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- PDB-7kr8: Dihydrodipicolinate synthase (DHDPS) from C.jejuni, H56A mutant w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kr8
タイトルDihydrodipicolinate synthase (DHDPS) from C.jejuni, H56A mutant with pyruvate bound in the active site
要素4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
キーワードLYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytosol
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Saran, S. / Sanders, D.A.R.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: ALLOSTERIC SITE RESIDUE 'H56' CAPS THE INHIBITOR AT THE TIGHT DIMER INTERFACE FOR TRANSMITTING THE ALLOSTERIC INHIBITION SIGNALS IN Cj.DHDPS
著者: Saran, S. / Skovpen, Y. / Yazdi, M.M. / Palmer, D.R.J. / Sanders, D.A.R.
履歴
登録2020年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
E: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
F: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,67545
ポリマ－204,7096
非ポリマー2,96639
水18,0871004
1
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,13713
ポリマ－68,2362
非ポリマー90011
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area22060 Å2
手法PISA
2
C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
E: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,05015
ポリマ－68,2362
非ポリマー81413
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5400 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area21920 Å2
手法PISA
3
D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
F: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,48917
ポリマ－68,2362
非ポリマー1,25215
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area22140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.930, 231.650, 200.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 through 20 or (resid 21...
21(chain B and (resid 3 through 20 or (resid 21...
31(chain C and (resid 3 through 20 or (resid 21...
41(chain D and (resid 3 through 70 or (resid 71...
51(chain E and (resid 3 through 20 or (resid 21...
61(chain F and (resid 3 through 31 or (resid 32...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSGLYGLY(chain A and (resid 3 through 20 or (resid 21...AA3 - 2015 - 32
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 3 through 20 or (resid 21...AA2133
13ASPASPPHEPHE(chain A and (resid 3 through 20 or (resid 21...AA2 - 29814 - 310
14ASPASPPHEPHE(chain A and (resid 3 through 20 or (resid 21...AA2 - 29814 - 310
15ASPASPPHEPHE(chain A and (resid 3 through 20 or (resid 21...AA2 - 29814 - 310
21LYSLYSGLYGLY(chain B and (resid 3 through 20 or (resid 21...BB3 - 2015 - 32
22LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 3 through 20 or (resid 21...BB2133
23LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 3 through 20 or (resid 21...BB3 - 29815 - 310
24LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 3 through 20 or (resid 21...BB3 - 29815 - 310
25LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 3 through 20 or (resid 21...BB3 - 29815 - 310
26LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 3 through 20 or (resid 21...BB3 - 29815 - 310
31LYSLYSGLYGLY(chain C and (resid 3 through 20 or (resid 21...CC3 - 2015 - 32
32LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 3 through 20 or (resid 21...CC2133
33LYSLYSPHEPHE(chain C and (resid 3 through 20 or (resid 21...CC3 - 29815 - 310
34LYSLYSPHEPHE(chain C and (resid 3 through 20 or (resid 21...CC3 - 29815 - 310
35LYSLYSPHEPHE(chain C and (resid 3 through 20 or (resid 21...CC3 - 29815 - 310
36LYSLYSPHEPHE(chain C and (resid 3 through 20 or (resid 21...CC3 - 29815 - 310
41LYSLYSCYSCYS(chain D and (resid 3 through 70 or (resid 71...DD3 - 7015 - 82
42LYSLYSLYSLYS(chain D and (resid 3 through 70 or (resid 71...DD7183
43LYSLYSPHEPHE(chain D and (resid 3 through 70 or (resid 71...DD3 - 29815 - 310
44LYSLYSPHEPHE(chain D and (resid 3 through 70 or (resid 71...DD3 - 29815 - 310
