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- PDB-7ksa: Crystal structure of human CYP3A4 with the caged inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ksa
タイトルCrystal structure of human CYP3A4 with the caged inhibitor
要素Cytochrome P450 3A4
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / CYP3A4 / inhibitor / complex / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


quinine 3-monooxygenase / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase / albendazole monooxygenase (sulfoxide-forming) / quinine 3-monooxygenase activity / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase activity / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 23-hydroxylase activity / vitamin D3 25-hydroxylase activity / testosterone 6-beta-hydroxylase activity / vitamin D 24-hydroxylase activity / vitamin D catabolic process ...quinine 3-monooxygenase / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase / albendazole monooxygenase (sulfoxide-forming) / quinine 3-monooxygenase activity / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase activity / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 23-hydroxylase activity / vitamin D3 25-hydroxylase activity / testosterone 6-beta-hydroxylase activity / vitamin D 24-hydroxylase activity / vitamin D catabolic process / retinoic acid 4-hydroxylase activity / aflatoxin metabolic process / caffeine oxidase activity / estrogen 16-alpha-hydroxylase activity / estrogen 2-hydroxylase activity / lipid hydroxylation / anandamide 8,9 epoxidase activity / anandamide 11,12 epoxidase activity / anandamide 14,15 epoxidase activity / alkaloid catabolic process / Aflatoxin activation and detoxification / Biosynthesis of maresin-like SPMs / monoterpenoid metabolic process / vitamin D metabolic process / Atorvastatin ADME / oxidative demethylation / steroid catabolic process / Xenobiotics / steroid hydroxylase activity / Phase I - Functionalization of compounds / long-chain fatty acid biosynthetic process / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / estrogen metabolic process / Prednisone ADME / unspecific monooxygenase / aromatase activity / Aspirin ADME / steroid metabolic process / androgen metabolic process / xenobiotic catabolic process / steroid binding / cholesterol metabolic process / xenobiotic metabolic process / monooxygenase activity / lipid metabolic process / oxygen binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group II / Cytochrome P450, E-class, CYP3A / : / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-X8P / Cytochrome P450 3A4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Sevrioukova, I.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ES025767 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Photosensitive Ru(II) Complexes as Inhibitors of the Major Human Drug Metabolizing Enzyme CYP3A4.
著者: Toupin, N. / Steinke, S.J. / Nadella, S. / Li, A. / Rohrabaugh Jr., T.N. / Samuels, E.R. / Turro, C. / Sevrioukova, I.F. / Kodanko, J.J.
履歴
登録2020年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 3A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4273
ポリマ－55,7581
非ポリマー1,6692
水1629
1
A: Cytochrome P450 3A4
ヘテロ分子

A: Cytochrome P450 3A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,8536
ポリマ－111,5162
非ポリマー3,3384
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.570, 95.000, 121.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 3A4 / 1 / 4-cineole 2-exo-monooxygenase / 8-cineole 2-exo-monooxygenase / Albendazole monooxygenase ...1 / 4-cineole 2-exo-monooxygenase / 8-cineole 2-exo-monooxygenase / Albendazole monooxygenase (sulfoxide-forming) / Albendazole sulfoxidase / CYPIIIA3 / CYPIIIA4 / Cholesterol 25-hydroxylase / Cytochrome P450 3A3 / Cytochrome P450 HLp / Cytochrome P450 NF-25 / Cytochrome P450-PCN1 / Nifedipine oxidase / Quinine 3-monooxygenase


分子量: 55757.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP3A4, CYP3A3 / プラスミド: pcWori / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41
参照: UniProt: P08684, unspecific monooxygenase, 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase, albendazole monooxygenase (sulfoxide-forming), quinine 3-monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-X8P / (tert-butyl {1-[(1-oxo-3-phenyl-1-{[3-(pyridin-3-yl-kappaN)prop-1-en-1-yl]amino}propan-2-yl)sulfanyl]-3-phenylpropan-2-yl}carbamate)(6,6'-dimethyl-2,2'-bipyridine-kappa~2~N~1~,N~1'~)(1~2~,2~2~:2~6~,3~2~-terpyridine-kappa~3~N~1^{1~},N~2^{1~},N~3^{1~})ruthenium


分子量: 1052.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C58H62N8O3RuS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 / 詳細: PEG 3350, sodium malate

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→74.88 Å / Num. obs: 15117 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 296 / CC1/2: 0.302

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VCC

5vcc


解像度: 2.5→47.5 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2659 725 4.8 %
Rwork0.2284 --
obs0.2302 15102 98.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3548 0 114 9 3671
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093768
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9565121
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4672239
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044554
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004636
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5001-2.69310.39431430.36322841X-RAY DIFFRACTION99
2.6931-2.96410.32631450.28952858X-RAY DIFFRACTION99
2.9641-3.39290.28621400.262870X-RAY DIFFRACTION99
3.3929-4.27420.27611520.2232862X-RAY DIFFRACTION99
4.2742-47.50.24071450.20862946X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -18.4013 Å / Origin y: -23.5066 Å / Origin z: -11.6088 Å
111213212223313233
T0.4402 Å20.132 Å2-0.0356 Å2-0.5953 Å2-0.0433 Å2--0.4835 Å2
L3.2255 °20.6063 °20.7557 °2-8.0025 °20.5549 °2--3.4031 °2
S0.2126 Å °-0.1588 Å °-0.0357 Å °0.3283 Å °-0.0271 Å °0.1791 Å °0.5392 Å °0.1022 Å °-0.2013 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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