PDB-7kwc: Surface glycan-binding protein B (truncated) from Bacteroides the...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kwc

タイトル

Surface glycan-binding protein B (truncated) from Bacteroides thetaiotaomicron

要素

BtSGBP-B_31-285

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / CBM / lectin

機能・相同性

PKD domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / DUF5017 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.611 Å

データ登録者

Tamura, K. / Brumer, H. / Van Petegem, F.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Distinct protein architectures mediate species-specific beta-glucan binding and metabolism in the human gut microbiota.
著者: Tamura, K. / Dejean, G. / Van Petegem, F. / Brumer, H.

履歴

登録	2020年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年7月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kwc.cif.gz	96.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kwc.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kwc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/7kwc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/7kwc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7kv1C 7kv2C 7kv3C 7kv4C 7kv5C 7kv6C 7kv7C 7kwbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4mzg-2 5mkg-2 4tnn-d 4lsd-1 5vbb-d 5b3i-1 3aqf-d 5mkg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: BtSGBP-B_31-285

31.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.689, 80.689, 86.027
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	BtSGBP-B_31-285 分子量: 31663.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 遺伝子: HMPREF2534_00387 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A139L065
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.37 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1M magnesium chloride, 0.1M sodium citrate, 15% (w/v) PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.61→19.64 Å / Num. obs: 8556 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 25.4 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 42.5
反射シェル	解像度: 2.61→2.66 Å / Num. unique obs: 416 / CC_1/2: 0.951

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.611→19.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.15 / ESU R Free: 0.38 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2922	414	4.839 %
R_work	0.2501	8142	-
all	0.252	-	-
obs	-	8556	94.084 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.316 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.844 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.844 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.688 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.611→19.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1861	0	0	12	1873

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.001	0.013	1910
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.037	0.017	1640
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.181	1.642	2615
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.433	1.57	3807
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.331	5	242
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.05	24.767	86
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.941	15	271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	7.705	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.025	0.2	268
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	2170
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	395
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.145	0.2	240
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	1411
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.154	0.2	908
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.064	0.2	722
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.122	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.12	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.141	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.038	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.807	6.004	974
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.806	6.003	973
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.491	9.002	1214
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.491	9.002	1215
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.478	5.898	936
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.477	5.899	937
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.908	8.854	1401
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.907	8.855	1402
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.195	66.11	1925
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.194	66.1	1926

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.611-2.678	0.331	28	0.359	388	X-RAY DIFFRACTION	63.6086
2.678-2.752	0.441	30	0.335	527	X-RAY DIFFRACTION	88.6943
2.752-2.831	0.322	34	0.339	578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.831-2.918	0.308	26	0.315	587	X-RAY DIFFRACTION	100
2.918-3.013	0.291	38	0.295	549	X-RAY DIFFRACTION	100
3.013-3.119	0.411	34	0.299	537	X-RAY DIFFRACTION	100
3.119-3.236	0.26	27	0.298	523	X-RAY DIFFRACTION	100
3.236-3.368	0.339	16	0.288	515	X-RAY DIFFRACTION	100
3.368-3.517	0.355	18	0.287	372	X-RAY DIFFRACTION	77.381
3.517-3.688	0.284	23	0.291	429	X-RAY DIFFRACTION	90.4
3.688-3.887	0.268	24	0.25	439	X-RAY DIFFRACTION	99.1435
3.887-4.122	0.284	30	0.22	377	X-RAY DIFFRACTION	93.135
4.122-4.405	0.574	9	0.215	415	X-RAY DIFFRACTION	100
4.405-4.755	0.195	14	0.213	394	X-RAY DIFFRACTION	100
4.755-5.206	0.231	14	0.192	341	X-RAY DIFFRACTION	100
5.206-5.815	0.208	20	0.216	316	X-RAY DIFFRACTION	100
5.815-6.703	0.313	4	0.263	299	X-RAY DIFFRACTION	100
6.703-8.183	0.265	7	0.249	253	X-RAY DIFFRACTION	100
8.183-11.463	0.331	15	0.184	201	X-RAY DIFFRACTION	100
11.463-19.64	0.2	3	0.2	102	X-RAY DIFFRACTION	77.2059

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)