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- PDB-7ko1: Dihydrodipicolinate synthase (DHDPS) from C.jejuni, E88D mutant w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ko1
タイトルDihydrodipicolinate synthase (DHDPS) from C.jejuni, E88D mutant with pyruvate bound in the active site
要素4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
キーワードLYASE / Dihydrodipicolinate synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytosol
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Saran, S. / Majdi Yazdi, M. / Sanders, D.A.R.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: THE ALLOSTERIC SITE RESIDUE, E88 INTERACTS WITH THE INHIBITORS TO TRANSMIT THE ALLOSTERIC INHIBITION SIGNALS IN Cj.DHDPS BY FORMING A HYDROGEN BOND.
著者: Saran, S. / Majdi Yazdi, M. / Chung, I. / Sanders, D.A.R.
履歴
登録2020年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
E: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
F: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,58229
ポリマ－205,0276
非ポリマー1,55423
水10,106561
1
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7758
ポリマ－68,3422
非ポリマー4326
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3860 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area21780 Å2
手法PISA
2
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,89610
ポリマ－68,3422
非ポリマー5538
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4420 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area21600 Å2
手法PISA
3
E: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
F: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,91111
ポリマ－68,3422
非ポリマー5689
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area21690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.160, 232.650, 201.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 through 230 or (resid 231...
21(chain B and (resid 3 through 293 or (resid 294...
31(chain C and (resid 3 through 230 or (resid 231...
41(chain D and (resid 3 through 165 or (resid 166...
51(chain E and (resid 3 through 230 or (resid 231...
61(chain F and (resid 3 through 165 or (resid 166...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSTYRTYR(chain A and (resid 3 through 230 or (resid 231...AA3 - 23015 - 242
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 3 through 230 or (resid 231...AA231243
13LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 3 through 230 or (resid 231...AA3 - 29815 - 310
14LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 3 through 230 or (resid 231...AA3 - 29815 - 310
15LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 3 through 230 or (resid 231...AA3 - 29815 - 310
16LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 3 through 230 or (resid 231...AA3 - 29815 - 310
21LYSLYSTYRTYR(chain B and (resid 3 through 293 or (resid 294...BB3 - 29315 - 305
22LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 3 through 293 or (resid 294...BB294306
23LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 3 through 293 or (resid 294...BB3 - 29815 - 310
24LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 3 through 293 or (resid 294...BB3 - 29815 - 310
25LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 3 through 293 or (resid 294...BB3 - 29815 - 310
26LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 3 through 293 or (resid 294...BB3 - 29815 - 310
31LYSLYSTYRTYR(chain C and (resid 3 through 230 or (resid 231...CC3 - 23015 - 242
32LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 3 through 230 or (resid 231...CC231243
33LYSLYSPHEPHE(chain C and (resid 3 through 230 or (resid 231...CC3 - 29815 - 310
34LYSLYSPHEPHE(chain C and (resid 3 through 230 or (resid 231...CC3 - 29815 - 310
35LYSLYSPHEPHE(chain C and (resid 3 through 230 or (resid 231...CC3 - 29815 - 310
36LYSLYSPHEPHE(chain C and (resid 3 through 230 or (resid 231...CC3 - 29815 - 310
41LYSLYSVALVAL(chain D and (resid 3 through 165 or (resid 166...DD3 - 16515 - 177
42KPIKPIKPIKPI(chain D and (resid 3 through 165 or (resid 166...DD166178
43ASPASPPHEPHE(chain D and (resid 3 through 165 or (resid 166...DD2 - 29814 - 310
44ASPASPPHEPHE(chain D and (resid 3 through 165 or (resid 166...DD2 - 29814 - 310
45ASPASPPHEPHE(chain D and (resid 3 through 165 or (resid 166...DD2 - 29814 - 310
46ASPASPPHEPHE(chain D and (resid 3 through 165 or (resid 166...DD2 - 29814 - 310
47ASPASPPHEPHE(chain D and (resid 3 through 165 or (resid 166...DD2 - 29814 - 310
48ASPASPPHEPHE(chain D and (resid 3 through 165 or (resid 166...DD2 - 29814 - 310
49ASPASPPHEPHE(chain D and (resid 3 through 165 or (resid 166...DD2 - 29814 - 310
410ASPASPPHEPHE(chain D and (resid 3 through 165 or (resid 166...DD2 - 29814 - 310
411ASPASPPHEPHE(chain D and (resid 3 through 165 or (resid 166...DD2 - 29814 - 310
412ASPASPPHEPHE(chain D and (resid 3 through 165 or (resid 166...DD2 - 29814 - 310
413ASPASPPHEPHE(chain D and (resid 3 through 165 or (resid 166...DD2 - 29814 - 310
51LYSLYSTYRTYR(chain E and (resid 3 through 230 or (resid 231...EE3 - 23015 - 242
52LYSLYSLYSLYS(chain E and (resid 3 through 230 or (resid 231...EE231243
53LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 3 through 230 or (resid 231...EE3 - 29815 - 310
54LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 3 through 230 or (resid 231...EE3 - 29815 - 310
55LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 3 through 230 or (resid 231...EE3 - 29815 - 310
56LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 3 through 230 or (resid 231...EE3 - 29815 - 310
61LYSLYSVALVAL(chain F and (resid 3 through 165 or (resid 166...FF3 - 16515 - 177
62KPIKPIKPIKPI(chain F and (resid 3 through 165 or (resid 166...FF166178
63LYSLYSPHEPHE(chain F and (resid 3 through 165 or (resid 166...FF3 - 29815 - 310
64LYSLYSPHEPHE(chain F and (resid 3 through 165 or (resid 166...FF3 - 29815 - 310
65LYSLYSPHEPHE(chain F and (resid 3 through 165 or (resid 166...FF3 - 29815 - 310
66LYSLYSPHEPHE(chain F and (resid 3 through 165 or (resid 166...FF3 - 29815 - 310
67LYSLYSPHEPHE(chain F and (resid 3 through 165 or (resid 166...FF3 - 29815 - 310
68LYSLYSPHEPHE(chain F and (resid 3 through 165 or (resid 166...FF3 - 29815 - 310
69LYSLYSPHEPHE(chain F and (resid 3 through 165 or (resid 166...FF3 - 29815 - 310
610LYSLYSPHEPHE(chain F and (resid 3 through 165 or (resid 166...FF3 - 29815 - 310
611LYSLYSPHEPHE(chain F and (resid 3 through 165 or (resid 166...FF3 - 29815 - 310
612LYSLYSPHEPHE(chain F and (resid 3 through 165 or (resid 166...FF3 - 29815 - 310
613LYSLYSPHEPHE(chain F and (resid 3 through 165 or (resid 166...FF3 - 29815 - 310
614LYSLYSPHEPHE(chain F and (resid 3 through 165 or (resid 166...FF3 - 29815 - 310
615LYSLYSPHEPHE(chain F and (resid 3 through 165 or (resid 166...FF3 - 29815 - 310

