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- PDB-7kp1: CD1a-42:2 SM binary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kp1
タイトルCD1a-42:2 SM binary complex
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • T-cell surface glycoprotein CD1a
キーワードIMMUNE SYSTEM / CD1 / antigen presentation / lipid
機能・相同性
機能・相同性情報


endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression ...endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / amyloid fibril formation / learning or memory / endosome membrane / immune response / membrane raft / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC-I family domain / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...MHC-I family domain / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
sphingomyelin / T-cell surface glycoprotein CD1a / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Wegrecki, M. / Le Nours, J. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2021
タイトル: CD1a selectively captures endogenous cellular lipids that broadly block T cell response.
著者: Cotton, R.N. / Wegrecki, M. / Cheng, T.Y. / Chen, Y.L. / Veerapen, N. / Le Nours, J. / Orgill, D.P. / Pomahac, B. / Talbot, S.G. / Willis, R. / Altman, J.D. / de Jong, A. / Van Rhijn, I. / ...著者: Cotton, R.N. / Wegrecki, M. / Cheng, T.Y. / Chen, Y.L. / Veerapen, N. / Le Nours, J. / Orgill, D.P. / Pomahac, B. / Talbot, S.G. / Willis, R. / Altman, J.D. / de Jong, A. / Van Rhijn, I. / Clark, R.A. / Besra, G.S. / Ogg, G. / Rossjohn, J. / Moody, D.B.
履歴
登録2020年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell surface glycoprotein CD1a
B: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9044
ポリマ－44,8942
非ポリマー1,0092
水4,035224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, CD1a:beta-2-microglobulin heterodimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area19230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.148, 90.139, 105.961
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD1a / T-cell surface antigen T6/Leu-6 / hTa1 thymocyte antigen


分子量: 32464.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD1A / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P06126
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 12429.966 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61769
#3: 化合物 ChemComp-FO4 / sphingomyelin


分子量: 814.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H94N2O6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20-25% PEG 1500, 0.1M MMT pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→45.07 Å / Num. obs: 27297 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 28.98 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.02→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1965 / CC1/2: 0.755 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6NUX

6nux


解像度: 2.02→45.07 Å / SU ML: 0.2332 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.3501
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2261 1301 4.78 %
Rwork0.1867 25937 -
obs0.1886 27238 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→45.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3045 0 68 224 3337
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00493207
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82894355
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0512446
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041556
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.35961151
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.02-2.10.29221580.2592798X-RAY DIFFRACTION99.97
2.1-2.20.24691360.22982841X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.310.25261250.21752852X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.460.25381450.21452843X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.650.2481560.20542856X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.910.25091570.20792838X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.330.25581370.18682902X-RAY DIFFRACTION100
3.33-4.20.18541460.16012927X-RAY DIFFRACTION100
4.2-45.070.19991410.16353080X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.61969683339-0.573631169534-0.6752733209731.90834315603-0.2081572904464.078260430750.03494257592660.682648368632-0.676907124676-0.304464855728-0.04286560561570.1584963778330.179818000622-0.287915123263-0.03144431621990.363956347271-0.05102760580650.02385774318250.287563734429-0.1204398918550.34425800450727.923721175830.937925978734.4676514212
22.737579148830.1944752881050.9135041501463.199018537381.108429041633.299936469660.05525260255590.01360797938960.2650977052320.02341326139440.1114250811960.01632628675060.0161928193426-0.0909934766017-0.1687392494670.1318786404980.01127497805830.009344920950860.160978701850.03430393426730.2317611930389.6779909450662.482844855850.743786494
32.81118986855-3.668297256370.2968071188574.934905651210.1169160244072.44270485753-0.202443197179-0.772207789170.248954371878-0.1047515243770.411388342216-0.512977421598-0.06486510268740.574280983208-0.1782153090560.2365460687260.0164255920233-0.02406711282350.38084294623-0.06689548239120.28750209112721.348194310843.876540372355.7130227531
41.728073237073.21731938771-2.811528073476.87932457359-3.503448555878.25799835773-0.3299485796350.1333283594310.4005947823860.2969487861870.5383966797240.695256662534-0.0561681647549-0.679949738695-0.1577688164630.2105353014530.0250030941817-0.0485273187350.3121517774850.049341343550.42964016723-2.2729270573250.876457625154.0529819257
53.02481427738-1.19868043844-2.593516793140.8183085667180.9898850133192.17199365614-0.153154907867-0.298669027863-0.3562478085420.0110385382750.08878255314210.1664358758770.1996793889570.1065024397210.1097531695760.1897127615360.00290443249665-0.02924612746620.1795394196840.03499948678930.25201305647114.205945218139.36264094155.1833445961
62.387045394891.719447873352.558408887024.03128652813.995036093654.39218908576-0.360884147768-1.22560738372-1.223480760540.884011416972-0.04855521829240.01588900537581.33980979014-0.6892399036820.4232925817140.4557253645510.02334731446210.06685008418240.4620170224740.07399515140220.3860585552284.6612539535935.994268626364.3828765938
75.180716001514.17114651083-4.608834786543.601462519-4.135547495235.06393275565-0.290251783268-0.0697710288392-0.946957025808-0.4654432393910.6943879673810.2888559378020.83147057553-0.742726291938-0.2825876090240.449102576347-0.0421765007686-0.1021928067650.2932037333170.09363549675190.5206887674367.0547291283933.369609893352.9306044194
83.5496052164-0.988782781063-3.044775641541.45402727620.4972245264212.32449560416-0.1739129908720.1696433761-0.356138535872-0.1464796216870.04612679633950.1789577427130.0832826924856-0.1002621677890.1240492289120.2243107018760.00702083299648-0.01172645269020.156793195435-0.01217791845510.2423729552416.489266481239.633672218448.4494889704
93.63602974331-2.51217736324-3.918914331887.503727762652.133915849644.28452185998-0.157960120486-1.391917156970.0697150622420.2648795023920.126451073492-0.0313570674866-0.851195859609-1.117363305570.1341002677810.4339185533710.04546357736760.04370712620450.51558283012-0.03119669154530.482992463927-1.2005909099946.269389176265.0921821443
103.96458432603-2.421749414181.44915105231.94635636077-1.025772127041.15519301953-0.42498238937-2.2003992937-0.111646135750.3982212091630.6357524573640.03173656938980.02023733545740.339274685639-0.1296568430250.299995292160.102951400297-0.02998344037590.5729404864850.03168087312850.2913485353217.606673938239.357511030963.5619039511
110.0956032030613-0.446604297925-0.3623663203435.346950759634.673799208394.13059213880.466087056364-1.077171493780.4189907044840.662904794662-0.1081331673250.120870392643-1.42182629339-0.653847585763-0.3907956949780.8031262091140.09324727928920.09468018652380.583102427526-0.1419856209830.4964178314711.4933733696355.97971058165.7385721242
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 181 )
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8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 53 through 72 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 73 through 78 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 79 through 95 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 96 through 105 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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