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- PDB-7l3m: PEPCK MMQX structure 40ms post-mixing with oxaloacetic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l3m
タイトルPEPCK MMQX structure 40ms post-mixing with oxaloacetic acid
要素Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP]
キーワードLYASE / PEPCK / phosphoenolpyruvate carboxykinase / gluconeogensis
機能・相同性
機能・相同性情報


response to methionine / Gluconeogenesis / phosphoenolpyruvate carboxykinase activity / protein serine kinase activity (using GTP as donor) / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) activity / glycerol biosynthetic process from pyruvate / cellular response to potassium ion starvation / propionate catabolic process ...response to methionine / Gluconeogenesis / phosphoenolpyruvate carboxykinase activity / protein serine kinase activity (using GTP as donor) / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) activity / glycerol biosynthetic process from pyruvate / cellular response to potassium ion starvation / propionate catabolic process / cellular response to raffinose / tricarboxylic acid metabolic process / regulation of lipid biosynthetic process / response to interleukin-6 / cellular response to fructose stimulus / cellular hypotonic salinity response / carboxylic acid binding / cellular hypotonic response / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / oxaloacetate metabolic process / hepatocyte differentiation / positive regulation of memory T cell differentiation / cellular hyperosmotic response / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / response to lipid / cellular hyperosmotic salinity response / response to starvation / cellular response to interleukin-1 / cellular response to dexamethasone stimulus / positive regulation of lipid biosynthetic process / cellular response to retinoic acid / cellular response to glucagon stimulus / cellular response to cAMP / response to activity / gluconeogenesis / response to bacterium / cellular response to glucose stimulus / response to nutrient levels / response to insulin / peptidyl-serine phosphorylation / lipid metabolic process / cellular response to insulin stimulus / glucose metabolic process / GDP binding / cellular response to tumor necrosis factor / glucose homeostasis / manganese ion binding / response to lipopolysaccharide / cellular response to hypoxia / GTP binding / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, conserved site / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, N-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase N-terminal domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) signature. / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON DIOXIDE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / PHOSPHOENOLPYRUVATE / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP]
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Clinger, J.A. / Moreau, D.W. / McLeod, M.J. / Holyoak, T. / Thorne, R.E.
資金援助 米国, カナダ, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM127528-01 米国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2021
タイトル: Millisecond mix-and-quench crystallography (MMQX) enables time-resolved studies of PEPCK with remote data collection.
著者: Clinger, J.A. / Moreau, D.W. / McLeod, M.J. / Holyoak, T. / Thorne, R.E.
履歴
登録2020年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,4878
ポリマ－69,6441
非ポリマー8437
水5,747319
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.389, 118.935, 60.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.421, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP] / PEPCK-C


分子量: 69643.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Pck1 / プラスミド: PGEX4T2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P07379, phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP), 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ

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非ポリマー , 6種, 326分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-PEP / PHOSPHOENOLPYRUVATE / ホスホエノ-ルピルビン酸


分子量: 168.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5O6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素


分子量: 44.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.03 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 25mM MnCl2, 25mM GTP, 19% PEG 3350, 100mM HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 1.12 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→59.47 Å / Num. obs: 35893 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.967 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Rpim(I) all: 0.103 / Rrim(I) all: 0.198 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 127837 / Scaling rejects: 1078
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.07-2.123.31.011887826660.4280.6471.2072.199.8
9.26-59.473.50.05714974240.9860.0340.06711.899.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALS1.14.5データ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6P5O

6p5o


解像度: 2.07→51.33 Å / SU ML: 0.239 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.6799
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.186 1857 5.18 %
Rwork0.1722 33981 -
obs0.1729 35838 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→51.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4791 0 45 319 5155
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00695043
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94796849
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0519718
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059892
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1481898
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.07-2.130.32451550.27232538X-RAY DIFFRACTION97.29
2.13-2.190.25581400.24682598X-RAY DIFFRACTION99.53
2.19-2.260.27391270.22582615X-RAY DIFFRACTION99.64
2.26-2.340.23991320.20292631X-RAY DIFFRACTION99.75
2.34-2.430.18881570.18692577X-RAY DIFFRACTION99.6
2.43-2.540.21931270.18142614X-RAY DIFFRACTION99.82
2.54-2.680.19671840.17242589X-RAY DIFFRACTION99.89
2.68-2.850.19121480.17412616X-RAY DIFFRACTION99.96
2.85-3.070.18151480.16812611X-RAY DIFFRACTION99.96
3.07-3.370.16071430.16162632X-RAY DIFFRACTION99.89
3.37-3.860.14941130.14082645X-RAY DIFFRACTION99.96
3.86-4.860.12961490.13452633X-RAY DIFFRACTION100
4.87-51.330.16621340.15632682X-RAY DIFFRACTION99.89
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.16834553195 Å / Origin y: -0.234906753778 Å / Origin z: 7.74140547381 Å
111213212223313233
T0.122548683341 Å2-0.0124544592705 Å20.0248280667006 Å2-0.0926463601824 Å20.0128591700687 Å2--0.117472943894 Å2
L0.32657562098 °2-0.0302376695049 °2-0.0290115001479 °2-0.619451416862 °20.213732296774 °2--0.469361568119 °2
S-0.00402161689087 Å °0.028282215442 Å °-0.0512248955928 Å °0.0614014436621 Å °-0.0314855412015 Å °-0.00926876191227 Å °0.0362161881993 Å °0.000998523352667 Å °0.0176081826799 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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