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / HTPA synthase


分子量: 34171.234 Da / 分子数: 6 / 変異: E88D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) (カンピロバクター)
株: ATCC 700819 / NCTC 11168 / 遺伝子: dapA, Cj0806 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9PPB4, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

-
非ポリマー , 6種, 584分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 561 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.56 %
結晶化温度: 288.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.4
詳細: 0.3 M Magnesium acetate, 10 % PEG 8000, 0.1 M Sodium acetate (pH 7.4)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月25日
放射モノクロメーター: double beam / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→44 Å / Num. obs: 68720 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 15 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 18.31
反射 シェル解像度: 2.5→2.589 Å / Rmerge(I) obs: 0.675 / Num. unique obs: 6214 / % possible all: 89.98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LY8

4ly8


解像度: 2.5→44 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2214 3434 5 %
Rwork0.1789 65273 -
obs0.181 68707 98.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 95.74 Å2 / Biso mean: 37.2507 Å2 / Biso min: 19.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13618 0 98 561 14277
Biso mean--46.85 37.29 -
残基数----1777
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5358X-RAY DIFFRACTION2.096TORSIONAL
12B5358X-RAY DIFFRACTION2.096TORSIONAL
13C5358X-RAY DIFFRACTION2.096TORSIONAL
14D5358X-RAY DIFFRACTION2.096TORSIONAL
15E5358X-RAY DIFFRACTION2.096TORSIONAL
16F5358X-RAY DIFFRACTION2.096TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5-2.530.30681150.2348219083
2.53-2.570.27031270.2144242093
2.57-2.610.27511360.2043257698
2.61-2.650.27511360.2057258699
2.65-2.690.23461370.1998260899
2.69-2.740.27421370.2008260599
2.74-2.790.2971360.205257399
2.79-2.840.27611380.1988262199
2.84-2.90.28171360.20752595100
2.9-2.960.25861380.2016262699
2.96-3.030.26981390.21892642100
3.03-3.110.2871360.2109258099
3.11-3.190.28051390.20542628100
3.19-3.290.26621380.2063263399
3.29-3.390.24421380.20082621100
3.39-3.510.25971390.19382631100
3.51-3.650.22561390.18412639100
3.65-3.820.19941390.17572646100
3.82-4.020.19841390.16112648100
4.02-4.270.17661400.15262658100
4.27-4.60.16571390.14492639100
4.6-5.070.17941410.14732681100
5.07-5.80.19531410.16622684100
5.8-7.30.20591440.16622721100
7.3-100.1461470.14382822100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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