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- PDB-7kzi: Intermediate state (QQQ) of near full-length DnaK alternatively f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kzi
タイトルIntermediate state (QQQ) of near full-length DnaK alternatively fused with a substrate peptide
要素Chaperone protein DnaK fused with substrate peptide,Chaperone protein DnaK fused with substrate peptide
キーワードCHAPERONE / molecular chaperone / Hsp70 / protein folding
機能・相同性
機能・相同性情報


unfolded protein binding / protein folding / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Chaperone DnaK / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein ...Chaperone DnaK / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / Alpha-Beta Complex / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chaperone protein DnaK
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Wang, W. / Hendrickson, W.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM107462 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2021
タイトル: Intermediates in allosteric equilibria of DnaK-ATP interactions with substrate peptides
著者: Wang, W. / Hendrickson, W.A.
履歴
登録2020年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperone protein DnaK fused with substrate peptide,Chaperone protein DnaK fused with substrate peptide
B: Chaperone protein DnaK fused with substrate peptide,Chaperone protein DnaK fused with substrate peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,34211
ポリマ－135,8592
非ポリマー1,4839
水1448
1
A: Chaperone protein DnaK fused with substrate peptide,Chaperone protein DnaK fused with substrate peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6535
ポリマ－67,9291
非ポリマー7244
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Chaperone protein DnaK fused with substrate peptide,Chaperone protein DnaK fused with substrate peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6896
ポリマ－67,9291
非ポリマー7595
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.518, 121.518, 457.878
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Chaperone protein DnaK fused with substrate peptide,Chaperone protein DnaK fused with substrate peptide / HSP70 / Heat shock 70 kDa protein / Heat shock protein 70


分子量: 67929.469 Da / 分子数: 2 / 断片: Truncated (1-609),Truncated (1-609) / 変異: T199A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌)
株: K12, K-12 / 遺伝子: dnaK, FAZ83_07380
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A6D2W465

-
非ポリマー , 5種, 17分子

#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.75 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 2.0M (NH4)2SO4, 2% PEG400, 0.15 M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.7712 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7712 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.82→49.75 Å / Num. obs: 48847 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 36.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 18.2 / Num. measured all: 1800177 / Scaling rejects: 4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. measured allNum. unique obsCC1/2% possible allRmerge(I) obsRpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
2.82-2.9134.213836240450.35890.8
11.28-49.7528.5272199540.99998.80.0410.0080.04276.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4jne,1dkz

4jne

1dkz


解像度: 2.82→49.75 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2731 1926 5 %
Rwork0.2552 36579 -
obs0.2561 38505 77.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 227.96 Å2 / Biso mean: 71.5377 Å2 / Biso min: 27.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.82→49.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9140 0 85 8 9233
Biso mean--57.07 43.9 -
残基数----1206
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0139320
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8612606
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7423542
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0991474
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0121660
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.82-2.890.4992440.484383888226
2.89-2.970.4256510.4131971102230
2.97-3.060.3289700.34811336140641
3.06-3.150.363860.3441621170749
3.16-3.270.35561020.34661943204559
3.27-3.40.45671390.3472625276479
3.4-3.550.37771720.31613283345599
3.55-3.740.3171740.299133003474100
3.74-3.970.29391760.274133403516100
3.97-4.280.2421760.24333533529100
4.28-4.710.22111770.210233763553100
4.71-5.390.22281800.212934023582100
5.39-6.790.26321840.256934843668100
6.79-49.750.21161950.198937073902100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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