45LYSLYSPHEPHE(chain D and (resid 3 through 70 or (resid 71...DD3 - 29815 - 310
46LYSLYSPHEPHE(chain D and (resid 3 through 70 or (resid 71...DD3 - 29815 - 310
51LYSLYSGLYGLY(chain E and (resid 3 through 20 or (resid 21...EE3 - 2015 - 32
52LYSLYSLYSLYS(chain E and (resid 3 through 20 or (resid 21...EE2133
53LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 3 through 20 or (resid 21...EE3 - 29815 - 310
61LYSLYSILEILE(chain F and (resid 3 through 31 or (resid 32...FF3 - 3115 - 43
62LYSLYSLYSLYS(chain F and (resid 3 through 31 or (resid 32...FF3244
63LYSLYSPHEPHE(chain F and (resid 3 through 31 or (resid 32...FF3 - 29815 - 310
64LYSLYSPHEPHE(chain F and (resid 3 through 31 or (resid 32...FF3 - 29815 - 310
65LYSLYSPHEPHE(chain F and (resid 3 through 31 or (resid 32...FF3 - 29815 - 310

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / HTPA synthase


分子量: 34118.191 Da / 分子数: 6 / 変異: H56A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) (カンピロバクター)
株: ATCC 700819 / NCTC 11168 / 遺伝子: dapA, Cj0806 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9PPB4, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

-
非ポリマー , 6種, 1043分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1004 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.85 %
結晶化温度: 288.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.4
詳細: 0.3 M Magnesium acetate, 12 % PEG 8000, 0.1 M Sodium acetate (pH 7.4)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月1日
放射モノクロメーター: Double beam / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→43.74 Å / Num. obs: 111734 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.14
反射 シェル解像度: 2.12→2.196 Å / Rmerge(I) obs: 0.866 / Num. unique obs: 11025 / % possible all: 99.93

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LY8

4ly8


解像度: 2.12→43.74 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2091 5587 5 %
Rwork0.1734 106132 -
obs0.1752 111719 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 131.8 Å2 / Biso mean: 33.7368 Å2 / Biso min: 18.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.12→43.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13564 0 191 1004 14759
Biso mean--59.68 39.67 -
残基数----1777
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5322X-RAY DIFFRACTION6.019TORSIONAL
12B5322X-RAY DIFFRACTION6.019TORSIONAL
13C5322X-RAY DIFFRACTION6.019TORSIONAL
14D5322X-RAY DIFFRACTION6.019TORSIONAL
15E5322X-RAY DIFFRACTION6.019TORSIONAL
16F5322X-RAY DIFFRACTION6.019TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.12-2.140.27211820.24823462
2.14-2.170.27731850.23273519
2.17-2.20.28631840.22983493
2.2-2.220.27821850.22313499
2.22-2.250.26621840.21273502
2.25-2.280.25771860.21013538
2.28-2.320.23981840.20363491
2.32-2.350.28271850.19463523
2.35-2.390.25371840.19883498
2.39-2.430.23031860.19193523
2.43-2.470.24191850.1933511
2.47-2.510.22411840.18443514
2.51-2.560.24311850.17713515
2.56-2.610.21941860.17673529
2.61-2.670.22251850.17613516
2.67-2.730.20511860.17443522
2.73-2.80.21741850.17013521
2.8-2.880.22981850.18173518
2.88-2.960.22211860.1883523
2.96-3.060.22591860.1913542
3.06-3.170.21631860.17933534
3.17-3.290.20881860.18313536
3.29-3.440.22991870.18423548
3.44-3.620.21551880.17663569
3.62-3.850.18061870.15483563
3.85-4.150.17781860.1453539
4.15-4.570.15391900.13693593
4.57-5.230.16891890.14573598
5.23-6.580.17761910.17253635
6.58-100.19541990.15363758
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1379-0.1972-0.02651.2187-0.08721.23340.0007-0.14770.17570.0197-0.0218-0.0367-0.17330.11620.00670.28820.0223-0.01630.2721-0.00330.186519.768933.2266-26.5462
20.9561-0.1234-0.52890.8016-0.16491.2983-0.0689-0.15380.21630.1942-0.1062-0.2418-0.0240.19110.00460.346-0.0137-0.05440.2781-0.01480.258120.52137.2347-25.3918
31.63011.1505-1.49591.116-1.47935.5-0.2558-0.0916-0.11120.0847-0.314-0.35190.17540.60620.02540.29460.0162-0.03480.35370.02860.327329.125532.4196-25.641
