[日本語] English
万見
- PDB-7ky1: Molecular basis for control of antibiotic production by a bacteri... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ky1
タイトルMolecular basis for control of antibiotic production by a bacterial hormones
要素TetR family transcriptional regulator
キーワードANTIBIOTIC / streptomyces / tetR-family transcriptional regulator / signalling / microbial natural product
機能・相同性Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / regulation of gene expression / DNA binding / identical protein binding / TetR family transcriptional regulator
機能・相同性情報
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.50003347687 Å
データ登録者Bhukya, H. / Fulop, V.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Royal SocietyBB/M022765/1 英国
Royal SocietyUF090255 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M017982/1 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Molecular basis for control of antibiotic production by a bacterial hormone.
著者: Shanshan Zhou / Hussain Bhukya / Nicolas Malet / Peter J Harrison / Dean Rea / Matthew J Belousoff / Hariprasad Venugopal / Paulina K Sydor / Kathryn M Styles / Lijiang Song / Max J Cryle / ...著者: Shanshan Zhou / Hussain Bhukya / Nicolas Malet / Peter J Harrison / Dean Rea / Matthew J Belousoff / Hariprasad Venugopal / Paulina K Sydor / Kathryn M Styles / Lijiang Song / Max J Cryle / Lona M Alkhalaf / Vilmos Fülöp / Gregory L Challis / Christophe Corre /
要旨: Actinobacteria produce numerous antibiotics and other specialized metabolites that have important applications in medicine and agriculture. Diffusible hormones frequently control the production of ...Actinobacteria produce numerous antibiotics and other specialized metabolites that have important applications in medicine and agriculture. Diffusible hormones frequently control the production of such metabolites by binding TetR family transcriptional repressors (TFTRs), but the molecular basis for this remains unclear. The production of methylenomycin antibiotics in Streptomyces coelicolor A3(2) is initiated by the binding of 2-alkyl-4-hydroxymethylfuran-3-carboxylic acid (AHFCA) hormones to the TFTR MmfR. Here we report the X-ray crystal structure of an MmfR-AHFCA complex, establishing the structural basis for hormone recognition. We also elucidate the mechanism for DNA release upon hormone binding through the single-particle cryo-electron microscopy structure of an MmfR-operator complex. DNA binding and release assays with MmfR mutants and synthetic AHFCA analogues define the role of individual amino acid residues and hormone functional groups in ligand recognition and DNA release. These findings will facilitate the exploitation of actinobacterial hormones and their associated TFTRs in synthetic biology and in the discovery of new antibiotics.
履歴
登録2020年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2021年2月3日ID: 6SRM
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月6日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TetR family transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0231
ポリマ－24,0231
非ポリマー00
水4,125229
1
A: TetR family transcriptional regulator

A: TetR family transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0462
ポリマ－48,0462
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x+1/2,-y+1/2,z1
Buried area2510 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area16810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.500, 115.720, 53.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Space group name HallC22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z
#8: -x+1/2,-y+1/2,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-390-

HOH

21A-451-

HOH

31A-495-

HOH

41A-527-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 TetR family transcriptional regulator


分子量: 24023.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
遺伝子: mmfR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9JN89
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.3 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10-15% PEG 3350 and 0.2-0.25 M magnesium formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月21日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→53.649 Å / Num. obs: 29976 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 19.2805422876 Å2 / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.53 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Num. unique obs: 1256 / Rsym value: 0.659 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.50003347687→53.649 Å / SU ML: 0.210635969747 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34383303184 / 位相誤差: 25.734972964
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2131036866 1181 3.93981852148 %Random
Rwork0.188731914226 28795 --
obs0.189734709652 29976 99.0091161316 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.9459058009 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.50003347687→53.649 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1474 0 0 229 1703
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006738723795461544
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9241865217532097
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0477286775768227
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00608817786258279
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7915073903947
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.50003347687-1.56830.3589642019761340.3108117083083404X-RAY DIFFRACTION95.4153182309
1.5683-1.6510.2636675592191510.2511513392473582X-RAY DIFFRACTION99.7594869054
1.651-1.75440.2800502401221310.2231528235543601X-RAY DIFFRACTION99.7594226143
1.7544-1.88990.2278943213771400.2068881397723595X-RAY DIFFRACTION99.414426404
1.8899-2.08010.2444807230181500.2107014439523574X-RAY DIFFRACTION99.3331555081
2.0801-2.38110.2117930397631600.1797029723323600X-RAY DIFFRACTION99.4708994709
2.3811-2.99990.2112633602191590.1895886340773655X-RAY DIFFRACTION99.5302713987
2.9999-53.6490.1828286239811560.1634032718333784X-RAY DIFFRACTION99.3193849256
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.7676516377 Å / Origin y: 42.5010146162 Å / Origin z: 35.3873381032 Å
111213212223313233
T0.122201482818 Å2-0.0235448911681 Å20.00523373646636 Å2-0.122643578091 Å2-0.00904901473757 Å2--0.115807836934 Å2
L0.166079151006 °2-0.0211537512577 °2-0.0865889396521 °2-0.716257590298 °2-0.718783235474 °2--0.434118945282 °2
S-0.0372730833509 Å °-0.0151451386189 Å °-0.0183869301178 Å °-0.112941452998 Å °0.114283879865 Å °-0.0124098320819 Å °0.0614151202353 Å °-0.126629298187 Å °0.0374886339348 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る