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- PDB-7kw1: Structure of hSTING in complex with novel carbocyclic pyrimidine CDN-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kw1
タイトルStructure of hSTING in complex with novel carbocyclic pyrimidine CDN-3
要素Stimulator of interferon genes protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunotherapy / stimulator of interferon genes / cyclic dinucleotide
機能・相同性
機能・相同性情報


2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / reticulophagy / autophagosome membrane / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / positive regulation of type I interferon production / activation of innate immune response / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / cytoplasmic vesicle ...2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / reticulophagy / autophagosome membrane / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / positive regulation of type I interferon production / activation of innate immune response / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / cytoplasmic vesicle / defense response to virus / mitochondrial outer membrane / Golgi membrane / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / Transmembrane protein 173
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-X4M / Stimulator of interferon genes protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Skene, R.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Identification of Novel Carbocyclic Pyrimidine Cyclic Dinucleotide STING Agonists for Antitumor Immunotherapy Using Systemic Intravenous Route.
著者: Vyskocil, S. / Cardin, D. / Ciavarri, J. / Conlon, J. / Cullis, C. / England, D. / Gershman, R. / Gigstad, K. / Gipson, K. / Gould, A. / Greenspan, P. / Griffin, R. / Gulavita, N. / Harrison, ...著者: Vyskocil, S. / Cardin, D. / Ciavarri, J. / Conlon, J. / Cullis, C. / England, D. / Gershman, R. / Gigstad, K. / Gipson, K. / Gould, A. / Greenspan, P. / Griffin, R. / Gulavita, N. / Harrison, S. / Hu, Z. / Hu, Y. / Hata, A. / Huang, J. / Huang, S.C. / Janowick, D. / Jones, M. / Kolev, V. / Langston, S.P. / Lee, H.M. / Li, G. / Lok, D. / Ma, L. / Mai, D. / Malley, J. / Matsuda, A. / Mizutani, H. / Mizutani, M. / Molchanova, N. / Nunes, E. / Pusalkar, S. / Renou, C. / Rowland, S. / Sato, Y. / Shaw, M. / Shen, L. / Shi, Z. / Skene, R. / Soucy, F. / Stroud, S. / Xu, H. / Xu, T. / Abu-Yousif, A.O. / Zhang, J.
履歴
登録2020年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8612
ポリマ－27,2121
非ポリマー6501
水2,234124
1
A: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子

A: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7224
ポリマ－54,4232
非ポリマー1,2992
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area4170 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area16180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.221, 78.653, 36.026
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.570, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2674-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Stimulator of interferon genes protein / Transmembrane protein 173


分子量: 27211.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STING, LOC340061, hCG_1782396 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2R3XZB7
#2: 化合物 ChemComp-X4M / (2R,5R,7R,8R,10R,12aR,14R,15aS,16R)-7-(2-amino-6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)-16-hydroxy-14-[(pyrimidin-4-yl)oxy]-2,10-disulfanyldecahydro-2H,10H-5,8-methano-2lambda~5~,10lambda~5~-cyclopenta[l][1,3,6,9,11,2,10]pentaoxadiphosphacyclotetradecine-2,10-dione


分子量: 649.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H25N7O10P2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25.0% PEG 3350, 0.2M Lithium Sulfate, 0.1M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→44.36 Å / Num. obs: 22834 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.8-1.843.20.683420513100.580.450.8211.6100
9-44.323.40.0326391890.9980.0210.03827.798.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KSY

4ksy


解像度: 1.8→44.357 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 6.349 / SU ML: 0.084 / SU R Cruickshank DPI: 0.1056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 1134 5 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.1772 21699 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 105.6 Å2 / Biso mean: 42.55 Å2 / Biso min: 21.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.46 Å2-0 Å20.57 Å2
2--0.08 Å2-0 Å2
3----0.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→44.357 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1449 0 41 124 1614
Biso mean--24.06 57.92 -
残基数----179
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0131538
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171359
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3971.6892095
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3131.573147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3555181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.40121.47495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.17715256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9511515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2199
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021747
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02333
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 92 -
Rwork0.283 1560 -
all-1652 -
obs--99.88 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 29.7273 Å / Origin y: 8.0852 Å / Origin z: 17.4451 Å
111213212223313233
T0.0109 Å20.0156 Å2-0.0278 Å2-0.0776 Å2-0.0098 Å2--0.093 Å2
L2.0262 °2-0.3371 °20.4123 °2-2.5006 °20.0659 °2--1.7387 °2
S-0.1043 Å °-0.0903 Å °0.2385 Å °-0.061 Å °0.0342 Å °0.3279 Å °-0.0771 Å °-0.3643 Å °0.0701 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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