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- PDB-7ksb: Crystal structure on Act c 10.0101 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ksb
タイトルCrystal structure on Act c 10.0101
要素Non-specific lipid-transfer protein 1
キーワードALLERGEN / nsLTP / food allergen
機能・相同性Plant non-specific lipid-transfer protein/Par allergen / Protease inhibitor/seed storage/LTP family / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / lipid transport / lipid binding / membrane / Non-specific lipid-transfer protein 1
機能・相同性情報
生物種Actinidia chinensis var. chinensis (オニマタタビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Pote, S. / O'Malley, A. / Gawlicka-Chruszcz, A. / Giangrieco, I. / Ciardiello, M.A. / Chruszcz, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI077653 米国
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2021
タイトル: Structural Characterization of Act c 10.0101 and Pun g 1.0101-Allergens from the Non-Specific Lipid Transfer Protein Family.
著者: O'Malley, A. / Pote, S. / Giangrieco, I. / Tuppo, L. / Gawlicka-Chruszcz, A. / Kowal, K. / Ciardiello, M.A. / Chruszcz, M.
履歴
登録2020年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-specific lipid-transfer protein 1
B: Non-specific lipid-transfer protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5228
ポリマ－18,9462
非ポリマー5766
水1,49583
1
A: Non-specific lipid-transfer protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7614
ポリマ－9,4731
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Non-specific lipid-transfer protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7614
ポリマ－9,4731
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area9480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.812, 38.130, 48.414
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.860, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 92 / Label seq-ID: 1 - 92

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Non-specific lipid-transfer protein 1 / LTP1


分子量: 9472.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Actinidia chinensis var. chinensis (オニマタタビ)
参照: UniProt: P85204
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.16 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4
詳細: 0.1 M citric acid buffer, pH 4.0 with 3.0 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→40 Å / Num. obs: 10217 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4 % / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 25.1
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique obs: 497 / CC1/2: 0.904 / Rpim(I) all: 0.24 / Rrim(I) all: 0.483 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RZL

1rzl


解像度: 1.95→27.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 10.241 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2572 503 4.9 %RANDOM
Rwork0.1993 ---
obs0.2021 9707 98.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 72.19 Å2 / Biso mean: 26.802 Å2 / Biso min: 15.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.03 Å20 Å2-3.07 Å2
2---0.73 Å20 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→27.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1306 0 30 83 1419
Biso mean--54.35 31.01 -
残基数----184
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0131361
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0181309
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7841.6521846
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5691.593034
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2135186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.1812245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.5415245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.907158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2197
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021523
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02269
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2528 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 24 -
Rwork0.223 666 -
all-690 -
obs--92.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.60480.37750.03370.2798-0.3192.69060.02260.071-0.0117-0.00020.04940.00050.10140.0501-0.07190.04010.0080.04140.0724-0.00990.06035.5391.566.078
24.32980.7646-1.01790.58460.2771.8562-0.14820.013-0.2750.08190.0854-0.01680.28610.21490.06280.06790.05280.02760.0760.00860.03278.11-6.5414.638
32.2709-0.09460.92070.36850.36410.8248-0.0630.0103-0.0351-0.06650.0846-0.0104-0.09730.0754-0.02160.05-0.01930.04650.0849-0.00070.054912.10217.85316.899
43.7035-0.7755-3.23914.7741-2.06694.50780.43430.26810.3884-0.00360.12510.2036-0.4251-0.4203-0.55930.05760.01030.04420.19240.11250.121616.84225.23810.412
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 71
2X-RAY DIFFRACTION2A72 - 92
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 77
4X-RAY DIFFRACTION4B78 - 91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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