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- PDB-7kpb: Human TNF-alpha TNFR1 complex bound to conformationally selective... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kpb
タイトルHuman TNF-alpha TNFR1 complex bound to conformationally selective antibody
要素
  • (Tumor necrosis ...) x 2
  • Fab1974 - Heavy Chain
  • Fab1974 - Light Chain
キーワードCYTOKINE/Immune System / Tumour necrosis factor alpha / TNF / asymmetric / protein-protein inhibitor / CYTOKINE / Fragment antibody / Fab / CYTOKINE-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of amide metabolic process / tumor necrosis factor receptor superfamily complex / pulmonary valve development / negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of neutrophil activation / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of fractalkine production ...positive regulation of amide metabolic process / tumor necrosis factor receptor superfamily complex / pulmonary valve development / negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of neutrophil activation / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of fractalkine production / positive regulation of blood microparticle formation / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of lipid metabolic process / aortic valve development / tumor necrosis factor receptor activity / positive regulation of protein transport / positive regulation of leukocyte adhesion to arterial endothelial cell / positive regulation of vitamin D biosynthetic process / response to 3,3',5-triiodo-L-thyronine / response to macrophage colony-stimulating factor / negative regulation of extracellular matrix constituent secretion / positive regulation of translational initiation by iron / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / regulation of membrane lipid metabolic process / regulation of endothelial cell apoptotic process / chronic inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis / negative regulation of protein-containing complex disassembly / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of hair follicle development / response to gold nanoparticle / negative regulation of myelination / TNFs bind their physiological receptors / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of cytokine production involved in immune response / negative regulation of amyloid-beta clearance / tumor necrosis factor binding / positive regulation of interleukin-18 production / inflammatory response to wounding / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / death receptor agonist activity / positive regulation of action potential / TNF signaling / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / toll-like receptor 3 signaling pathway / embryonic digestive tract development / negative regulation of D-glucose import / vascular endothelial growth factor production / leukocyte migration involved in inflammatory response / positive regulation of fever generation / response to fructose / positive regulation of neuroinflammatory response / necroptotic signaling pathway / positive regulation of synoviocyte proliferation / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of mononuclear cell migration / positive regulation of hepatocyte proliferation / negative regulation of myoblast differentiation / positive regulation of protein-containing complex disassembly / regulation of establishment of endothelial barrier / endothelial cell apoptotic process / negative regulation of oxidative phosphorylation / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / cellular response to toxic substance / positive regulation of protein localization to cell surface / positive regulation of osteoclast differentiation / macrophage activation involved in immune response / tumor necrosis factor receptor binding / negative regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / regulation of immunoglobulin production / TNFR1-mediated ceramide production / positive regulation of programmed cell death / negative regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of podosome assembly / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / response to L-glutamate / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of fat cell differentiation / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / TNFR1-induced proapoptotic signaling / negative regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of reactive oxygen species metabolic process / regulation of metabolic process / positive regulation of DNA biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / negative regulation of heart rate / positive regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of viral genome replication / response to isolation stress / regulation of synapse organization / negative regulation of fat cell differentiation / negative regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of JUN kinase activity / Interleukin-10 signaling
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 1A / Tumor necrosis factor receptor 1A, N-terminal / Tumor necrosis factor receptor 1A, death domain / : / Tumour necrosis factor alpha / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family ...Tumour necrosis factor receptor 1A / Tumor necrosis factor receptor 1A, N-terminal / Tumor necrosis factor receptor 1A, death domain / : / Tumour necrosis factor alpha / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-D84 / Tumor necrosis factor / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Fox III, D. / Conrady, D.G. / Lowe, M. / Ceska, T.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: A conformation-selective monoclonal antibody against a small molecule-stabilised signalling-deficient form of TNF
著者: Lightwood, D.J. / Munro, R.J. / Porter, J. / McMillan, D. / Carrington, B. / Turner, A. / Scott-Tucker, A. / Hickford, E.S. / Schmidt, A. / Fox III, D. / Maloney, A. / Ceska, T. / Bourne, T. ...著者: Lightwood, D.J. / Munro, R.J. / Porter, J. / McMillan, D. / Carrington, B. / Turner, A. / Scott-Tucker, A. / Hickford, E.S. / Schmidt, A. / Fox III, D. / Maloney, A. / Ceska, T. / Bourne, T. / O'Connell, J. / Lawson, A.D.G.
履歴
登録2020年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年6月29日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation_author / database_2 / struct
Item: _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI ..._citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct.title
改定 1.32023年5月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / struct / Item: _citation.title / _struct.title
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor
B: Tumor necrosis factor
C: Tumor necrosis factor
F: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1A
E: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1A
L: Fab1974 - Light Chain
H: Fab1974 - Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,08818
ポリマ－132,4817
非ポリマー1,60711
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.510, 99.510, 311.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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Tumor necrosis ... , 2種, 5分子 ABCFE