40.3913-0.2628-0.23481.55111.86433.4190.0349-0.09790.09260.08690.118-0.2924-0.14610.333-0.03410.2781-0.0004-0.03270.29480.01060.266725.05622.9243-28.6395
50.8839-0.2132-0.02220.7576-0.06630.959-0.0494-0.0723-0.05610.03080.0165-0.0939-0.0729-0.02580.03150.25260.01320.00530.22840.00550.219414.498717.3526-34.0307
60.73890.26570.19050.88180.24350.428-0.0711-0.1124-0.0490.11010.01970.0278-0.00060.00520.02530.28680.02850.00760.2636-0.00370.20593.156925.0287-27.2354
71.03460.1219-0.04491.2414-0.49611.6193-0.1576-0.30410.19520.2957-0.0020.1553-0.153-0.0333-0.01380.37010.0755-0.00510.3226-0.03270.2550.304736.3248-22.6948
80.6443-0.5598-0.76970.77360.29161.1648-0.0635-0.16340.13460.10520.0655-0.0165-0.170.2233-0.01150.3516-0.0323-0.04860.2352-0.0130.245916.78545.2485-36.5405
91.5196-0.12520.30961.2105-0.17312.4582-0.156-0.13070.417-0.1136-0.17640.039-0.6778-0.17550.00020.45930.0666-0.03590.2846-0.0350.34297.118450.3153-31.2609
100.8079-0.0292-0.18550.81960.10910.97980.00250.0838-0.0848-0.01460.0447-0.19040.04840.13160.05250.2478-0.01480.04390.3156-0.02110.28329.419716.8193-61.2046
111.3161-0.0594-1.03251.33670.03565.1155-0.0474-0.43560.14930.165-0.1263-0.2906-0.23540.9215-0.010.2505-0.06380.03270.4669-0.00610.393237.158120.6189-57.161
120.9288-0.1758-0.62741.3720.26181.2991-0.09780.11010.09920.00630.0869-0.1899-0.12390.1772-0.00210.2748-0.0526-0.03360.3130.01190.251427.244333.43-54.8653
130.3766-0.05050.19240.66970.04230.7374-0.08420.06330.0072-0.05370.0425-0.0809-0.15080.07370.02360.2745-0.04510.020.2630.0070.211716.207631.6263-64.1427
141.02990.1679-0.1020.9069-0.29871.3488-0.00950.2654-0.0559-0.13890.0958-0.0372-0.09110.06720.01180.2685-0.03360.03790.3123-0.04540.243213.639916.5208-73.6655
150.0752-0.1117-0.00880.66630.74821.9076-0.03520.0171-0.17350.1117-0.07510.06740.20220.05760.03460.23980.01610.0430.2311-0.01250.269418.56315.6499-57.508
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250.3621-0.04250.23350.9038-0.25050.3959-0.04280.0169-0.0739-0.03050.0798-0.0128-0.0230.01050.01240.211-0.00140.02380.2292-0.03970.221720.86772.6411-95.5054
260.6125-0.0567-0.25170.88620.4381.10950.0477-0.004-0.2864-0.02840.02830.15760.009-0.10770.01770.2217-0.00060.00270.2437-0.01320.301615.217459.6619-86.5766
270.27130.4402-0.12521.04110.23630.48770.1375-0.0238-0.010.4579-0.0571-0.14020.17240.00590.01420.3040.0268-0.04270.2351-0.02780.254626.214669.4858-68.6937
281.4183-0.5258-0.11371.93080.75191.0547-0.0812-0.247-0.12250.5840.08040.31660.3046-0.030.07260.3435-0.00070.02680.28850.01740.239817.616560.9637-69.0241
290.54670.0173-0.06561.39540.26680.8770.0946-0.02760.09720.0808-0.13940.43160.0731-0.1956-0.0210.2063-0.0110.04940.2951-0.08350.3367-19.7136100.6474-70.9362
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320.83550.2343-0.10213.18750.12160.46730.0059-0.32730.150.37950.0163-0.01440.002-0.0444-0.01450.23930.02160.00250.3062-0.05170.23612.4419104.137-62.7595
330.30630.1884-0.11291.54580.59791.11950.1078-0.18880.07920.4143-0.14570.17820.41230.0675-0.0150.3744-0.04050.08850.309-0.0230.2501-10.41988.8749-61.8369
340.79490.0637-0.38841.21830.02141.21210.12310.01140.0078-0.10140.1352-0.277-0.18040.066-0.01780.229-0.01930.01430.2888-0.08390.322335.1567104.9978-77.4721
350.7324-0.6010.20991.46590.39071.06380.05930.01240.1133-0.1120.057-0.4045-0.07820.2237-0.01580.2438-0.05750.03910.3152-0.07250.353736.4672107.6672-79.3033
361.4049-0.4516-0.43111.54830.11941.84040.0225-0.4286-0.32560.44480.1468-0.37670.39660.5406-0.06540.27070.0015-0.05280.4313-0.12680.491443.8912102.6901-75.0865
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390.4680.0931-0.06740.708-0.00780.3164-0.0283-0.07190.1048-0.03860.03220.03380.00360.0464-0.00920.2085-0.01890.01790.2277-0.05270.241418.2512108.0508-70.7653
401.1554-0.1528-0.64481.36941.09522.30890.06360.05490.1141-0.2051-0.25310.0969-0.2968-0.1514-0.00590.2565-0.02560.01050.2529-0.03080.311615.3764112.9497-81.5343
