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万見
- PDB-7ktx: Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae ER membrane protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ktx
タイトルCryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae ER membrane protein complex bound to a Fab in DDM detergent
要素
  • (ER membrane protein complex subunit ...) x 6
  • Endoplasmic reticulum membrane protein complex subunit 10
  • Fab DH4 heavy chain
  • Fab DH4 light chain
  • Protein SOP4
  • Unassigned helix
キーワードMEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / ER membrane protein complex / EMC / membrane protein biogenesis / insertase / chaperone / endoplasmic / reticulum / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


EMC complex / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / protein folding in endoplasmic reticulum / phospholipid transport / autophagosome assembly / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / phospholipid metabolic process / protein transport / protein-folding chaperone binding / endoplasmic reticulum membrane ...EMC complex / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / protein folding in endoplasmic reticulum / phospholipid transport / autophagosome assembly / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / phospholipid metabolic process / protein transport / protein-folding chaperone binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
Protein Sop4 / : / Suppressor of PMA 1-7 protein / TMEM85/ER membrane protein complex subunit 4 / Protein of unknown function (DUF1077) / ER membrane protein complex subunit 6 / ER membrane protein complex subunit 3 / ER membrane protein complex subunit 1, C-terminal / Membrane magnesium transporter / ER membrane protein complex subunit 1 ...Protein Sop4 / : / Suppressor of PMA 1-7 protein / TMEM85/ER membrane protein complex subunit 4 / Protein of unknown function (DUF1077) / ER membrane protein complex subunit 6 / ER membrane protein complex subunit 3 / ER membrane protein complex subunit 1, C-terminal / Membrane magnesium transporter / ER membrane protein complex subunit 1 / ER membrane protein complex subunit 6-like / EMC6 / ER membrane protein complex subunit 1, C-terminal / Membrane magnesium transporter / ER membrane protein complex subunit 10 / ER membrane protein complex subunit 2-like / Integral membrane protein EMC3/TMCO1-like / Integral membrane protein EMC3/TMCO1-like / Integral membrane protein DUF106 / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ER membrane protein complex subunit 1 / ER membrane protein complex subunit 3 / Protein SOP4 / ER membrane protein complex subunit 5 / ER membrane protein complex subunit 2 / ER membrane protein complex subunit 4 / Endoplasmic reticulum membrane protein complex subunit 10 / ER membrane protein complex subunit 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Saccharomyces cerevisiae BY4743 (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Miller-Vedam, L.E. / Schirle Oakdale, N.S. / Braeuning, B. / Boydston, E.A. / Sevillano, N. / Popova, K.D. / Bonnar, J.L. / Shurtleff, M.J. / Prabu, J.R. / Stroud, R.M. ...Miller-Vedam, L.E. / Schirle Oakdale, N.S. / Braeuning, B. / Boydston, E.A. / Sevillano, N. / Popova, K.D. / Bonnar, J.L. / Shurtleff, M.J. / Prabu, J.R. / Stroud, R.M. / Craik, C.S. / Schulman, B.A. / Weissman, J.S. / Frost, A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/Office of the Director1DP2OD017690-01 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structural and mechanistic basis of the EMC-dependent biogenesis of distinct transmembrane clients.
著者: Lakshmi E Miller-Vedam / Bastian Bräuning / Katerina D Popova / Nicole T Schirle Oakdale / Jessica L Bonnar / Jesuraj R Prabu / Elizabeth A Boydston / Natalia Sevillano / Matthew J Shurtleff ...著者: Lakshmi E Miller-Vedam / Bastian Bräuning / Katerina D Popova / Nicole T Schirle Oakdale / Jessica L Bonnar / Jesuraj R Prabu / Elizabeth A Boydston / Natalia Sevillano / Matthew J Shurtleff / Robert M Stroud / Charles S Craik / Brenda A Schulman / Adam Frost / Jonathan S Weissman /
要旨: Membrane protein biogenesis in the endoplasmic reticulum (ER) is complex and failure-prone. The ER membrane protein complex (EMC), comprising eight conserved subunits, has emerged as a central player ...Membrane protein biogenesis in the endoplasmic reticulum (ER) is complex and failure-prone. The ER membrane protein complex (EMC), comprising eight conserved subunits, has emerged as a central player in this process. Yet, we have limited understanding of how EMC enables insertion and integrity of diverse clients, from tail-anchored to polytopic transmembrane proteins. Here, yeast and human EMC cryo-EM structures reveal conserved intricate assemblies and human-specific features associated with pathologies. Structure-based functional studies distinguish between two separable EMC activities, as an insertase regulating tail-anchored protein levels and a broader role in polytopic membrane protein biogenesis. These depend on mechanistically coupled yet spatially distinct regions including two lipid-accessible membrane cavities which confer client-specific regulation, and a non-insertase EMC function mediated by the EMC lumenal domain. Our studies illuminate the structural and mechanistic basis of EMC's multifunctionality and point to its role in differentially regulating the biogenesis of distinct client protein classes.
履歴
登録2020年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23033
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ER membrane protein complex subunit 1
B: ER membrane protein complex subunit 2
C: ER membrane protein complex subunit 3
D: ER membrane protein complex subunit 4
E: ER membrane protein complex subunit 5
F: ER membrane protein complex subunit 6
G: Protein SOP4
H: Endoplasmic reticulum membrane protein complex subunit 10
I: Fab DH4 heavy chain
J: Fab DH4 light chain
M: Unassigned helix
N: Unassigned helix
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)311,20418
ポリマ－309,87712
非ポリマー1,3276
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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ER membrane protein complex subunit ... , 6種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 1


