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Yorodumi- PDB-7kyr: Crystal structure of I107E CuB myoglobin (I107E L29H F43H sperm w... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7kyr | ||||||
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Title | Crystal structure of I107E CuB myoglobin (I107E L29H F43H sperm whale myoglobin) | ||||||
Components | Myoglobin | ||||||
Keywords | OXYGEN TRANSPORT / globin / oxidase / oxygen binding / oxygen reduction / OXIDOREDUCTASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information nitrite reductase activity / Oxidoreductases; Acting on other nitrogenous compounds as donors / sarcoplasm / Oxidoreductases; Acting on a peroxide as acceptor; Peroxidases / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Physeter catodon (sperm whale) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.71 Å | ||||||
Authors | Petrik, I. / Lu, Y. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2021 Title: An Engineered Glutamate in Biosynthetic Models of Heme-Copper Oxidases Drives Complete Product Selectivity by Tuning the Hydrogen-Bonding Network. Authors: Petrik, I.D. / Davydov, R. / Kahle, M. / Sandoval, B. / Dwaraknath, S. / Adelroth, P. / Hoffman, B. / Lu, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7kyr.cif.gz | 101 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7kyr.ent.gz | 62.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7kyr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7kyr_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7kyr_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 7kyr_validation.xml.gz | 10.6 KB | Display | |
Data in CIF | 7kyr_validation.cif.gz | 14.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/7kyr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/7kyr | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7l3uC 7l3yC 4fwzS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 17398.066 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: L29H, F43H, I107E Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Physeter catodon (sperm whale) / Gene: MB / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P02185 |
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-Non-polymers , 6 types, 132 molecules
#2: Chemical | ChemComp-HEM / |
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#3: Chemical | ChemComp-PG4 / |
#4: Chemical | ChemComp-EDO / |
#5: Chemical | ChemComp-SO4 / |
#6: Chemical | ChemComp-NA / |
#7: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 43.05 % / Description: Solid rectangular prism |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.6 Details: 1.5-2.0 mM protein in 20 mM tris sulfate pH 8.0 buffer, mixed 1:1 with crystallization solution composed of 100 mM tris sulfate pH 8.6, 200 mM sodium acetate, and 30% w/v PEG 10000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 1.075 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Aug 23, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.075 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→50 Å / Num. obs: 16343 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 1.046 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 124786 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4FWZ Resolution: 1.71→34.83 Å / SU ML: 0.1868 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 22.4452 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.61 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.71→34.83 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A
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