410.095-0.36180.07111.33450.13510.6307-0.0316-0.0956-0.0699-0.23420.2006-0.2358-0.17980.0599-0.00130.2824-0.04060.07490.2992-0.05060.306331.6997103.2208-91.9892
421.08050.18140.13711.95531.04711.4843-0.02220.14560.138-0.33770.1143-0.03080.02650.1130.04570.4001-0.03850.05220.34070.00330.358824.2051112.5619-94.0131
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 23 )A2 - 23
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 24 through 55 )A24 - 55
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 56 through 70 )A56 - 70
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 71 through 98 )A71 - 98
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 99 through 171 )A99 - 171
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 172 through 214 )A172 - 214
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 215 through 248 )A215 - 248
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 249 through 279 )A249 - 279
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 280 through 298 )A280 - 298
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 3 through 55 )B3 - 55
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 56 through 70 )B56 - 70
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 71 through 129 )B71 - 129
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 130 through 214 )B130 - 214
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 215 through 248 )B215 - 248
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 249 through 298 )B249 - 298
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 3 through 55 )C3 - 55
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 56 through 148 )C56 - 148
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 149 through 226 )C149 - 226
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 227 through 248 )C227 - 248
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 249 through 298 )C249 - 298
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 3 through 55 )D3 - 55
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 56 through 70 )D56 - 70
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 71 through 98 )D71 - 98
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 99 through 148 )D99 - 148
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 149 through 214 )D149 - 214
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 215 through 248 )D215 - 248
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 249 through 279 )D249 - 279
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 280 through 298 )D280 - 298
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 3 through 70 )E3 - 70
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 71 through 148 )E71 - 148
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 149 through 226 )E149 - 226
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 227 through 248 )E227 - 248
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 249 through 298 )E249 - 298
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 3 through 23 )F3 - 23
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 24 through 55 )F24 - 55
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 56 through 70 )F56 - 70
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 71 through 148 )F71 - 148
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 149 through 171 )F149 - 171
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 172 through 229 )F172 - 229
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'F' and (resid 230 through 248 )F230 - 248
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'F' and (resid 249 through 279 )F249 - 279
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'F' and (resid 280 through 298 )F280 - 298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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