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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kos | ||||||
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タイトル | 1.50 Angstroms Resolution Crystal Structure of Putative Pterin Binding Protein PruR (Atu3496) from Agrobacterium fabrum str. C58 | ||||||
![]() | Pterin Binding Protein | ||||||
![]() | Pterin binding protein / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / PruR | ||||||
機能・相同性 | Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain superfamily / FORMIC ACID / alpha-D-glucopyranose / MALONIC ACID / Oxidoreductase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Pshenychnyi, S. / Endres, M. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: 1.50 Angstroms Resolution Crystal Structure of Putative Pterin Binding Protein PruR (Atu3496) from Agrobacterium fabrum str. C58. 著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Pshenychnyi, S. / Endres, M. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 281.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 229.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 492.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 499.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 48.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7komS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABCD![](data/chem/img/GLC.gif)
![](data/chem/img/GLC.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 16390.604 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: Atu3496 / プラスミド: pMCSG53 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): BL21.Gold / 参照: UniProt: A9CFB2 #4: 糖 | |
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-非ポリマー , 4種, 684分子 ![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/MLA.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MLA.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-NA / #3: 化合物 | ChemComp-MLA / #5: 化合物 | ChemComp-FMT / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.4 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein: 12.5 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3. Screen: Classics II (C3), 2.4M Sodium malonate pH 7.0 Cryo: 25% Sucrose, 1.2M Sodium malonate pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月19日 / 詳細: Be |
放射 | モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 118548 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.051 / Rsym value: 0.046 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 31.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.796 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 5876 / CC1/2: 0.82 / CC star: 0.949 / Rpim(I) all: 0.361 / Rrim(I) all: 0.875 / Rsym value: 0.796 / Χ2: 1.008 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7kom 解像度: 1.5→29.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 2.303 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 90.09 Å2 / Biso mean: 25.236 Å2 / Biso min: 12.88 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.5→29.04 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.539 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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