PDB-7kq2: 1.98 A resolution crystal structure of Group A Streptococcus H111...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kq2

タイトル

1.98 A resolution crystal structure of Group A Streptococcus H111A HupZ-V5-His6

要素

HupZ

キーワード

OXIDOREDUCTASE / heme degradation / heme binding protein / enzyme

機能・相同性

Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase, putative / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / FMN-binding split barrel / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase N-terminal domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.981 Å

データ登録者

Traore, E. / Li, J. / Liu, A.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01CA247379	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM108988	米国

引用

ジャーナル: Molecules / 年: 2021
タイトル: Heme Binding to HupZ with a C-Terminal Tag from Group A Streptococcus.
著者: Traore, E.S. / Li, J. / Chiura, T. / Geng, J. / Sachla, A.J. / Yoshimoto, F. / Eichenbaum, Z. / Davis, I. / Mak, P.J. / Liu, A.

履歴

登録	2020年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kq2.cif.gz	66.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kq2.ent.gz	46.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kq2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7kq2_validation.pdf.gz	450.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7kq2_full_validation.pdf.gz	451 KB	表示
XML形式データ	7kq2_validation.xml.gz	12.3 KB	表示
CIF形式データ	7kq2_validation.cif.gz	16.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/7kq2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/7kq2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7kpzC 5escS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4knp-d 6mjn-2 1ldf-d 4xx2-2 6ebd-1 6eb4-2 3llk-1 6gt5-2 1ni6-3 1j1l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HupZ

B: HupZ

ヘテロ分子

37.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, DIMER

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.898, 54.898, 333.279
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	HupZ / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase 分子量: 18435.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptococcus sp. (バクテリア) / 遺伝子: MGAS10270_SPY0711 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9A0B9*PLUS, pyridoxal 5'-phosphate synthase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 37 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.4 詳細: 5 mg/mL protein, 0.1 M citric acid, 1.3 M ammonium sulfate, pH 3.4 PH範囲: 3-4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月15日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97946 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 22490 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 29.4 % / B_iso Wilson estimate: 30.44 Å² / R_merge(I) obs: 0.171 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.174 / Χ²: 1.024 / Net I/σ(I): 3.6 / Num. measured all: 661695

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.97-2	32	0.972	1058	0.906	0.17	0.987	0.492	100
2-2.04	30.8	0.926	1101	0.925	0.164	0.941	0.516	100
2.04-2.08	30.3	0.794	1072	0.92	0.143	0.807	0.955	100
2.08-2.12	30	0.761	1097	0.953	0.137	0.774	0.557	99.8
2.12-2.17	27.4	0.568	1090	0.954	0.108	0.579	0.589	99.9
2.17-2.22	29.5	0.53	1069	0.967	0.098	0.539	0.631	100
2.22-2.27	29.3	0.768	1113	0.927	0.139	0.781	3.591	100
2.27-2.34	31.7	0.429	1066	0.982	0.077	0.436	0.638	100
2.34-2.4	31	0.363	1115	0.983	0.066	0.37	0.691	100
2.4-2.48	30.5	0.334	1107	0.986	0.061	0.34	0.693	100
2.48-2.57	30.2	0.302	1098	0.986	0.056	0.308	0.752	100
2.57-2.67	29.8	0.28	1108	0.989	0.051	0.285	0.844	100
2.67-2.8	26.6	0.233	1119	0.988	0.046	0.237	0.861	99.7
2.8-2.94	29.2	0.195	1099	0.991	0.037	0.198	0.936	100
2.94-3.13	30.4	0.167	1133	0.995	0.031	0.17	1.064	100
3.13-3.37	29.6	0.147	1151	0.996	0.028	0.149	1.163	100
3.37-3.71	28.4	0.175	1149	0.993	0.033	0.178	2.059	100
3.71-4.24	24.6	0.123	1168	0.997	0.025	0.125	1.545	99.7
4.24-5.35	29.9	0.098	1209	0.998	0.018	0.1	1.035	100
5.35-50	28.1	0.084	1368	0.998	0.016	0.086	0.968	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.9	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5ESC

5esc

解像度: 1.981→38.706 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.5 / 位相誤差: 21.96 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2281	2000	9.36 %
R_work	0.1931	19373	-
obs	0.1965	21373	96.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.74 Å² / B_iso mean: 34.8667 Å² / B_iso min: 19.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.981→38.706 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1893	0	42	119	2054
B_iso mean	-	-	48.51	38.24	-
残基数	-	-	-	-	238

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1968
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.031	2653
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	284
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	343
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.933	745

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.981-2.0305	0.2993	134	0.2294	1304	94
2.0305-2.0854	0.295	132	0.2234	1278	94
2.0854-2.1467	0.2295	135	0.2119	1313	95
2.1467-2.216	0.2172	140	0.2013	1347	97
2.216-2.2952	0.3315	127	0.2644	1221	87
2.2952-2.3871	0.2732	142	0.1965	1375	98
2.3871-2.4957	0.2551	141	0.2124	1369	98
2.4957-2.6272	0.3374	140	0.2065	1360	98
2.6272-2.7918	0.2709	144	0.217	1400	99
2.7918-3.0073	0.2493	145	0.204	1400	99
3.0073-3.3098	0.2206	147	0.1883	1429	99
3.3098-3.7884	0.1996	150	0.1668	1444	99
3.7884-4.7715	0.1729	154	0.1543	1497	99
4.7715-38.706	0.2072	169	0.2027	1636	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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