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万見
- PDB-7kz0: Human MBD4 glycosylase domain bound to DNA containing substrate a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kz0
タイトルHuman MBD4 glycosylase domain bound to DNA containing substrate analog 2'-deoxy-pseudouridine
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*CP*GP*(P2U)P*GP*CP*AP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*TP*GP*G)-3')
  • Methyl-CpG-binding domain protein 4
キーワードHYDROLASE/DNA / MBD4 / protein-DNA complex / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


satellite DNA binding / pyrimidine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / depyrimidination / DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / DNA endonuclease activity / response to estradiol ...satellite DNA binding / pyrimidine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / depyrimidination / DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / DNA endonuclease activity / response to estradiol / nuclear speck / DNA repair / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Methyl-CpG-binding domain protein 4 / Methyl-CpG binding protein MeCP2/MBD4 / DNA glycosylase / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Methyl-CpG-binding domain protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Pidugu, L.S. / Pozharski, E. / Drohat, A.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM072711, R35-GM136225 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Structural Insights into the Mechanism of Base Excision by MBD4.
著者: Pidugu, L.S. / Bright, H. / Lin, W.J. / Majumdar, C. / Van Ostrand, R.P. / David, S.S. / Pozharski, E. / Drohat, A.C.
履歴
登録2020年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-CpG-binding domain protein 4
C: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*CP*GP*(P2U)P*GP*CP*AP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*TP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2067
ポリマ－27,8903
非ポリマー3154
水4,738263
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4590 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area10350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.361, 56.860, 105.416
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Methyl-CpG-binding domain protein 4 / Methyl-CpG-binding endonuclease 1 / Methyl-CpG-binding protein MBD4 / Mismatch-specific DNA N-glycosylase


分子量: 20560.615 Da / 分子数: 1 / 断片: glycosylase domain (UNP residues 426-580) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MBD4, MED1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O95243, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*CP*GP*(P2U)P*GP*CP*AP*GP*C)-3')


分子量: 3634.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*TP*GP*G)-3')


分子量: 3695.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 267分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: PEG3350, potassium sodium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月2日
放射モノクロメーター: Si(111) and Si(220) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→38.65 Å / Num. obs: 35493 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 26.1 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Rpim(I) allDiffraction-ID% possible all
1.57-1.624.517520.3311.38199.7
8.6-38.6523.527010.007199.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4DK9

4dk9


解像度: 1.57→38.65 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2151 1766 5 %
Rwork0.1883 33526 -
obs0.1896 35292 99.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 79.22 Å2 / Biso mean: 28.3962 Å2 / Biso min: 11.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.57→38.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1226 486 19 270 2001
Biso mean--36.29 40.37 -
残基数----168
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.57-1.610.36661340.3212495262998
1.61-1.660.29061320.290625632695100
1.66-1.710.31091370.28825502687100
1.71-1.770.30051560.27292510266699
1.77-1.850.27611480.238525442692100
1.85-1.930.35161210.31222538265998
1.93-2.030.25221420.209725662708100
2.03-2.160.27241480.21282531267999
2.16-2.330.18621210.19882571269299
2.33-2.560.23031260.176226012727100
2.56-2.930.21371390.16626322771100
2.93-3.690.15991250.14262635276099
3.69-38.650.161370.154927902927100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1417-0.98290.38473.4840.23641.4612-0.0913-0.10050.24730.05120.07650.0551-0.12370.00760.00830.1216-0.0033-0.00180.1608-0.00730.1198.719420.940418.8345
23.28221.6915-0.77853.5264-0.60841.4728-0.0173-0.1920.00390.22980.0739-0.21050.02960.1576-0.04990.15260.029-0.02380.2018-0.0210.134421.806213.35823.8616
38.2043-2.08110.59282.4657-0.35721.75910.02060.3110.2815-0.1524-0.01030.0623-0.112-0.0313-0.01780.1826-0.0246-0.00790.16980.01560.12927.733423.31647.847
45.96925.8761-5.60747.5805-6.24475.5475-0.5477-0.415-0.1991-1.55070.0335-0.80471.47261.3230.97370.4813-0.00810.13170.35880.05280.4573-0.0067-7.808821.7244
51.1074-0.8059-1.22075.4319-1.90313.4275-0.07210.0017-0.113-0.13790.27680.54220.2817-0.4812-0.16550.1592-0.0583-0.03780.21170.01320.215.73626.437115.7585
63.16491.3599-1.94599.05692.73242.7935-0.20410.4284-0.2743-0.03660.4434-0.9210.44610.5787-0.11810.23530.04440.0140.31-0.08230.229620.36444.61157.1694
73.57950.52143.32432.3956-0.44363.57530.41510.2648-0.06230.21020.66010.64050.8088-0.974-0.96650.4637-0.02530.04250.43970.09040.323614.702-2.21245.2713
89.36221.4972-2.71386.1324-4.22953.1794-0.3626-0.2335-0.0942-0.09730.32750.34250.3729-0.07680.0970.15480.0058-0.00610.1494-0.00210.158112.4799-0.164621.9778
96.87285.24466.40984.07184.31079.1424-0.6354-0.94681.259-0.84360.09180.7377-0.0811-0.04130.5370.2113-0.0310.00180.3950.03730.5142-3.8938-0.198324.6827
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 437:474)A437 - 474
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 475:525)A475 - 525
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 526:580)A526 - 580
4X-RAY DIFFRACTION4(chain C and resid 1:4)C1 - 4
5X-RAY DIFFRACTION5(chain C and resid 5:8)C5 - 8
6X-RAY DIFFRACTION6(chain C and resid 9:12)C9 - 12
7X-RAY DIFFRACTION7(chain D and resid 1:4)D1 - 4
8X-RAY DIFFRACTION8(chain D and resid 5:8)D5 - 8
9X-RAY DIFFRACTION9(chain D and resid 9:12)D9 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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