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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7l3r | ||||||||||||||||||
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タイトル | 23S Sarcin Ricin Loop with a 3-deazapurine A2670 | ||||||||||||||||||
![]() | RNA (27-MER) | ||||||||||||||||||
![]() | RNA / RNA modification / Ribosome | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
![]() | Ennifar, E. / Renard, E. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Impact of 3-deazapurine nucleobases on RNA properties. 著者: Bereiter, R. / Himmelstoss, M. / Renard, E. / Mairhofer, E. / Egger, M. / Breuker, K. / Kreutz, C. / Ennifar, E. / Micura, R. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 69.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 43.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 410.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 410.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3dvzS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 8743.267 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 3-deaza A2670-modified SRL RNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.82 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 3.2 M (NH4)2SO4, 50 mM K-MOPS pH 7.0, 10 mM MgCl2, 10 mM MnCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.82656124355451 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.01→50 Å / Num. obs: 66875 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 12.81 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 19.07 |
反射 シェル | 解像度: 1.01→1.08 Å / Num. unique obs: 72259 / CC1/2: 0.809 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3DVZ 解像度: 1.01→20.14 Å / SU ML: 0.1431 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 15.4918 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.16 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.01→20.14 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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