PDB-7kul: DNA modification at 3' end of RNA primer complex with guanosine d...

キーワード

RNA / nonenzymatic RNA extension / DNA

機能・相同性

DIGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10)

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Fang, Z. / Giurgiu, C. / Szostak, J.W.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Structure-Activity Relationships in Nonenzymatic Template-Directed RNA Synthesis.
著者: Giurgiu, C. / Fang, Z. / Aitken, H.R.M. / Kim, S.C. / Pazienza, L. / Mittal, S. / Szostak, J.W.

履歴

登録	2020年11月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2022年3月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kul.cif.gz	38.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kul.ent.gz	25.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kul.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7kul_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7kul_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	7kul_validation.xml.gz	7.5 KB	表示
CIF形式データ	7kul_validation.cif.gz	9.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/7kul ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/7kul	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7kukC 7kumC 7kunC 7kuoC 7kupC 7lneC 7lnfC 7lngC 5ueeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hbx-2 5dhc-1 6c8o-d 5uee-d 7kup-d 5v0h-d 5ued-d 4nfo-2 5l00-2 5l00-1 6c8d-d 7kun-d 7lnf-d 5uef-d 5hbx-1 6c8k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA/RNA (5'-R(*(LKC)P*(LCC)P*(LCC)P*(LCG)P*AP*CP*UP*UP*AP*AP*GP*UP*C)-D(P*G)-3')

B: DNA/RNA (5'-R(*(LKC)P*(LCC)P*(LCC)P*(LCG)P*AP*CP*UP*UP*AP*AP*GP*UP*C)-D(P*G)-3')

ヘテロ分子

10.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.443, 47.443, 82.803
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-102- MG
2	1	A-251- HOH

#1: DNA/RNAハイブリッド	DNA/RNA (5'-R((LKC)P(LCC)P(LCC)P(LCG)PAPCPUPUPAPAPGPUPC)-D(PG)-3') 分子量: 4416.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-GP3 / DIGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Gp₃G 分子量: 788.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₇N₁₀O₁₈P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Magnesium acetate tetrahydrate, 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 30% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 50 mM Magnesium Chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 99 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→50 Å / Num. obs: 13719 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 9.6 % / CC_1/2: 0.985 / CC star: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.075 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.079 / Χ²: 0.953 / Net I/σ(I): 24.9
反射シェル	解像度: 1.64→1.67 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.314 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique obs: 643 / CC_1/2: 0.989 / CC star: 0.997 / R_pim(I) all: 0.123 / R_rim(I) all: 0.339 / Χ²: 0.903 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5UEE

5uee

解像度: 1.64→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 1.864 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.115 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	569	4.696 %
R_work	0.2079	11547	-
all	0.21	-	-
obs	-	12116	87.581 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.93 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.001 Å²	0.001 Å²	0 Å²
2-	-	0.001 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.004 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	509	201	112	822

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.017	792
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.028	0.024	348
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.88	2.01	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.84	3.171	818
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.481	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.816	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.019	0.021	400
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.022	152
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.09	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.222	0.2	490
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.252	0.2	311
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.244	0.2	175
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.095	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.105	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.129	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.169	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.091	1.923	792
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.09	1.923	793
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.94	2.897	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.939	2.896	1201
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.73	17.943	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.501	17.125	1086

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.64-1.681	0.315	17	0.214	454	X-RAY DIFFRACTION	47.8659
1.681-1.727	0.209	26	0.194	508	X-RAY DIFFRACTION	53.9939
1.727-1.777	0.223	38		558	X-RAY DIFFRACTION	63.1356
1.777-1.831	0.256	41	0.199	680	X-RAY DIFFRACTION	76.7838
1.831-1.891	0.182	25		822	X-RAY DIFFRACTION	96.25
1.891-1.958	0.218	46		829	X-RAY DIFFRACTION	99.319
1.958-2.032	0.294	20	0.242	814	X-RAY DIFFRACTION	100
2.032-2.114	0.281	40	0.222	769	X-RAY DIFFRACTION	100
2.114-2.208	0.305	41	0.248	730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.208-2.316	0.223	35		713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.316-2.441	0.328	30	0.206	686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.441-2.589	0.345	34	0.22	655	X-RAY DIFFRACTION	99.8551
2.589-2.768	0.222	51		575	X-RAY DIFFRACTION	99.6815
2.768-2.989	0.322	26	0.212	579	X-RAY DIFFRACTION	99.6705
2.989-3.274	0.261	24	0.176	509	X-RAY DIFFRACTION	97.619
3.274-3.66	0.258	22	0.199	478	X-RAY DIFFRACTION	96.8992
3.66-4.225	0.099	15		411	X-RAY DIFFRACTION	95.7303
4.225-5.171	0.179	27	0.163	361	X-RAY DIFFRACTION	97.4874
5.171-7.299	0.31	8	0.179	285	X-RAY DIFFRACTION	95.1299
7.299-50	0.397	3	0.295	131	X-RAY DIFFRACTION	66.6667

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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