PDB-7kyr: Crystal structure of I107E CuB myoglobin (I107E L29H F43H sperm w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kyr

タイトル

Crystal structure of I107E CuB myoglobin (I107E L29H F43H sperm whale myoglobin)

要素

Myoglobin

キーワード

OXYGEN TRANSPORT / globin / oxidase / oxygen binding / oxygen reduction / OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Physeter catodon (マッコウクジラ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.71 Å

データ登録者

Petrik, I. / Lu, Y.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: An Engineered Glutamate in Biosynthetic Models of Heme-Copper Oxidases Drives Complete Product Selectivity by Tuning the Hydrogen-Bonding Network.
著者: Petrik, I.D. / Davydov, R. / Kahle, M. / Sandoval, B. / Dwaraknath, S. / Adelroth, P. / Hoffman, B. / Lu, Y.

履歴

登録	2020年12月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kyr.cif.gz	101 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kyr.ent.gz	62.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kyr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7kyr_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7kyr_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7kyr_validation.xml.gz	10.6 KB	表示
CIF形式データ	7kyr_validation.cif.gz	14.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/7kyr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/7kyr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7l3uC 7l3yC 4fwzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3heo-d 5oja-d 4pq6-d 1f65-d 6n03-d 2zss-d 2myc-d 3e4n-d 2in4-d 1ajg-d 3ba2-d 2zt2-d 1tes-d 3h57-d 1j52-d 2d6c-2 3e5o-d 1duo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (3) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (2) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Myoglobin

ヘテロ分子

18.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.016, 31.728, 71.283
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.353, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Myoglobin 分子量: 17398.066 Da / 分子数: 1 / 変異: L29H, F43H, I107E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ) 遺伝子: MB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02185

-
非ポリマー , 6種, 132分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.05 % / 解説: Solid rectangular prism
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: 1.5-2.0 mM protein in 20 mM tris sulfate pH 8.0 buffer, mixed 1:1 with crystallization solution composed of 100 mM tris sulfate pH 8.6, 200 mM sodium acetate, and 30% w/v PEG 10000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.075 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 16343 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.073 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.077 / Χ²: 1.046 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 124786

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.7-1.76	5.8	0.635	1600	0.843	0.285	0.698	0.75	98.5
1.76-1.83	6.6	0.488	1596	0.926	0.204	0.529	0.822	100
1.83-1.91	6.9	0.327	1629	0.958	0.133	0.353	0.918	99.9
1.91-2.02	7.1	0.221	1632	0.979	0.088	0.238	1.046	100
2.02-2.14	7.3	0.151	1604	0.991	0.06	0.163	1.141	100
2.14-2.31	7.3	0.111	1648	0.994	0.044	0.12	1.204	100
2.31-2.54	7.3	0.084	1621	0.996	0.033	0.09	1.154	100
2.54-2.91	7.3	0.067	1646	0.997	0.027	0.072	1.147	100
2.91-3.66	10.2	0.081	1649	0.999	0.026	0.085	1.082	100
3.66-50	10.4	0.054	1718	0.999	0.018	0.057	1.062	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19rc7_4070	精密化
HKL-2000	2.3.8	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000	2.3.8	データ削減
PHENIX	1.8.2_1309	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4FWZ

4fwz

解像度: 1.71→34.83 Å / SU ML: 0.1868 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.4452
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2098	3144	10.03 %
R_work	0.1662	28215	-
obs	0.1706	31359	99.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.71→34.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1198	0	66	127	1391

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0045	1341
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7721	1824
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0417	187
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0038	223
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	29.6224	193

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.71-1.73	0.3313	127	0.2709	1044	X-RAY DIFFRACTION	83.29
1.73-1.76	0.2925	158	0.2851	1278	X-RAY DIFFRACTION	97.75
1.76-1.79	0.3041	140	0.2561	1318	X-RAY DIFFRACTION	99.66
1.79-1.83	0.2695	144	0.2459	1260	X-RAY DIFFRACTION	99.57
1.83-1.86	0.2728	160	0.2134	1329	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.9	0.2477	129	0.2138	1283	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.9-1.94	0.2371	125	0.2253	1320	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.94-1.99	0.2336	160	0.193	1292	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.04	0.2423	134	0.1764	1275	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.09	0.1898	143	0.1691	1302	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.15	0.2058	131	0.1691	1268	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.15-2.22	0.2068	142	0.1697	1335	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.3	0.2101	144	0.1691	1278	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.3-2.39	0.2194	142	0.17	1285	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.5	0.1761	144	0.1569	1284	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.63	0.2497	156	0.165	1298	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.8	0.2157	139	0.1694	1296	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-3.01	0.2074	148	0.1692	1293	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.32	0.195	152	0.1644	1306	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.32-3.8	0.2048	138	0.138	1279	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8-4.78	0.2055	149	0.1326	1294	X-RAY DIFFRACTION	99.65
4.78-34.83	0.1635	139	0.1629	1298	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.55375733953	-1.32315875455	0.207168787876	3.13438974339	-1.47535084518	3.9584639795	-0.101060897872	-0.151217649374	-0.0300381655437	0.445519001167	0.10399972422	0.125782635752	-0.226456439777	-0.0122815978958	-0.000448916188326	0.215200018304	-0.0366427801539	-0.013286516507	0.149109193403	-0.0390890640257	0.158265606967	7.58054295916	2.21733453568	23.8767108654
2	8.8733931399	1.39241726246	-1.01126335414	4.68364918828	-1.35087660537	1.53082829472	-0.0233249440204	0.308153170576	0.320838443643	-0.365822455955	0.0418110379099	0.436640965023	-0.247888576047	-0.132138655142	-0.0346281769835	0.308230716497	0.0232066866972	-0.0802708471417	0.255964058639	0.0304832654056	0.255735259095	0.46168056784	9.7152236602	6.31465757678
3	3.14822242724	-1.37221949905	0.913855186723	3.87189131614	-0.549325902113	2.70541304092	-0.0351003798021	0.0595985742086	-0.196830957253	-0.0107038489681	0.0644486056998	0.160584108696	0.161214826985	0.0203476754788	-0.0380042544658	0.190531365927	-0.0477362258453	-0.0119253913176	0.134613455935	-0.00680111154469	0.187314826018	7.81734517752	-5.68790245473	13.3048496769
4	5.13891407695	-1.76483994229	-4.28891892455	4.26985066088	2.20435663774	3.87753380776	0.0933601635107	-0.0344078065741	0.120181215636	0.277550532934	-0.00930874248494	-0.145013755558	-0.413961534654	-0.0429625735954	-0.129974398598	0.194829312682	-0.00836749987657	-0.0204190740568	0.128063329839	0.00513459522935	0.170024820105	10.9142765041	7.67025983909	20.5589924914
5	4.24935572951	-0.310703064988	1.18523807385	4.00136711369	0.374238123736	5.54816359108	0.062052050455	0.376361381176	-0.268209321728	-0.124610374991	-0.00101033733259	-0.140231824778	0.150508360313	0.31477767722	-0.0227111452914	0.157871418856	8.72757024767E-5	0.027672601942	0.128549720506	0.0185690633647	0.206567397788	15.2800497259	-2.59750236994	13.8259983656

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 35 )	A	1 - 35	1 - 35
2	2	chain 'A' and (resid 36 through 58 )	A	36 - 58	36 - 58
3	3	chain 'A' and (resid 59 through 100 )	A	59 - 100	59 - 100
4	4	chain 'A' and (resid 101 through 124 )	A	101 - 124	101 - 124
5	5	chain 'A' and (resid 125 through 152 )	A - F	125 - 152	125

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)