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- PDB-7kx1: Dihydrodipicolinate synthase (DHDPS) from C.jejuni, Y110F mutant ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kx1
タイトルDihydrodipicolinate synthase (DHDPS) from C.jejuni, Y110F mutant with pyruvate bound in the active in C2221 space group
要素4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
キーワードLYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytosol
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Saran, S. / Sanders, D.A.R.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: B-FACTOR ANALYSIS SUGGEST THAT L-LYSINE AND R, R-BISLYSINE ALLOSTERICALLY INHIBIT Cj.DHDPS ENZYME BY DECREASING PROTEIN DYNAMICS
著者: Saran, S. / Sanders, D.A.R.
履歴
登録2020年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
E: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
F: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,61824
ポリマ-205,0166
非ポリマー1,60218
10,827601
1
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,79917
ポリマ-136,6774
非ポリマー1,12213
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12840 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area40150 Å2
手法PISA
2
E: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
F: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子

E: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
F: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,63814
ポリマ-136,6774
非ポリマー96110
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area10850 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area40020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.810, 230.100, 199.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-503-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D
51chain E
61(chain F and resid 3 through 298)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth seq-ID: 3 - 298 / Label seq-ID: 15 - 310

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB
3chain CCC
4chain DDD
5chain EEE
6(chain F and resid 3 through 298)FF

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / HTPA synthase


分子量: 34169.258 Da / 分子数: 6 / 変異: Y110F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) (カンピロバクター)
: ATCC 700819 / NCTC 11168 / 遺伝子: dapA, Cj0806 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9PPB4, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

-
非ポリマー , 6種, 619分子

#2: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C6H14O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 601 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.68 %
結晶化温度: 288.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.4
詳細: 0.3 M Magnesium acetate, 10 % PEG 8000, 0.1 M Sodium acetate (pH 7.4)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月29日
放射モノクロメーター: Double beam / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→46.03 Å / Num. obs: 156294 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.43
反射 シェル解像度: 1.9→1.968 Å / Rmerge(I) obs: 1.077 / Num. unique obs: 15421 / % possible all: 99.59

