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万見
- PDB-7l0z: Spinach variant bound to DFHBI-1T -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l0z
タイトルSpinach variant bound to DFHBI-1T
要素RNA (69-MER)
キーワードRNA / fluorescent / aptamer
機能・相同性Chem-2ZY / : / PHOSPHATE ION / SPERMINE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Truong, L. / Trachman, R.J. / Ferre-D'Amare, A.R.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2021
タイトル: Fluorogenic aptamers resolve the flexibility of RNA junctions using orientation-dependent FRET.
著者: Jeng, S.C.Y. / Trachman III, R.J. / Weissenboeck, F. / Truong, L. / Link, K.A. / Jepsen, M.D.E. / Knutson, J.R. / Andersen, E.S. / Ferre-D'Amare, A.R. / Unrau, P.J.
履歴
登録2020年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: RNA (69-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,63912
ポリマ－22,3731
非ポリマー1,26611
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area12330 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)150.564, 48.692, 30.612
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.364, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11G-105-

MG

21G-109-

NA

-
要素

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 G

#1: RNA鎖 RNA (69-MER)


分子量: 22373.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 7種, 65分子

#2: 化合物 ChemComp-2ZY / (5Z)-5-(3,5-difluoro-4-hydroxybenzylidene)-2-methyl-3-(2,2,2-trifluoroethyl)-3,5-dihydro-4H-imidazol-4-one / 4-[(Z)-3,5-ジフルオロ-4-ヒドロキシベンジリデン]-2-メチル-1-(2,2,2-トリフルオロエチル)-1(以下略)


分子量: 320.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H9F5N2O2
#3: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.94 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 40 mM Tris-HCl pH 7.5, 100 mM KCl, 1 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.105 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.105 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→75.26 Å / Num. obs: 14648 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 46.31 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.01→2.07 Å / Num. unique obs: 1167 / CC1/2: 0.627 / % possible all: 92.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OB3

5ob3


解像度: 2.1→75.26 Å / SU ML: 0.2582 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.8783
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2324 1293 9.98 %
Rwork0.1959 --
obs0.1996 11686 98.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 66.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→75.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1483 75 54 1612
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00611724
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11822665
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0506345
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006871
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2425858
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.180.331460.2991308X-RAY DIFFRACTION98.91
2.18-2.280.28311450.26691259X-RAY DIFFRACTION99.29
2.28-2.40.30281410.25841302X-RAY DIFFRACTION99.18
2.4-2.550.25051470.23741309X-RAY DIFFRACTION98.91
2.55-2.750.2851390.2491267X-RAY DIFFRACTION98.53
2.75-3.030.32231400.26421298X-RAY DIFFRACTION98.97
3.03-3.470.26561380.21041276X-RAY DIFFRACTION97.79
3.47-4.370.20661500.17841322X-RAY DIFFRACTION99.26
4.37-75.260.1721470.13911321X-RAY DIFFRACTION98.19
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -36.8152928881 Å / Origin y: 12.3705808217 Å / Origin z: -0.479627498632 Å
111213212223313233
T0.420948081066 Å20.0260468795674 Å2-0.0545975283894 Å2-0.236482955583 Å2-0.0149382859037 Å2--0.244261938933 Å2
L5.01072173497 °2-0.150228286574 °2-0.598431720792 °2-2.42095497899 °2-0.280314402507 °2--2.1857530096 °2
S-0.0722560140963 Å °-0.179569026511 Å °0.0709574158993 Å °0.290368139125 Å °0.0897809830997 Å °0.139898891319 Å °0.016607284078 Å °-0.149997906571 Å °-0.00115005845845 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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