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor / Cachectin / TNF-alpha / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 2 / TNF-a


分子量: 17457.736 Da / 分子数: 3 / 変異: N25D, C153S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNF, TNFA, TNFSF2 / プラスミド: pBAD_Smt3_Bam / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01375
#2: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 1A / Tumor necrosis factor receptor 1 / TNF-R1 / Tumor necrosis factor receptor type I / TNFR-I / p55 / p60


分子量: 16196.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFRSF1A, TNFAR, TNFR1 / プラスミド: pEMB50 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P19438

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#3: 抗体 Fab1974 - Light Chain


分子量: 23649.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: mFab'nh CA_185_1974 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 Fab1974 - Heavy Chain


分子量: 24066.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: mFab'nh CA_185_1974 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 1種, 1分子

#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 30分子

#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-D84 / 5-(1-{[2-(difluoromethoxy)phenyl]methyl}-2-{[3-(2-oxopyrrolidin-1-yl)phenoxy]methyl}-1H-benzimidazol-6-yl)pyridin-2(1H)-one


分子量: 556.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H26F2N4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.72 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M HEPES, pH7.0, 10% w/v PEG6,000 and cryo-protected in glycerol performed in 5-10-15% steps. Vapor diffusion, sitting drop, temperature 289K
PH範囲: 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月8日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 32445 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 71.095 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Rrim(I) all: 0.171 / Χ2: 0.958 / Net I/σ(I): 13.95
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3-3.081.3962.0623330.7141.457100
3.08-3.160.9882.9222740.8061.031100
3.16-3.250.7593.6922350.8990.792100
3.25-3.350.5954.6921710.9230.62100
3.35-3.460.4446.2420840.9540.463100
3.46-3.590.3467.9220480.970.361100
3.59-3.720.289.519760.980.292100
3.72-3.870.2211.7318860.9870.23100
3.87-4.050.17913.7518340.9910.186100
4.05-4.240.1416.9717440.9940.146100
4.24-4.470.11320.416780.9960.118100
4.47-4.740.09822.8616110.9960.102100
4.74-5.070.09423.8714860.9960.09899.9
5.07-5.480.09623.4314040.9970.1100
5.48-60.09622.5413020.9970.1100
6-6.710.08924.4812040.9970.093100
6.71-7.750.07726.8810600.9980.081100
7.75-9.490.06132.089180.9980.064100
9.49-13.420.05236.437380.9980.055100
13.42-500.05324590.9950.05496

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2443精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: unpublished structure

解像度: 3→49.132 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2555 1615 4.99 %
Rwork0.2229 30727 -
obs0.2246 32342 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 175.92 Å2 / Biso mean: 69.5983 Å2 / Biso min: 23.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→49.132 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8376 0 109 20 8505
Biso mean--64.03 47.65 -
残基数----1141
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038728
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5711927
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441316
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041557
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0275193
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.08830.36731310.34132504X-RAY DIFFRACTION100
3.0883-3.1880.35131320.29532502X-RAY DIFFRACTION100
3.188-3.30190.32011320.28842515X-RAY DIFFRACTION100
3.3019-3.43410.29091330.25742517X-RAY DIFFRACTION100
3.4341-3.59030.26921330.25262506X-RAY DIFFRACTION100
3.5903-3.77950.27721320.23462524X-RAY DIFFRACTION100
3.7795-4.01620.26641340.21822535X-RAY DIFFRACTION100
4.0162-4.32620.22561350.20162563X-RAY DIFFRACTION100
4.3262-4.76120.22731340.18442558X-RAY DIFFRACTION100
4.7612-5.44940.20791360.18492587X-RAY DIFFRACTION100
5.4494-6.86270.23941380.21482622X-RAY DIFFRACTION100
6.8627-49.1320.25511450.21732794X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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