Selectivity by Tuning the Hydrogen-Bonding Network.
著者: Petrik, I.D. / Davydov, R. / Kahle, M. / Sandoval, B. / Dwaraknath, S. / Adelroth, P. / Hoffman, B. / Lu, Y.

履歴

登録	2020年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7l3u.cif.gz	100.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7l3u.ent.gz	62.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7l3u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7l3u_validation.pdf.gz	803.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7l3u_full_validation.pdf.gz	805.8 KB	表示
XML形式データ	7l3u_validation.xml.gz	10.2 KB	表示
CIF形式データ	7l3u_validation.cif.gz	14 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/7l3u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/7l3u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7kyrC 7l3yC 4fwxS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6f18-d 1mz0-d 2evp-d 6d45-d 1bvd-d 1mwc-2 2d6c-2 1mtj-d 3h57-d 3hep-d 4pqc-d 3heo-d 1moa-d 1obm-d 4tyx-d 3rjn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (3) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (2) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Myoglobin

ヘテロ分子

18 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.670, 47.873, 77.876
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab

#1: タンパク質	Myoglobin 分子量: 17414.064 Da / 分子数: 1 / 変異: L29H, F33Y, F43H, I107E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Physeter macrocephalus (マッコウクジラ) 遺伝子: MB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02185
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.07 % / 解説: Solid rectangular prism
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: 1.5-2.0 mM protein in 20 mM tris sulfate pH 8.0 buffer, mixed 1:1 with crystallization solution composed of 100 mM tris sulfate pH 8.6, 200 mM sodium acetate, and 30% w/v PEG 10000, to yield ...詳細: 1.5-2.0 mM protein in 20 mM tris sulfate pH 8.0 buffer, mixed 1:1 with crystallization solution composed of 100 mM tris sulfate pH 8.6, 200 mM sodium acetate, and 30% w/v PEG 10000, to yield a final volume of 150-200uL; this was equilibrated against 30mL of same crystalization solution.

結晶

マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.07 % / 解説: Solid rectangular prism

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: 1.5-2.0 mM protein in 20 mM tris sulfate pH 8.0 buffer, mixed 1:1 with crystallization solution composed of 100 mM tris sulfate pH 8.6, 200 mM sodium acetate, and 30% w/v PEG 10000, to yield ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: LN2 cryostream / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月4日

放射

モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9786 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.47→50 Å / Num. obs: 25784 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.047 / Χ²: 1.666 / Net I/σ(I): 12

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.47-1.51	3.7	0.534	1268	0.804	1	99.9
1.51-1.53	3.8	0.462	1275	0.792	1	100
1.53-1.56	3.7	0.401	1258	0.809	1	100
1.56-1.59	3.8	0.326	1266	0.849	1	100
1.59-1.63	3.8	0.298	1258	0.899	1	100
1.63-1.67	3.8	0.24	1295	0.948	1	100
1.67-1.71	3.8	0.216	1237	1.15	1	99.9
1.71-1.75	3.8	0.18	1286	1.109	1	100
1.75-1.81	3.8	0.152	1277	1.147	1	100
1.81-1.86	3.8	0.126	1271	1.312	1	100
1.86-1.93	3.8	0.108	1286	1.484	1	100
1.93-2.01	3.8	0.09	1289	1.685	1	100
2.01-2.1	3.8	0.081	1286	2.222	1	99.9
2.1-2.21	3.8	0.069	1290	2.371	1	100
2.21-2.35	3.8	0.063	1285	2.483	1	100
2.35-2.53	3.7	0.061	1302	2.872	1	100
2.53-2.79	3.8	0.048	1301	2.63	1	99.9
2.79-3.19	3.7	0.041	1315	2.773	1	99.9
3.19-4.02	3.6	0.031	1345	2.724	1	99.8
4.02-50	3.4	0.033	1394	2.201	1	97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19rc7_4070	精密化
HKL-2000	2.3.1	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000	2.3.1	データ削減
PHENIX	1.8.2_1309	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4FWX

4fwx

解像度: 1.47→20.49 Å / SU ML: 0.2046 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.8457
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.234	2289	4.74 %
R_work	0.2011	45993	-
obs	0.2026	48282	98.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.47→20.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1218	0	43	145	1406

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0151	1389
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.9213	1887
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1038	192
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0105	236
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.4621	195