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LY8
解像度: 2.04→45.85 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2538 6061 5 %
Rwork0.2135 115162 -
obs0.2155 121223 98.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 94.82 Å2 / Biso mean: 45.6298 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.04→45.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13644 0 105 601 14350
Biso mean--41.89 46.06 -
残基数----1777
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDRmsタイプ
11A5358X-RAY DIFFRACTION1.69TORSIONAL
12B5358X-RAY DIFFRACTION1.69TORSIONAL
13C5358X-RAY DIFFRACTION1.69TORSIONAL
14D5358X-RAY DIFFRACTION1.69TORSIONAL
15E5358X-RAY DIFFRACTION1.69TORSIONAL
16F5358X-RAY DIFFRACTION1.69TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.04-2.060.35761630.3822313883
2.06-2.090.39941780.372338187
2.09-2.110.39671950.363373097
2.11-2.140.37452010.3446378899
2.14-2.170.37732020.3525384799
2.17-2.20.35952030.33263836100
2.2-2.230.3362030.33353857100
2.23-2.260.36772030.33023875100
2.26-2.30.37452010.31773808100
2.3-2.340.36492040.30093871100
2.34-2.380.37092020.29153838100
2.38-2.420.30482030.28943855100
2.42-2.470.33422050.27533888100
2.47-2.520.29912020.26573836100
2.52-2.570.30662030.25613862100
2.57-2.630.30932040.24423876100
2.63-2.70.30092040.24233871100
2.7-2.770.28042030.2333872100
2.77-2.850.29422060.23543904100
2.85-2.940.27652030.23673852100
2.94-3.050.27972040.22153892100
3.05-3.170.24792040.20683872100
3.17-3.310.23782060.19943914100
3.31-3.490.24812060.20493901100
3.49-3.710.23152050.19343901100
3.71-3.990.20962050.16693905100
3.99-4.390.19112080.15763941100
4.39-5.030.19732070.1533936100
5.03-6.330.20732100.18283988100
6.33-100.19032180.16024127100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.84180.5423-0.00821.7809-0.22781.0187-0.00630.15930.0708-0.3955-0.1839-0.30210.0780.1647-0.05580.35510.00790.03750.44050.1080.4085-27.443636.8864-4.0596
20.08010.19180.18790.47120.1171.3979-0.1485-0.04840.15110.1547-0.0694-0.5207-0.230.28980.0240.3098-0.0131-0.01010.53680.0910.555-20.180138.78934.4878
30.7333-0.21830.84191.6778-0.39970.7723-0.09740.07570.08550.1408-0.0374-0.1296-0.12580.0671-0.05460.3042-0.0332-0.03040.32220.05590.3632-35.601443.0212.8701
40.6084-0.20440.19471.7436-0.66581.58690.03090.29160.0213-0.2701-0.0860.13840.1993-0.1181-0.07240.3219-0.0156-0.00740.39870.05370.3232-41.682634.4231-7.5483
51.14640.2210.68270.581-0.35220.9670.0249-0.07970.2420.24440.21520.3253-0.171-0.2327-0.02220.45360.13710.08290.40860.1330.5318-75.336850.229420.1659
61.36340.60160.10634.6899-0.77852.0261-0.0750.1706-0.2715-0.72320.5470.30830.1873-0.4987-0.07450.40290.05620.10190.54550.22490.7645-84.400547.152819.1463
70.86330.00640.03751.2305-0.1261.269-0.07270.0718-0.17820.05260.08010.44390.0786-0.19280.0010.3061-0.0075-0.01760.39370.12990.4768-75.454236.35339.1914
80.5402-0.2255-0.44921.3311-0.18180.7853-0.0203-0.09470.09350.25620.10770.0399-0.05180.0995-0.00930.35580.0127-0.01910.34240.05260.3808-61.858848.222515.8488
90.81790.4032-0.03011.44350.45811.6403-0.09810.09730.0627-0.15690.1143-0.2358-0.22190.2066-0.03430.3176-0.0065-0.09360.48040.16210.4554-24.630414.842728.7548
101.0550.0345-0.56591.4293-0.1170.66590.1279-0.167-0.04110.0962-0.1881-0.227-0.05540.17250.00640.34370.0171-0.04570.51270.15430.4432-23.539614.825131.8345
112.270.4355-1.08442.50460.18850.86880.08020.2775-0.2472-0.61910.0414-0.89450.18850.52970.07650.41120.05870.04880.74860.15050.6536-16.106614.101325.0534
120.7242-0.17281.03420.9204-0.13891.5243-0.13440.2974-0.12250.0243-0.0936-0.12410.09470.41640.03460.32830.06390.02060.50220.15380.5448-22.454410.937217.5637
131.0780.34830.50871.7658-1.23911.7469-0.018-0.0334-0.2642-0.0892-0.0929-0.05080.12280.1629-0.05010.34410.0440.01190.37720.05830.4086-32.596813.870511.872
140.87970.60.02690.6326-0.39981.27590.0142-0.1213-0.1254-0.01650.01110.0860.0251-0.0393-0.06490.36490.0291-0.01240.37570.0880.4316-40.87226.921823.599
151.18660.0535-0.09111.6678-0.33290.78670.0492-0.5208-0.13550.30330.15150.2511-0.104-0.0522-0.08750.30880.05810.0010.56770.08730.3953-44.629113.495537.727
160.02190.1245-0.17051.3064-0.79070.81510.086-0.1010.0110.2431-0.1946-0.3285-0.45150.0053-0.01770.3709-0.0163-0.0590.43330.11180.3783-28.550827.86734.6262
170.33020.3924-0.09382.1778-0.79270.9613-0.0089-0.1352-0.10070.9565-0.020.0758-0.5734-0.0431-0.08460.5609-0.0195-0.00660.62760.03680.3773-35.934724.321743.7535
180.5131-0.53670.12470.8073-0.10080.73370.08330.0663-0.19020.0160.14020.47220.0575-0.065-0.0250.3506-0.0557-0.00310.45690.15330.5869-78.26938.937321.4745
191.001-0.54170.09611.9625-0.21881.8136-0.0540.08460.3730.59550.34380.2478-0.5292-0.3753-0.05690.4017-0.07310.06960.66510.19430.7875-86.083913.335225.0643
200.84220.94790.04461.12010.12481.2743-0.2435-0.11480.0013-0.07510.38380.3537-0.0523-0.2718-0.03330.3856-0.00190.09350.57810.19630.5433-80.058518.156131.7164
210.7038-0.2047-0.61160.9609-0.00890.8969-0.1154-0.249-0.16470.07690.09330.1746-0.2246-0.2965-0.06690.50490.07730.01930.50890.10230.4183-71.201926.532832.877
220.55580.59150.23281.2274-0.6631.41760.0499-0-0.20970.1775-0.03650.17450.22930.1334-0.13080.41910.04330.05880.44710.16080.4683-67.189721.847229.9523
230.9041-0.2440.54861.89060.47541.73840.0889-0.08550.12550.11270.03880.0598-0.1194-0.4536-0.03550.51830.02960.00120.48580.17340.4163-63.564220.120736.8091
240.59870.02250.58691.4705-0.10350.50360.0807-0.0845-0.16190.10790.09290.04180.03150.0592-0.01570.37250.00280.00760.37230.07640.4454-60.51858.149829.0524
250.8626-0.4209-0.25430.9305-0.69960.8829-0.0227-0.0495-0.10390.0738-0.0383-0.1185-0.14530.08770.03690.4058-0.0131-0.02220.35010.05070.5364-57.46621.695520.6319