分子量: 87272.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4743 (パン酵母)
株: BY4743 / 参照: UniProt: P25574
#2: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 2


分子量: 33893.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4743 (パン酵母)
株: BY4743 / 参照: UniProt: P47133
#3: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 3 / Altered inheritance rate of mitochondria protein 27


分子量: 28372.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4743 (パン酵母)
株: BY4743 / 参照: UniProt: P36039
#4: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 4


分子量: 21478.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4743 (パン酵母)
株: BY4743 / 参照: UniProt: P53073
#5: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 5 / Killer toxin-resistance protein 27


分子量: 20489.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4743 (パン酵母)
株: BY4743 / 参照: UniProt: P40540
#6: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 6


分子量: 12411.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4743 (パン酵母)
株: BY4743 / 参照: UniProt: Q12431

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タンパク質 , 2種, 2分子 GH

#7: タンパク質 Protein SOP4 / Suppressor of PMA1-7 protein 4


分子量: 26627.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4743 (パン酵母)
株: BY4743 / 参照: UniProt: P39543
#8: タンパク質 Endoplasmic reticulum membrane protein complex subunit 10


分子量: 22792.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4743 (パン酵母)
株: BY4743 / 参照: UniProt: Q12025

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抗体 , 2種, 2分子 IJ

#9: 抗体 Fab DH4 heavy chain


分子量: 26849.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG
#10: 抗体 Fab DH4 light chain


分子量: 25566.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG

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タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 8分子 MN

#11: タンパク質・ペプチド Unassigned helix


分子量: 2060.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4743 (パン酵母)
株: BY4743
#12: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1S. cerevisiae endoplasmic reticulum membrane protein complex (EMC) bound to Fab in DDM detergentCOMPLEX#1-#110MULTIPLE SOURCES
2endoplasmic reticulum membrane protein complexCOMPLEX#1-#8, #111NATURAL
3Fab DH4COMPLEX#9-#101RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
12Saccharomyces cerevisiae BY4743 (パン酵母)1266529BY4741
23Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株: BL21-Gold(DE3)pLysS AG
緩衝液pH: 6.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company /
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
EM imaging

加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 照射モード: FLOOD BEAM / モード: BRIGHT FIELD / Specimen-ID: 1

ID凍結剤詳細モデル試料ホルダーモデル
1NITROGENDataset 1 collected on FEI Polara at UCSF on August 22nd, 2016.FEI POLARA 300
2Dataset 2 collected on FEI Titan Krios at Janelia Research Campus on October 20th, 2016.FEI TITAN KRIOSFEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影
IDImaging-ID電子線照射量 (e/Å2)検出モードフィルム・検出器のモデル
1156.8SUPER-RESOLUTIONGATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
2258.3SUPER-RESOLUTIONGATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.18.1_3865精密化
PHENIX1.18.1_3865精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリImaging-IDImage processing-ID
2Leginon画像取得1
10SerialEM画像取得2
11RELION初期オイラー角割当1
20RELION初期オイラー角割当2
25PHENIX1.18モデル精密化
画像処理
IDImage recording-ID
11
22
CTF補正
IDEM image processing-IDタイプ
11PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
22PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成

Entry-ID: 7KTX / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 対称性のタイプ: POINT

ID粒子像の数Image processing-ID詳細
1835991These two datasets were processed independently initially. Upon selecting the best subset of data and then re-extracted and scaled to the same pixel size and combined to get to the final 4.3 A resolution maps and model.
21701862
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 167.41 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.005717690
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.988424003
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05522747
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00693021
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.07586402

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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