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.47-1.5	0.3973	127	0.3182	2519	X-RAY DIFFRACTION	86.53
1.5-1.54	0.3309	140	0.29	2901	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.54-1.57	0.252	147	0.2696	2895	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.62	0.2617	145	0.2635	2921	X-RAY DIFFRACTION	100
1.62-1.66	0.2606	145	0.2437	2927	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.66-1.72	0.2892	143	0.242	2906	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.78	0.2642	151	0.2467	2915	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.85	0.3295	146	0.2458	2895	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.93	0.2869	129	0.2416	2912	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.93-2.04	0.2673	165	0.219	2875	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.04-2.16	0.2599	135	0.207	2913	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.16-2.33	0.233	145	0.2048	2896	X-RAY DIFFRACTION	99.31
2.33-2.57	0.2234	146	0.2002	2866	X-RAY DIFFRACTION	99.34
2.57-2.94	0.2039	134	0.2036	2906	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.94-3.69	0.2246	141	0.1836	2891	X-RAY DIFFRACTION	99.05
3.7-20.49	0.193	150	0.1567	2855	X-RAY DIFFRACTION	98.52

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.00137360969	-0.394606173872	-0.350449000353	1.65568729687	-0.844962035701	1.8986880046	-0.127385138174	0.282520387016	-0.0874427694985	-0.0611020177141	0.069556328306	0.128220787844	0.0146555377375	-0.0777910306057	0.0586254403418	0.164323604024	-0.0308433567258	-0.00866861893693	0.132153833778	-0.0154409533121	0.155762776271	-0.800319279152	2.89934556779	-5.09948338334
2	6.0321364681	-1.55527375739	1.20304376604	1.55219190238	-0.794983430466	2.31968663039	0.00118195607778	0.212083657456	-0.621645454691	-0.00859454185508	0.03586595487	0.23305339347	0.371327545021	-0.0976301890364	-0.0491903128302	0.211646231094	-0.0119285815386	0.0372675868583	0.144450392872	-0.0208253063444	0.242386229329	-8.71464269051	-4.49015448886	0.208935962435
3	3.0114862896	0.187547933661	-0.0864235942838	1.78307515214	-0.325452804252	2.93566496513	-0.139566163396	0.0829105208174	-0.136264842329	0.0952581293971	0.0325417207157	-0.0910487145841	-0.0743521904409	0.0883973055577	0.101245159452	0.172357128236	0.0153951507767	-0.0249045474274	0.160310418269	0.00771794320802	0.205523119763	5.22495307183	0.409120807117	-0.199020373401
4	2.46579342371	3.74750171421	-0.768556267418	5.70712453255	-1.18371883306	0.259000980833	-0.351485874553	0.0940868999694	0.10905595287	0.205642025635	-0.124288103699	0.450133437935	0.445025137682	-0.288099190443	0.366403403794	0.449705833893	0.0136225239951	0.0204909104543	0.747592914824	-0.163438519327	0.364130106162	-4.77702277075	7.64148793992	-18.1245924752
5	3.64839581105	-1.42635212289	-0.715769508537	6.5082640992	-0.67195102694	1.69943460694	0.317922618668	0.764369158299	-0.0653697798602	-0.875250213724	-0.339633773901	0.103913989458	0.268831548289	-0.365854434965	-0.0200700804363	0.323235890862	0.00299106923823	0.0138176841269	0.706195992541	-0.213451478936	0.317786435989	-3.06841303592	-2.39977500536	-18.6034288454
6	2.56553836944	-1.49930790222	-2.11953904268	2.94187380684	1.0807242212	2.9029900626	0.186743344403	0.266082439707	-0.054191515887	-0.690061519942	-0.471073293819	0.550667442882	-0.0176097137462	-1.37798653195	0.171569154335	0.366581432927	0.179275480843	-0.089133101804	0.617048351811	-0.0467598616013	0.282934753848	3.34897746289	6.69377976822	-22.790069027

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 52 through 124 )	52 - 124	52 - 124
2	2	chain 'A' and (resid 125 through 153 )	125 - 153	125 - 153
3	3	chain 'A' and (resid 1 through 35 )	1 - 35	1 - 35
4	4	chain 'A' and (resid 42 through 45 )	42 - 45	42 - 45
5	5	chain 'A' and (resid 36 through 41 )	36 - 41	36 - 41
6	6	chain 'A' and (resid 46 through 51 )	46 - 51	46 - 51

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)