[日本語] English
万見
- PDB-7kpf: NME2 bound to myristoyl-CoA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kpf
タイトルNME2 bound to myristoyl-CoA
要素Nucleoside diphosphate kinase B
キーワードTRANSFERASE / NDPK / nucleoside diphosphate kinase / NME2 / myristoyl-CoA
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermis development / nucleoside triphosphate biosynthetic process / Ribavirin ADME / G-quadruplex DNA binding / nucleoside-diphosphate kinase / positive regulation of keratinocyte differentiation / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / Azathioprine ADME ...regulation of epidermis development / nucleoside triphosphate biosynthetic process / Ribavirin ADME / G-quadruplex DNA binding / nucleoside-diphosphate kinase / positive regulation of keratinocyte differentiation / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / Azathioprine ADME / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / ruffle / positive regulation of epithelial cell proliferation / integrin-mediated signaling pathway / cell periphery / GDP binding / lamellipodium / secretory granule lumen / regulation of apoptotic process / ficolin-1-rich granule lumen / transcription coactivator activity / cell adhesion / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRADECANOYL-COA / Nucleoside diphosphate kinase B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Price, I.R. / Lin, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM086703-07 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A Chemical Proteomic Approach reveals the regulation of NME1/2 and cancer metastasis by Long-Chain Fatty Acyl Coenzyme A
著者: Zhang, S. / Nelson, O.D. / Price, I.R. / Zhu, C. / Fernandez, I.R. / Lu, X. / Weiss, R.S. / Lin, H.
履歴
登録2020年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年10月18日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nucleoside diphosphate kinase B
B: Nucleoside diphosphate kinase B
C: Nucleoside diphosphate kinase B
D: Nucleoside diphosphate kinase B
E: Nucleoside diphosphate kinase B
F: Nucleoside diphosphate kinase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,14017
ポリマ－103,9446
非ポリマー3,19611
水3,855214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Also supported by other crystal structures.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17390 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area35020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.727, 107.515, 115.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Nucleoside diphosphate kinase B / NDP kinase B / C-myc purine-binding transcription factor PUF / Histidine protein kinase NDKB / nm23-H2


分子量: 17324.055 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NME2, NM23B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P22392, nucleoside-diphosphate kinase, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-MYA / TETRADECANOYL-COA / MYRISTOYL-COA / ミリストイルCoA


分子量: 977.890 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H62N7O17P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.78 % / 解説: rod
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: The 2 mM NME2 protein (in 30 mM HEPES pH 8, 1 mM EDTA, 1 mM DTT) was mixed at a 1:1.1 ratio with 2 mM myristoyl-CoA in water and incubated on ice for 15 min. crystallized by vapor diffusion ...詳細: The 2 mM NME2 protein (in 30 mM HEPES pH 8, 1 mM EDTA, 1 mM DTT) was mixed at a 1:1.1 ratio with 2 mM myristoyl-CoA in water and incubated on ice for 15 min. crystallized by vapor diffusion at 20 degrees C with a well solution of 10% PEG-4000, 100 mM MgCl2, 100 mM HEPES pH 7.5 and a protein-to-well drop ratio of 1:1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→115.08 Å / Num. obs: 52327 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 13.2 / Num. measured all: 375490 / Scaling rejects: 104
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. measured allNum. unique obsCC1/2% possible allRmerge(I) obsRpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
2.18-2.256.51382621390.59747.6
9.26-115.086.249818050.99896.80.030.0130.03346.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13-2998-0000精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BBF

3bbf


解像度: 2.23→78.56 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2291 --
Rwork0.1901 --
obs-49376 96.15 %
原子変位パラメータBiso max: 165.81 Å2 / Biso mean: 59.0708 Å2 / Biso min: 21.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→78.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6965 0 114 214 7293

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る