260.32450.4281-0.10951.8317-0.38670.65540.03730.18490.0468-0.27120.17740.12120.1327-0.2143-0.01040.4424-0.0306-0.06740.40460.0620.5021-70.83698.51127.4671
270.78710.28870.43010.93060.27610.2617-0.02650.20030.05920.1185-0.02710.3308-0.0285-0.3802-0.00290.3912-0.0157-0.04510.60090.02730.417-29.5095-17.102139.2012
281.1474-0.0880.05071.6749-0.05621.7799-0.1198-0.3427-0.5830.3499-0.19470.26471.2458-0.6448-0.15680.4677-0.02350.0050.68810.10150.6182-37.1605-20.806243.617
291.05820.4645-0.35021.6221-0.74670.49860.01180.1372-0.1406-0.0662-0.01440.28170.4073-0.3711-0.04440.5118-0.07210.00110.4933-0.05780.4044-27.216-33.43245.4117
300.34130.18570.18251.31460.3391.40510.00160.53280.2809-0.1027-0.11920.26290.37-0.4071-0.01770.4784-0.1044-0.01520.5099-0.07240.3403-20.6222-33.558743.4426
310.59690.3409-0.54870.7927-0.05361.03770.00310.3347-0.0046-0.0771-0.1052-0.03940.3103-0.1970.0140.4703-0.045-0.03750.5135-0.03510.3425-16.1455-29.957832.4786
320.50640.137-0.35431.3110.26831.7073-0.11420.38120.1777-0.20810.2313-0.07620.29950.12340.03010.4586-0.0079-0.00530.630.05880.3847-11.0662-16.383627.2517
330.6137-0.3604-0.23330.5982-0.43961.97810.07870.17570.09470.0905-0.1297-0.0033-0.3465-0.08760.00650.38710.0271-0.0360.44420.03740.4325-18.3989-6.164742.6679
340.86770.21720.76841.45880.12150.8189-0.0008-0.24780.0633-0.0746-0.10140.22340.3658-0.11950.01910.5565-0.08140.03590.4229-0.02220.309-19.5599-33.833673.7524
351.22290.12220.19830.60720.00721.3102-0.1512-0.0562-0.16580.13670.00660.22270.1802-0.1274-0.020.6422-0.0540.11020.45840.01540.4134-20.3066-37.745174.8907
361.6721-0.00940.67151.68910.26631.80830.14420.27740.44210.1346-0.21930.3397-0.0282-0.4229-0.00990.5134-0.09810.12330.7288-0.02610.5309-29.0136-32.912374.0419
371.08060.0804-0.30111.2668-0.04250.9165-0.0132-0.02820.16160.01920.0170.25050.103-0.5754-0.02170.4302-0.00780.02640.3691-0.02870.3695-21.1058-20.218167.4997
381.0088-0.6109-0.14730.33260.0721.247-0.0319-0.19860.03930.1438-0.03910.04490.11170.02840.04290.4437-0.017-0.01430.4296-0.01270.3485-6.9965-21.84470.2778
391.19430.37110.30141.2981-0.66082.0249-0.1062-0.6441-0.14710.3374-0.2119-0.05360.3130.33110.04240.55240.0890.05380.53650.06530.39640.0382-36.834277.404
400.7985-0.23830.29691.1765-0.48931.6985-0.1411-0.0656-0.3459-0.14060.0934-0.11960.5978-0.1480.01590.7124-0.01550.05580.41050.05420.4811-12.6538-47.830465.8214
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 55 )A3 - 55
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 56 through 98 )A56 - 98
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 99 through 214 )A99 - 214
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 215 through 298 )A215 - 298
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 3 through 55 )B3 - 55
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 56 through 70 )B56 - 70
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 71 through 148 )B71 - 148
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 149 through 298 )B149 - 298
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 3 through 23 )C3 - 23
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 24 through 55 )C24 - 55
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 56 through 70 )C56 - 70
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 71 through 98 )C71 - 98
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 99 through 148 )C99 - 148
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 149 through 229 )C149 - 229
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 230 through 248 )C230 - 248
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 249 through 279 )C249 - 279
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 280 through 298 )C280 - 298
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 3 through 55 )D3 - 55
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 56 through 70 )D56 - 70
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 71 through 98 )D71 - 98
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 99 through 129 )D99 - 129
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 130 through 148 )D130 - 148
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 149 through 171 )D149 - 171
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 172 through 226 )D172 - 226
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 227 through 248 )D227 - 248
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 249 through 298 )D249 - 298
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 3 through 55 )E3 - 55
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 56 through 70 )E56 - 70
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 71 through 127 )E71 - 127
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 128 through 148 )E128 - 148
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 149 through 226 )E149 - 226
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 227 through 248 )E227 - 248
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 249 through 298 )E249 - 298
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 2 through 23 )F2 - 23
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 24 through 55 )F24 - 55
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 56 through 70 )F56 - 70
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 71 through 129 )F71 - 129
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 130 through 214 )F130 - 214
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 215 through 248 )F215 - 248
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'F' and (resid 249 through 298 )F249 - 298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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