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- PDB-7kvt: Crystal structure of Squash RNA aptamer in complex with DFHBI-1T ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kvt
タイトルCrystal structure of Squash RNA aptamer in complex with DFHBI-1T with iridium (III) ions
要素Squash RNA aptamer bound to DFHBI-1T with iridium (III) ions
キーワードRNA / fluorogenic aptamer / adenine riboswitch
機能・相同性Chem-2ZY / IRIDIUM HEXAMMINE ION / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Truong, L. / Ferre-D'Amare, A.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI) 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: The fluorescent aptamer Squash extensively repurposes the adenine riboswitch fold.
著者: Truong, L. / Kooshapur, H. / Dey, S.K. / Li, X. / Tjandra, N. / Jaffrey, S.R. / Ferre-D'Amare, A.R.
履歴
登録2020年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Squash RNA aptamer bound to DFHBI-1T with iridium (III) ions
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2397
ポリマ－26,9871
非ポリマー1,2526
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.900, 103.900, 51.699
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z

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要素

#1: RNA鎖 Squash RNA aptamer bound to DFHBI-1T with iridium (III) ions


分子量: 26986.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-2ZY / (5Z)-5-(3,5-difluoro-4-hydroxybenzylidene)-2-methyl-3-(2,2,2-trifluoroethyl)-3,5-dihydro-4H-imidazol-4-one


分子量: 320.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H9F5N2O2
#3: 化合物 ChemComp-IRI / IRIDIUM HEXAMMINE ION


分子量: 294.400 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: H18IrN6
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.42 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 40 mM Na cacodylate pH 7.0, 80 mM NaCl, 12 mM spermine hydrochloride, 36% (v/v) MPD, 40 mM NaI, and 1 mM iridium (III) hexammine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.105 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.105 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.73→46.5 Å / Num. obs: 7929 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 24.7 % / Biso Wilson estimate: 81.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 69.6
反射 シェル解像度: 2.73→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 3.114 / Num. unique obs: 1386

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.73→46.47 Å / SU ML: 0.408 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.374
立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 791 9.98 %
Rwork0.209 --
obs0.213 7929 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 71.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.73→46.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1788 45 6 1839
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072047
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5133212
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.586999
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062414
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00885
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.73-2.90.43991280.33381155X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.120.37371280.28981153X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.440.28411290.23031175X-RAY DIFFRACTION100
3.44-3.940.25151300.22751169X-RAY DIFFRACTION100
3.94-4.960.26971340.21181202X-RAY DIFFRACTION100
4.96-46.470.19611420.17171284X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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